Anakin und Ahsoka sind auf der Spur von Cad Bane, der einen Jedi ermordet hat, um den Jedi Holocron zu stehlen, der Informationen über gesamten potenziellen Jedi-Nachwuchs enthält. Deshalb entern die Jedi Banes beschädigtes Schiff, nachdem sie ihn aufgespürt haben. Doch sie rechnen nicht mit den fiesen Tricks des Banditen...

Cad Bane ist den Jedi entkommen und schafft es, die gestohlenen Informationen an seinen Auftraggeber Sidious zu senden. Sidious beauftragt daraufhin seinen Handlanger, die Jedi-Kinder zu entführen. Anakin und Ahsoka schließen sich mit Obi-Wan und Mace Windu zusammen, um den Kopfgeldjäger zu stoppen...

Padme ist einer Verschwörung auf der Spur: Der Rat der Jedi vermutet eine Allianz zwischen dem Planeten Cato Neimodia, dem Banken-Clan und den Separatisten. Padme soll dazu ihre alte Flamme, den neimodianischen Senator Rush Clovis, ausspionieren. Gegen Anakins Willen folgt die schöne Politikerin dem undurchsichtigen Clovis auf dessen Heimatplaneten. Sie ist bald in tödlicher Gefahr.

Die Jedi Anakin, Ahsoka und Ki-Adi-Mundi leiten einen Angriff auf eine neue Droiden-Fabrik des Separatistenführers Erzherzog Poggle. Doch ihre Raumschiffe werden von Abwehrgeschützen zerstört und crashen auf der unwirtlichen Oberfläche von Geonosis. Anakin und Mundi müssen ihre verstreuten Truppen sammeln – nicht nur um die Horden an Feinden zu bekämpfen, sondern auch um ihren lebenswichtigen Auftrag zu erfüllen.

Die Jedi versuchen immer noch, Poggles neue Waffenschmiede auf Geonosis zu zerstören, bevor sie Waffen an die Separatisten liefern kann. Doch der Erzherzog hat einen unerwarteten Joker im Ärmel: Er setzt einen neuen Super-Panzer gegen die Angreifer ein. Die Jedi müssen einen trickreichen, riskanten Plan umsetzen, um ihr Ziel zu erreichen...

Beim Sturm auf die Waffenfabrik verschwindet Jedi-Meisterin Luminara, die dem flüchtenden Erzherzog folgt. Obi-Wan und Ki-Adi-Mundi machen sich mit einem Platoon Clone Troopers auf die Suche nach ihr. Doch ihre Spur führt sie tief in die unheimlichen Höhlen von Geonosis. Hier trifft der Trupp zu seinem Entsetzen auf untote Gegner...

Ahsoka und Barriss sind an Bord eines Versorgungsschiffs, das sich auf dem Weg zurück in republikanischen Raum befindet. Doch das Schiff ist ein fliegender Sarg – an Bord befinden sich nämlich gefährliche blinde Passagiere: geonosianische Hirnwürmer. Die Kreaturen machen ihre Opfer zu willenlosen Sklaven im Dienste fremder Herren. Bald muss Ahsoka gegen ihre eigenen Klontruppen ums nackte Überleben kämpfen

Jedi-Meister Eth Koth wird nach der Zerstörung seiner Flotte von General Grievous gefangen genommen und gefoltert. Der verschlagene Cyborg will damit die Jedi anlocken – was ihm auch gelingt, denn Anakin, Obi-Wan und Adi Gallia machen sich auf den Weg, um ihren Kameraden zu befreien und Grievous dingfest zu machen.

Auf Saleucami müssen Obi-Wan und Cody den bei einem Feuergefecht schwer verletzten Rex bei einer einheimischen Familie zurücklassen. Der Vater der Familie, Cut Lawquane, stellt sich bald als desertierter Klonsoldat heraus. Obwohl der tapfere Rex dessen Fahnenflucht verurteilt, sind die beiden Klone sehr bald aufeinander angewiesen, als ein Trupp Commando-Droiden angreift...

Ahsoka hat schon wieder Pech! Ein Dieb stiehlt ihr Lichtschwert. Die Jedi-Novizin macht sich auf die gefahrvolle Suche nach ihrer Waffe. Sie bekommt Hilfe von dem erfahrenen Ordensveteranen Tera Sinube, der ein Experte in der Welt des Verbrechens ist. Jedoch geht dieser im Gegensatz zu der ungestümen Ahsoka mit der ruhigen Gelassenheit seines hohen Alters vor. Bald schon erfahren die Jedi, dass weit mehr hinter dem Raub steckt, als es zunächst scheint...

