Le jour de ses 28 ans, Emma Swann reçoit la visite d'Henry, le fils qu'elle à abandonné dix ans plus tôt. Elle accepte de le raccompagner chez lui, à Storybrooke. Là-bas, elle fait la connaissance de Regina Mills, la mère adoptive d'Henry et maire de la ville. Inquiète pour son fils, Emma décide de rester quelque temps afin de s'assurer qu'il va bien. L'horloge de la ville, arrêtée depuis toujours, se remet en marche.

Henry, persuadé que John Doe, l'homme dans le coma, est en réalité le prince charmant, demande à Mary Margaret de lui faire la lecture d'un conte. Sceptique au premier abord, elle accepte, puis voit la main de l'inconnu bouger. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, le Prince Charmant rencontre Blanche-Neige pour la première fois.

Emma est embauchée par Mr Gold afin de retrouver Ashley Boyd, une jeune femme enceinte. Elle accepte, sans savoir qu'Ashley a promis son enfant à M. Gold, et qu'elle a fui pour pouvoir le garder. Emma la retrouve et la conduit à l’hôpital où elle donne naissance à une petite fille. Pour qu'Ashley et Sean puissent garder l'enfant, Emma fait à son tour un pacte avec Mr Gold. Dans le monde des contes, Cendrillon a également passé un marché avec Rumpelstiltskin.

Le shérif Graham fait d'Emma son adjointe contre l'avis de Regina. À Storybrooke, le sol tremble et une fosse géante apparaît. Henry, curieux, se met en danger lorsqu'il décide d'explorer le gouffre pour voir si son contenu peut lier les habitants de Storybrooke au monde féerique. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, Jiminy Cricket aspire à quitter l'entreprise familiale pour devenir la personne qu'il veut être.

David est confus quand il doit choisir entre quitter sa femme Kathryn pour Mary Margaret, ou rester avec elle malgré ses sentiments pour Mary Margaret. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, le prince charmant est mis au défi pour ramener la tête d'un dragon en échange d'or. La véritable identité du Prince James est révélée.

Le shérif Graham pense qu'il est fou lorsqu'il se met à rêver d'un loup, puis qu'il le voit lorsqu'il est éveillé. Parallèlement, dans le monde féerique, la Reine engage un chasseur pour tuer Blanche-Neige. De retour à Storybrooke, lorsqu'Emma et Graham s'embrassent, ce dernier a une vision de son passé. Lorsqu'elle découvre leur liaison amoureuse, Regina a une réaction qui cause une lourde perte dans la petite ville du Maine.

Alors qu'Emma et Sidney se lancent dans la course à la succession de Graham au poste de shérif, Regina et M. Gold choisissent chacun leur camp. Parallèlement dans le monde des contes de fées, Rumpelstiltskin cherche par tous les moyens à protéger son propre fils.

Emma fait tout pour que deux enfants orphelins ne se retrouvent pas en famille d'accueil. Dans le monde féerique, la Reine envoie Hansel et Gretel chez une sorcière maléfique afin de récupérer quelque chose qui lui appartient. Un inconnu arrive à Storybrooke.

Mary Margaret et David continuent de s'éviter même si leurs sentiments l'un envers l'autre sont de plus en plus forts. Dans le monde des contes de fées, Blanche-Neige et le Prince Charmant ont toujours des pensées chacun à l'égard de l'autre bien que le mariage de ce dernier avec la fille du Roi Midas approche à grands pas. Pour ne pas souffrir de cet amour impossible, Blanche-Neige prend une décision qui pourrait la changer définitivement.

Sidney, en colère contre Regina qui l'a renvoyé, demande de l'aide à Emma pour trouver des éléments qui pourraient servir à prouver que Regina fraude ; mais leurs découvertes ne tournent pas à leur avantage. Dans le monde féerique, le roi Léopold, père de Blanche-Neige, rencontre un génie qui lui accorde trois vœux.

Emma garde un œil sur M. Gold après que la maison de ce dernier a été cambriolée, au cas où celui-ci tenterait de faire justice lui-même. Pendant ce temps, Mary Margaret, Ruby et Ashley se préparent pour une soirée entre filles pour la Saint-Valentin. Dans le monde féerique, Belle sacrifie sa liberté en échange de la paix pour son village après une guerre contre les ogres. De retour à Storybrooke, davantage de mystères apparaissent autour de Regina.

