Leonardo continua le sue ricerche sul libro delle foglie, ma resta deluso dal mancato successo dei suoi progetti sulle macchine da guerra, a causa di uno screzio coi Medici. Questo non impedisce al papa di rendersi conto delle grandi abilità del geniale inventore fiorentino. Il nipote del pontefice rapisce Nico per scoprire cosa Leonardo ha scoperto con l'autopsia del turco. Alla fine Leonardo prova ai Medici la sua lealtà e il suo genio.

Un convento è piagato da una serie di possessioni demoniache e i Medici sono accusati di essere i responsabili per via del loro atteggiamento liberare e della loro posizione contro il papa. Leonardo cerca di trovare una spiegazione logica agli avvenimenti prima che sia troppo tardi.

I Pazzi sono pronti per uccidere Lorenzo nella domenica di Pasqua. Il Turco riferisce a Leonardo che deve trovare assolutamente il Libro delle Foglie mentre Lucrezia confessa qualcosa a Da Vinci per salvare la famiglia Medici.