Obi-Wan erhält eine heikle Mission: Er soll Gerüchten nachgehen, nach denen die neutrale Herzogin Satine von Mandalore im Geheimen eine separatistische Streitmacht aufbaut. Sollte sich das bewahrheiten, wäre es für den Jedi eine schreckliche Erkenntnis. Er kennt Satine gut – zwischen beiden besteht seit ihrer Jugend eine enge Verbindung. Die schöne Herzogin schenkte ihm einst ihr Herz...

Satine ist auf dem Weg nach Coruscant, um vor dem Senat auszusagen. Gemeinsam mit Obi-Wan und Anakin reist sie auf dem Luxusschiff Coronet. Plötzlich werden die Reisenden mit Attentäterdrohnen in Spinnenform konfrontiert, die von einem Verräter an Board geschmuggelt wurden. Obi-Wan versucht herauszufinden, wer für die Bedrohung verantwortlich ist...

Satine setzt sich dafür ein, dass Mandalore neutral bleibt. Damit arbeitet sie gegen die Pläne der Death Watch. Vizsla setzt einen Attentäter auf sie an, doch der Tod der Herzogin kann verhindert werden. Wenig später erhält Satine einen Datenträger, der wichtige Informationen enthält. Als sie beschuldigt wird, ein Attentat verübt zu haben, muss sie fliehen...

Senator Onaconda Farr, der das Ende des Krieges anstrebt, verliert während einer Unterredung unter mysteriösen Umständen sein Leben. Die Ermittlungen ergeben, dass der Rodianer vergiftet wurde. Seine Nichte Padmé Amidala macht sich gemeinsam mit Bail Prestor Organa auf die Suche nach dem Mörder – und muss feststellen, dass dieser aus den eigenen Reihen stammt...

Senator Organa sitzt auf dem umkämpften Planeten Christophsis fest, der unter Beschuss einer Separatistengruppe steht. Anakin Skywalker und Admiral Yularen machen sich in einem Tarnkappenschiff auf den Weg, um Organa mit Hilfsgütern zu beliefern. Admiral Yularen findet heraus, dass die Angriffe die Handschrift des tot geglaubten Admiral Trench tragen. Gegen Obi-Wans Anweisung versucht Anakin, Trenchs Schiff zu zerstören...

Die Auseinandersetzungen werden immer erbitterter – die Jedi kämpfen an allen Fronten. Als der Kontakt zur Krankenstation auf Felucia abbricht, machen sich Obi-Wan, Anakin uns Ahsoka auf den Weg, um der Sache auf den Grund zu gehen. Auf dem Planeten angekommen, schließen sie sich mit einer Gruppe Kopfgeldjägern zusammen, um die einheimischen Farmer im Kampf gegen Hondo Ohnaka zu unterstützen...

Die separatistischen Gruppen stehen kurz davor, den Planeten Malastare zu erobern. Um die Schlacht doch noch für sich zu entscheiden, beschließt der Oberste Kanzler der Republik den Einsatz einer Elektroprotonenbombe. Die gewaltige Detonation zeigt Wirkung – und weckt zu allem Überfluss das gigantische Zillo Biest...

Auf Kanzler Palpatines Befehl überführen Anakin Skywalker und Mace Windu das gefährliche Zillo Biest nach Coruscant. Der unverwundbare Panzer der Bestie soll genau untersucht werden, um nach seinem Vorbild eine Rüstung für die Truppen zu entwickeln. Um die Forschungen zu beschleunigen, scheut Palpatine nicht davor zurück, die Kreatur töten zu lassen. Doch das Biest ist stärker als gedacht und kann sich rechtzeitig befreien...

Mace Windu empfängt einige Klon-Kadetten auf seinem Schiff, die einen Jedi-Kreuzer im Einsatz erleben sollen. Niemand ahnt, dass sich unter den Kadetten Boba Fett befindet, der sich an Mace Windu für den Tod seines Vaters rächen will. Boba Fetts erster Anschlag auf Mace scheitert – anstatt seiner muss ein Klon sein Leben lassen. Daraufhin sabotiert der hasserfüllte Kadett das Schiff...

Die Jedi und ein republikanisches Rettungsschiff sind auf der Suche nach Überlebenden. Auf Vanqor stoßen Anakin Skywalker und Mace Windu jedoch nur noch auf tote Soldaten. Boba Fett, der sich einer Gruppe kaltblütiger Kopfgeldjäger angeschlossen hat, stellt Mace Windu die nächste Falle. Anakin und Mace überleben den Anschlag, doch um den Kopfgeldjägern zu entkommen, sind sie auf R2-D2s Hilfe angewiesen...

Durch eine Geiselnahme wollen die Kopfgeldjäger erreichen, dass Mace Windu zu ihnen kommt. Unterdessen machen sich Plo Koon und Ahsoka auf die Suche nach ihnen. Es gelingt ihnen, Boba Fett und die anderen in der Unterwelt Coruscants aufzuspüren. Schließlich kommt es auf Florrum zur Konfrontation...