La réalité et le mythe commencent à fusionner tandis que les personnages de contes de fée sont réveillés par la malédiction brisée de la reine Maléfique Regina et qu'ils commencent à se souvenir qui ils étaient. Mais à leur grand désarroi, ils ne sont pas transportés dans le monde des contes de fée. Pour aggraver les choses, Rumplestiltskin alias M. Gold, dans un effort pour prendre le dessus dans sa lutte de pouvoir avec Regina, a introduit la magie en ville. Dans l'univers des contes de fée, la magie a sa place mais dans le monde original, elle peut avoir des conséquences insondables.

Parallèlement, dans l'univers des contes de fée, le prince Philippe réveille la Belle au Bois Dormant, Aurore, mais découvre que lui et sa compagne de voyage, Mulan, feront bientôt face à un ennemi mortel.

Regina cherche, par tous les moyens à récupérer ses pouvoirs magiques afin de pouvoir reprendre son fils Henry à David. Mais elle va prendre conscience, que la magie n'apporte pas tout. Dans le monde des contes de fées, la méchante reine cherche à se débarrasser des pouvoirs magiques de sa mère, afin de pouvoir fuir le Roi, père de Blanche-Neige, qu'elle doit épouser de force. À la fin de l'épisode, Mary-Margaret et Emma sont toujours coincées et prisonnières de Mulan et d'Aurore dans le monde des contes de fées, et elles se retrouvent dans la même cellule que la mère de Regina.

Dans un flashback, Charmant, Blanche-Neige et Rouge sont attaqués par le roi George en forêt. Un de ses hommes de main, Lancelot capture Blanche-Neige, qui l'amène au roi et qui pour faire souffrir son fils, la maudit afin qu'ils n'aient jamais d'enfants. La mère de Charmant est blessée par des soldats du roi Georges. Accompagné de Lancelot, rangé de leurs côté suite à des remords du fait qu'il est responsable du malheur de Blanche-Neige, Charmant et les autres se rendent au Lac Nostros, où plus tôt, James avait tué la sirène vivant dans ce lac. Il ne reste plus qu'un gorgée d'eau et la mère du Prince se sacrifie, permettant à Blanche-Neige d'avoir des enfants. À Storybrooke, David et Henri tentent de trouver un moyen de ramener Emma et Mary-Margaret. Tandis qu'Henry réunis Jefferson et sa fille et que Regina quitte son poste de Maire de la ville. Parallèlement dans le monde des contes de fées, Emma et Mary-Margaret rencontrent Lancelot, en réalité Cora qui tente par tous les moyens d'aller à Storybrook. Ils retournent dans leur château, en ruine où Emma découvre la chambre d'enfant qui lui était destinée et qui comprends que Blanche-Neige à tout sacrifié pour elle. Emma et Mary-Margaret découvrent la véritable identité de Lancelot, et Cora leur promet qu'elle n'en as pas finit avec eux. Après une séquence émotions, entre mère et fille, Cora tapis dans l'ombre prélève les cendres de l'armoire magique, brulée par Emma pour empêcher Cora de parvenir à ses fins. Mais son regard laisse présager le pire. À Storybrooke, le roi Georges observe David et Henry au loin.

Belle, après avoir découvert Rumpelstiltskin faisant de la magie, s'enfuit et se fait kidnapper. M. Gold demande l'aide de Charmant pour la retrouver. En réalité, c'est le père de Belle qui l'a fait kidnapper et essaye de la faire sortir de la ville afin qu'elle oublie toute sa vie d'avant. M. Gold la sauve à temps grâce à l'aide de Ruby. M. Gold offre les clés de la bibliothèque à Belle, Ruby propose à Belle de vivre chez eux. Parallèlement dans le monde des contes, la femme de Rumpelstiltskin quitte celui-ci ainsi que son fils. Une fois Rumpelstiltskin devenu un démon, il recroise la route des pirates qui possèdent un haricot magique. Après un duel avec Rumpelstiltskin, le capitaine perd sa main et devient le capitaine Crochet. Des années plus tard, Cora et le capitaine Crochet discutent d'un projet mystérieux.