Comme ses sentiments envers Mary Margaret sont de plus en plus forts, David veut mettre fin à son mariage sans amour avec Kathryn. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, alors que le Prince Charmant, fugitif marié, recherche Blanche-Neige, il s'engage à aider Abigail dans une mission dangereuse pour récupérer quelque chose de précieux qu'elle a perdu.

Mary Margaret et Leroy forment une équipe improbable pour une bonne cause : aider les religieuses de Storybrooke à vendre leurs bougies pendant le festival de la Journée du Mineur. Mais Leroy fait une promesse à une religieuse, Astrid, qu'il pourrait avoir du mal à honorer. De son côté, Emma se penche sur la mystérieuse disparition de Kathryn, la femme de David. Pendant ce temps, au pays des contes de fées, Grincheux trouve l'amour interdit avec Nova, une fée belle mais maladroite.

Quand Ruby quitte le restaurant de Mère-grand complètement déprimée, Emma l'engage comme assistante pour l'aider à découvrir ce pourquoi elle est douée dans la vie. Parallèlement, Emma continue également d'interroger David au sujet de la disparition, et éventuellement l'assassinat, de Kathryn. Pendant ce temps, dans le monde féerique, Le Petit Chaperon Rouge aspire à s'enfuir avec son véritable amour. Mais elle et les autres habitants deviennent des prisonniers virtuels quand un loup sanguinaire poursuit son implacable folie meurtrière.

Mary Margaret embauche M. Gold comme avocat quand Emma est obligée de l'arrêter pour le meurtre présumé de la femme de David, Kathryn. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, le Prince Charmant est déterminé à stopper Blanche Neige, dont la mémoire est altérée par la potion de Tracassin, dans sa tentative d'assassiner la Méchante Reine.

Alors qu'elle recherche Mary Margaret qui a disparu, Emma est kidnappée par un homme dont l'obsession pour les chapeaux relève de la folie. Pendant ce temps, les téléspectateurs seront transportés pour la première fois en dehors du monde des contes de fées quand la Méchante Reine persuade un magicien de l'aider à voler quelque chose à la Reine de Coeur du pays des merveilles.

Emma continue à chercher des éléments qui pourraient prouver l'innocence de Mary Margaret dans l'assassinat de Kathryn. Pendant ce temps, au pays des contes de fées, Regina, dont l'âme n'est pas encore obscurci, doit choisir entre trahir sa mère, Cora, en épousant son véritable amour ou vivre dans la famille royale mais sans amour. L'événement qui a conduit la Méchante Reine à détester Blanche Neige est révélé.

Tandis que M. Gold tente de découvrir la véritable identité d'August, Emma confronte Regina au sujet de son implication dans la disparition de Kathryn et David essaie de se réconcilier avec Mary Margaret. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, Rumplestiltskin s'engage auprès de son fils à redevenir l'homme aimant qu'il était s'il parvient à lui trouver un moyen d'abandonner ses pouvoirs en toute sécurité.

August emmène Emma faire un petit tour pour lui montrer comment battre Regina et récupérer la garde d'Henry. Avec Mary Margaret de retour au travail, Regina conçoit un plan pour séduire David. Pendant ce temps, au royaume des contes de fées, Geppetto accepte de construire l'armoire magique qui mettra Blanche-Neige et le Prince Charmant à l'abri mais exige que son fil soit également sauvé.

Henry convainc Emma de rester à Storybrooke pour continuer sa quête de sauveuse du monde des contes de fées. De son côté, Regina concocte un plan qui pourrait la débarrasser définitivement d'Emma. Pendant ce temps, au royaume féerique, Blanche Neige cherche à enrôler le plus de personnes possible pour attaquer la Méchante Reine et sauver le Prince Charmant.

Emma et Regina font équipe afin de trouver un moyen de sauver la vie d'Henry. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fée, le Prince Charmant tente d'échapper aux griffes de la Méchante Reine afin de retrouver Blanche Neige qui, à son insu, a déjà croqué dans la pomme empoisonnée de la Reine.