Doggett indaga sulla morte di un ufficiale, la cui auto è stata scaraventata giù da un ponte dopo che questi aveva offerto un passaggio ad una donna. Doggett chiede aiuto a Scully. Nel frattempo Reyes deve vedersela con un nuovo vicedirettore, mentre Mulder è letteralmente scomparso.

Il bimbo di Scully dimostra alcuni segni poco umani. Doggett viene minacciato e poi salvato da Shannon mentre con Reyes indaga sui segreti relativi ad una contaminazione delle acque strettamente collegata ad un laboratorio clandestino a bordo di una nave. I due continuano la loro battaglia dentro l'FBI.

Scully viene avvicinata da una coppia che dichiara di poter mettere l'agente dell'FBI in contatto con un uomo che possiede informazioni su William e sul programma di super soldati. Ma quest'ultimo riferirà solo a Fox Mulder. Così viene deciso l'immediato ritorno del collega, ma Doggett non si fida.

Quando alcuni pezzi dell'astronave aliena rinvenuta da Scully sulla spiaggia africana improvvisamente riemergono, la cospirazione all'interno dell'FBI tenta di insabbiare la storia. Doggett e Reyes temono per l'incolumità di Scully e William, e Scully è costretta così a prendere drastiche misure.

Scully viene a sapere che Mulder potrebbe essere morto. L'FBI continua a collaborare alle indagini, mentre William viene rapito dai membri del culto alieno. Con l'aiuto di Pistolero Solitario, Scully scopre le terrificanti verità che si nascondono dietro i rapitori di suo figlio e suo figlio stesso.

Con la partecipazione di Burt Reynolds. Un serial killer è guidato, nel compiere i suoi delitti, dalla numerologia. Occasionalmente costui si confronta con un tizio, il quale è conosciuto per i suoi consigli confusi. L'uomo aiuta Scully e Reyes nelle indagini le quali si rivelano più bizzarre del previsto.