Regina revient voir le Dr Hopper pour voir s'il peut l'aider à ne plus utiliser la magie, afin qu'elle puisse récupérer Henry. Plus tard dans la nuit, en rentrant chez elle, elle aperçoit son ancien fiancé, Daniel. Elle va voir le Dr Whale, et constate que celui-ci a été attaqué ; il lui confie qu'il a réussi à ramener Daniel à la vie mais il est devenu un monstre. David quant à lui, décide d'apprendre à Henry à monter à cheval, mais la situation s'envenime lorsque Regina lui apprend que Daniel, désormais un dangereux monstre, se dirige aux écuries (étant le dernier endroit où il était avec Regina, avant sa mort). Daniel dit à Regina qu'elle doit le laisser partir, elle enlève alors le charme de conservation, détruisant ainsi son corps. Après être retournées au camp des survivants, Emma, Mary-Margaret, Aurore et Mulan trouvent un homme, qui s'avère être le capitaine Crochet, et le seul encore en vie. Il les informe du plan de Cora, puis ils se mettent à chercher un haricot magique afin qu'ils puissent trouver la boussole qui leur permettra de rentrer à Storybrooke.

Dans l'univers des contes de fées, dans le passé, Rumpelstiltskin voulait apprendre à Regina l'art de la magie, mais refusait de la laisser espérer ressusciter Daniel. Jefferson lui a alors suggéré de faire appel au Dr Frankenstein, d'un autre monde, pour ramener Daniel, mais ce fut un échec. Ceci n'était qu'une mise en scène de Rumpelstiltskin pour pousser Regina plus loin tout en permettant au docteur d'obtenir un cœur magique résistant pour ses expériences.

Avec l'espoir de trouver une boussole magique qui pourrait les aider elle et sa mère à revenir à Storybrooke, Emma part à l'aventure avec le Capitaine Crochet, peu digne de confiance. Le duo doit escalader un haricot magique pour voler l'objet en question à un géant sanguinaire. Pendant ce temps, le passé d'Emma se révèle un peu magique quand elle rencontre un camarade voleur qui veut faire d'elle une femme honnête.

La peur de Ruby de se transformer en loup-garou lors de la prochaine pleine lune est justifiée quand un habitant de la ville est sauvagement assassiné et que Ruby est la principale suspecte. Decker, alias le roi George, menace David de révéler à tout le monde qu'il n'est qu'un simple berger et non pas un prince, et qu'il n'est pas apte à être le shérif de la ville. Dans la mine, Leroy tombe sur un trésor qui pourrait aider Mary Margaret et Emma à revenir. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, le petit chaperon rouge fait la connaissance d'Anita, une mystérieuse et charismatique jeune femme dirigeant un groupe d'hommes qui se révèlent être des loups.

Cora fait tout ce qui est en son pouvoir pour trouver l'entrée du portail menant à Storybrook et voler la boussole à Mary Margaret et Emma. Pendant ce temps, afin de protéger Henry, Regina et M. Gold doivent mettre la vie de David en danger dans l'espoir qu'il tente d'entrer en contact avec Mary Margaret pour lui transmettre des informations vitales.

Cora et le Capitaine Crochet affrontent Mary Margaret et Emma dans une course pour la boussole, qui indiquera à son possesseur la localisation du portail vers Storybrooke. De l'autre côté, Regina et M. Gold veulent désespérément empêcher Cora d'arriver jusqu'à eux et mettent au point un plan qui tuera toute personne entrant par le portail, y compris Mary Margaret et Emma. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, le Capitaine Crochet se rend au pays des merveilles et fait la connaissance d'une Reine de coeur vengeresse.

Regina est accusée d'avoir assassiné un des personnages de contes de fée les plus aimés de la ville mais seule Emma pense qu'elle pourrait être innocente. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, après avoir capturé la Reine Maléfique, Blanche Neige et le Prince Charmant préparent son exécution publique pour débarrasser le monde de sa tyrannie meurtrière.

Mr. Gold trouve un cobaye involontaire pour voir si un sort qu'il a concocté lui permettra de traverser la frontière de Storybrooke sans perdre sa mémoire et partir à la recherche de son fils, Bae. Belle tombe sur un Hook vengeur au port de Storybrooke dont le but est de tuer Rumplestiltskin. Parallèlement, Mary Margaret et David recherchent une plus grande maison où vivre. Enfin, dans le monde des contes de fée, Belle rencontre Mulan tandis que les deux prévoient de tuer une bête redoutable du nom de Yaoguai, qui a dévasté le pays.

Le Dr. Whale doit soigner les blessures de Hook et opérer l'inconnu dont la voiture a eu un accident à l'entrée de Storybrooke. Mais certains des habitants craignent que l'inconnu n'ait vu de la magie, ce qui pourrait exposer leurs vraies identités au monde et ils pensent que le laisser mourir serait la meilleure solution. Parallèlement, tandis que Mr. Gold tente de renouer avec une Belle découragée, Cora essaie de renouer avec sa fille Regina. Enfin, dans le monde des contes de fée, Victor veut désespérément prouver à son père qu'il peut ramener les morts à la vie.

