En employant un procédé spécial qui réinjecte une certaine humidité à ses documents, Mulder devrait pouvoir récupérer ses dossiers qui ont été détruits dans l'incendie de son bureau il y a plusieurs mois. Ses supérieurs hiérarchiques du FBI, en particulier le nouveau directeur adjoint, Kersh refuse de croir à la théorie de Mulder, selon laquelle des extra-terrestres seraient en train de conquérir la planète. Mulder veut prouver que Scully a été infectée par un virus d'origine extra-terrestre. Mais Dana lui avoue finalement qu'elle n'a pas réussi à identifier le virus...

Une chaîne de télévision diffuse en direct une chasse à l'homme sur les routes du Nevada. La police poursuit un chauffard qui détient un otage. Le véhicule est finalement stoppé par les forces de l'ordre. L'homme, un dénommé Patrick Crumb, est maîtrisé. Mais lorsque les officiers tentent de porter secours à sa passagère, qui s'avère être l'épouse du conducteur, la tête de celle-ci explose sans qu'un coup de feu ne soit tiré... Fox veut enquêter sur l'affaire sans en référer à ses supérieurs. Dana accepte de le suivre et s'arrange pour assister à l'autopsie...

Mulder entraîne Scully dans le désert du Nevada afin de rencontrer un indicateur qui travaille dans la zone 51. Ce dernier est supposé leur apporter la preuve que des expériences gouvernementales sont menées avec des technologies extra-terrestres. Mais avant qu'ils ne puissent se rendre sur le lieu de rendez-vous, des officiers de la zone 51 leur barrent le chemin et l'agent Morris Fletcher leur ordonne de quitter les lieux au plus vite. Alors que Scully tente de convaincre Mulder de faire demi-tour, un OVNI apparaît, en émettant une importante vague de chaleur, puis disparaît...

Relégués à des tâches subalternes, Scully et Mulder s'ennuient à longueur de journées. Pourtant, un matin, le directeur-adjoint Kersh appelle Dana et lui propose d'effectuer une mission spéciale en compagnie de l'agent Peyton Ritter. Il s'agit d'enquêter sur un certain Alfred Felling, un photographe de la police dont le comportement intrigue le FBI...

Scully et Mulder s'introduisent dans leur ancien bureau afin d'en savoir plus sur la famille Spender. Ils découvrent que l'homme à la cigarette, que le fichier central connaît sous le nom de CGB Spender, n'est autre que le père de l'agent Spender et donc le mari de Cassandra. Mulder sait depuis des années que CGB est la tête des conspirateurs, ces humains qui ont choisi de s'allier avec les extraterrestres. Les aveux de Cassandra lui permettent désormais de prendre toute la mesure du complot qui menace l'existence de la population terrestre...

Après un terrible cauchemar dans lequel elle a rêvé de Mulder, Scully rejoint les bureaux du FBI. A son arrivée, des agents sont en train de fouiller le bureau de son partenaire. Kersh, qui vient d'être promu directeur, a lancé une véritable chasse à l'homme pour retrouver Mulder. Scully et Skinner apprennent que John Doggett, un agent spécial du FBI, est chargé de mener cette enquête. Entre Scully et Dogett, le courant passe mal : Il ne veut pas entendre parler de leurs théories sur les extraterrestres. De plus elle pense que Doggett l'a mise sous surveillance...

Alors que Doggett tient en joue Mulder, celui-ci se jette volontairement dans le vide du haut d'une falaise. Mais en s'écrasant sur le sol, le corps de Mulder disparaît. Pour Scully, ce n'était pas Mulder mais un "bounty hunter" c'est à dire une personne capable de se transformer en quelqu'un d'autre. Le but de cet individu est de kidnapper Gibson, un enfant capable de lire dans la pensée des autres. Scully pense que cet enfant peut lui apporter des réponses sur le sort de Mulder et lui permettre de le retrouver...

Doggett et Skinner enquêtent à Pittsburgh, où un massacre a eu lieu. La maison renfermait une secte mise sous surveillance dans le cadre d'une affaire de trafic de drogue. Vingt membres du culte religieux sont retrouvés morts, tous tués d'une blessure au front. Cependant, leur gourou, Anthony Tipet, a disparu. Les corps de Jim Leeds et Angus Stedman, les deux agents chargés de la surveillance, sont également découverts avec la même blessure à la tête...

