Bei einem Schachturnier in Vancouver wird der russische Schachspieler Anatol Klevinol in dem Augenblick erschossen, als er von seinem zwölfjährigen Gegner Gibson Praise schachmatt gesetzt wird. Mulder entdeckt, dass das Attentat eigentlich dem jungen Schachgenie gegolten hatte. Doch wer könnte Interesse daran haben, ein Wunderkind zu töten? Mulder und Scully versuchen, an die Hintermänner zu kommen. Da bricht ein Feuer in ihrem Büro aus, dem alle X-Akten zum Opfer fallen.

Die beiden Spezial-Agenten des FBI, Fox Mulder und Dana Scully, untersuchen zwei mysteriöse Todesfälle. Dabei kommen Mulder und Scully einem geheimnisvollen Wesen auf die Spur, das allem Anschein nach nichtmenschlichen Ursprungs ist. Es scheint sich um einen Außerirdischen zu handeln. Auch der mysteriöse „Raucher“ folgt diesem Wesen. Dazu benutzt er den Jungen Gibson Praise, der aufgrund seiner außergewöhnlichen telepathischen Fähigkeiten zum Schachwunderkind wurde.

Skinners neuer Vorgesetzter Kersh beauftragt FBI-Agent John Doggett mit der Suche nach dem verschwundenen Fox Mulder. Doggett, der mit allerlei Tricks agiert, gerät schon bald mit Dana Scully aneinander. Schließlich führt sie eine Spur zum Familiengrab der Mulders. Auf dem Grabstein ist der Eintrag „Fox Mulder 1961–2000“ zu lesen. Hat Mulder sein Verschwinden inszeniert? Doch dann finden sie Hinweise, dass Mulder von einem Ufo in der Wüste von Arizona entführt worden ist.

Während sich die Suche nach Mulder in der Wüste von Arizona intensiviert, führt Gibson Praise Scully zu der Annahme, dass sie ihrem Ziel kommt. Währenddessen informiert A.D. Kersh Agent Doggett, dass er als Mulders Nachfolger bei den X-Akten eingesetzt wurde.