Kidnappé et conduit à Storybrooke par Cora, le Géant déchaîne sa vengeance sur la ville quand un cas d'identité erronée le conduit à essayer de régler un vieux compte avec David.

Mr Gold, accompagné d'Emma et Henry, tente de quitter Storybrooke, espérant conserver sa mémoire intacte quand il dépasse la frontière de la ville. Il veut aller à l'aéroport à la recherche de son fils Bae.

Greg interroge Belle sur ce qu'elle a vu la nuit de son accident de voiture. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, contre la volonté de ses frères, Anton, le Géant, descend du haricot magique et essaie de se lier d'amitié avec certains humains dont les intentions pourraient ne pas être très nobles.

Alors que Mr. Gold, Emma et Henry partent à la recherche du fils de Gold, Bae à New York, Cora, Regina et Hook tentent de retrouver l'une des possessions les plus chéries de Rumplestiltskin.

Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin se rend compte de son destin quand il combat durant la Guerre des Ogres.

Suite à la découverte du plan de Cora et Regina pour trouver et récupérer la dague de Rumplestiltskin, Mary Margaret, avec l'aide de David et de la Mère Supérieure, se donne pour mission de la retrouver avant eux.

Tandis que Mr. Gold continue sa quête à New York pour renouer avec son fils Bae, Hook organise un plan pour se débarrasser lui-même du crocodile.

Parallèlement, dans le monde des contes de fée, la Fée Bleue offre à Blanche Neige un enchantement peu conventionnel qui pourrait aider à sauver sa mère mourante, la Reine Eva.

Le désir de Cora de se débarrasser de Rumplestiltskin pour prendre sa place en tant que Dark One se rapproche un peu plus de la réalité tandis qu'elle et Regina essaient de prendre le dessus sur un Mr Gold mourant. Mary Margaret est de nouveau tentée par la magie noire.

Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin accepte d'offrir ses services à une plus jeune Cora - pour un prix - lorsque le roi démasque son bluff et lui ordonne de suivre sa prétention de pouvoir transformer la paille en or.

Emma, David et Mr Gold doivent protéger Mary Margaret contre Regina, qui veut se venger et se donne pour mission de tuer Mary. Henry, agacé par toute cette violence, met au point un plan pour mettre un terme à la magie.

Parallèlement, Regina découvre qu'un père et un fils ont trouvé leur chemin dans sa ville soit disant indétectable tandis qu'elle et les personnages de contes de fée font face aux effets de la malédiction qui remonte à 28 ans.

Tandis que Mary Margaret fait face à ce qu'elle a fait à Cora et la façon dont ça l'a affectée, elle croise August, qui s'est caché des autres. Il est complètement fait de bois, honteux des actions de sa vie. Emma est choquée quand Neal invite sa fiancée, Tamara, à venir à Storybrooke.

Parallèlement, avant que le sort ne soit jeté, August est présenté à un homme de magie qui pourrait l'empêcher de se retransformer en bois mais à un certain prix.

Mr Gold demande l'aide de David pour essayer de débloquer les souvenirs maudits de Belle et la faire tomber amoureuse de lui de nouveau. Quand il est révélé que les haricots magiques qu'Anton et les nains ont collectés ont commencé à pousser et pourraient potentiellement transporter tout le monde chez eux, Emma est tiraillée entre vivre dans le monde des contes de fée ou rester dans notre monde.

Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin force Belle à l'accompagner dans une chasse pour tuer un voleur qu'il avait libéré au nom de la miséricorde.

Avec l'aide du Capitaine Crochet, Regina tente de mettre au point un plan qui l'aidera à retourner avec Henry au royaume magique. Cependant, sa stratégie se retourne contre elle et la petite ville Storybrooke pourrait bien être rayée de la carte. Parallèlement, Emma a de plus en plus de soupçons vis à vis de Tamara. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, la Méchante Reine demande à Rumplestiltskin de la transformer en paysanne méconnaissable dans le but de tuer Blanche Neige, devenue très méfiante. Ainsi déguisée, elle a également l'objectif tordu de gagner l'amour et le respect de ses sujets.

Emma, Mary Margaret et David partent à la recherche de Regina quand ils découvrent qu'elle a disparu ainsi que quelques haricots magiques. Mais malgré les protestations de Neal, Emma croit encore que Tamara est liée à la disparition de Regina. Mr Gold envisage de dire à Lacey la vérité sur sa capacité à faire de la sorcellerie.

Parallèlement, après que Rumplestiltskin ait abandonné son fils et l'ait laissé voyager seul à travers le portail, le jeune Bae se retrouve dans le Londres du 19ème siècle où il est accueilli par la famille Darling, se liant d'amitié avec leur fille Wendy.