L'agent John Dogett est relevé des se fonctions au sein du service des affaires non-classées, trois mois à peine après l'enterrement de Mulder. Mais ce qui est arrivé à Mulder est remis en cause par la découverte du corps de Billy Miles, en état de décomposition. Cette découverte pousse Dogett à exhumer le corps de Mulder. Krycek réapparaît alors soudain, et propose à Skinner de lui fournir le vaccin pour sauver la vie de Fox...

Un homme entre dans la Maison Blanche et se fait mystérieusement tirer dessus tandis qu'il crie qu'il doit avertir le Président que les extra-terrestres vont envahir les Etats-Unis et après avoir remis une disquette portant la mention : "combattre le futur"... Mulder se lance dans l'enquête. Il découvre que la mention portée sur la disquette est un code...

Une plate-forme pétrolière dans le Nouveau-Mexique est la cible d'une série de meurtres. Mulder ayant été démis de ses fonctions, c'est Dogett que Kersh envoie sur les lieux afin d'enquêter. Mais Dogett réalise très vite que Mulder s'est déjà lancé dans l'affaire. Mulder pense que ces meurtres sont liés à l'huile noire extraterrestre. Ils s'aperçoivent vite tous les deux que tous les membres de l'équipage sont déjà touchés par le virus...

Monica Reyes est chargée de protéger Scully et le bébé à naître. Elle l'emmène se cacher dans une ville fantôme. Mulder, Dogett et Skinner se demandent pourquoi Billy Miles cherche à récupérer le bébé de Scully. Krycek pense que la nouvelle race alien est destinée à repeupler la terre. Les extraterrestres finissent par retrouver Scully...

Baltimore. Carl Wormus, un expert en eau, aborde une jolie brune dans un bar. La jeune femme lui propose de le suivre. Soudain, c'est l'accident : elle fonce sur un pont basculant et le véhicule tombe dans le fleuve Pottomac. Sous l'eau, l'homme réussit à détacher sa ceinture de sécurité mais une main l'empêche de remonter à la surface...

Scully assiste officieusement Doggett et Reyes pour découvrir les secrets de la contamination de l'eau. Leur enquête les mène à un vaisseau de la marine marchande, où ont lieu de très étranges expériences...

Allongé dans le hall d'un immeuble abandonné, Dogget est réveillé lorsqu'un drogué lui vole une de ses chaussures. S'en suit une poursuite au cours de laquelle Dogget remarque qu'à l'extérieur, tous les écriteaux sont en Espagnol. Il réussit enfin à l'intercepter quand la police survient. Dogget tente d'expliquer qu'il s'agit là de sa chaussure. Reconnaissant l'accent américain, le policier demande à Dogett son passeport, ce qu'il n'a plus sur lui. Aussi, quand l'agent lui demande son nom, il ne s'en souvient plus...

Des inscriptions identiques à celles qu'avaient découvertes autrefois Mulder et Scully dans un vaisseau spatial en Afrique, sont retrouvées près du corps inconscient d'un motard. Poursuivi par des policiers pour avoir illégalement traversé la frontière entre le Dakota et le Canada, il a terminé sa course dans un ravin. Le FBI enquête, sans en informer le service des affaires non classées...

Au Canada, Zeke Josepho, un ancien officier de l'armée américaine, travaille à déterrer le vaisseau spatial... Pendant ce temps, au quartier général du FBI, Brad Follmer briefe une équipe sur l'enlèvement du bébé de Scully. Il révèle que Doggett est dans le coma. L'agent Comer sur lequel a tiré Scully, est, lui aussi, entre la vie et la mort à l'hôpital...

Mulder arrive en hélicoptère au Mount Weather Complex dans un bâtiment du gouvernement. Alors que tout le monde est guidé vers l'intérieur, Mulder parvient à s'échapper...

Walter Skinner a disparu et le directeur Kersh, bien qu’appréciant peu les deux agents, ordonne à Mulder et Scully de le retrouver. Des indices chez leur supérieur les amène à Mud Lick, où vivent plusieurs anciens combattants du bataillon de Skinner pendant la guerre du Viet Nam, dont certains auraient été exposés à un gaz hallucinogène développé par l'armée américaine.

La course contre la montre est lancée pour Mulder et Scully afin de retrouver sain et sauf William mais L'Homme à la cigarette n'a pas dit son dernier mot et compte bien utiliser tous les moyens pour le retrouver lui aussi ...