Regina, qui voit en Emma une menace, tente de la faire quitter la ville. Elle soupçonne aussi Mr Gold d'être au courant de sa véritable identité. Dans le monde des contes, la reine met en marche sa malédiction.

Le shérif Graham pense qu'il est fou lorsqu'il se met à rêver d'un loup, puis qu'il le voit lorsqu'il est éveillé. Parallèlement, dans le monde féerique, la Reine engage un chasseur pour tuer Blanche-Neige. De retour à Storybrooke, lorsqu'Emma et Graham s'embrassent, ce dernier a une vision de son passé. Lorsqu'elle découvre leur liaison amoureuse, Regina a une réaction qui cause une lourde perte dans la petite ville du Maine.

Alors qu'Emma et Sidney se lancent dans la course à la succession de Graham au poste de shérif, Regina et M. Gold choisissent chacun leur camp. Parallèlement dans le monde des contes de fées, Rumpelstiltskin cherche par tous les moyens à protéger son propre fils.

Sidney, en colère contre Regina qui l'a renvoyé, demande de l'aide à Emma pour trouver des éléments qui pourraient servir à prouver que Regina fraude ; mais leurs découvertes ne tournent pas à leur avantage. Dans le monde féerique, le roi Léopold, père de Blanche-Neige, rencontre un génie qui lui accorde trois vœux.

Mary Margaret et Leroy forment une équipe improbable pour une bonne cause : aider les religieuses de Storybrooke à vendre leurs bougies pendant le festival de la Journée du Mineur. Mais Leroy fait une promesse à une religieuse, Astrid, qu'il pourrait avoir du mal à honorer. De son côté, Emma se penche sur la mystérieuse disparition de Kathryn, la femme de David. Pendant ce temps, au pays des contes de fées, Grincheux trouve l'amour interdit avec Nova, une fée belle mais maladroite.

Alors qu'elle recherche Mary Margaret qui a disparu, Emma est kidnappée par un homme dont l'obsession pour les chapeaux relève de la folie. Pendant ce temps, les téléspectateurs seront transportés pour la première fois en dehors du monde des contes de fées quand la Méchante Reine persuade un magicien de l'aider à voler quelque chose à la Reine de Coeur du pays des merveilles.

Emma continue à chercher des éléments qui pourraient prouver l'innocence de Mary Margaret dans l'assassinat de Kathryn. Pendant ce temps, au pays des contes de fées, Regina, dont l'âme n'est pas encore obscurci, doit choisir entre trahir sa mère, Cora, en épousant son véritable amour ou vivre dans la famille royale mais sans amour. L'événement qui a conduit la Méchante Reine à détester Blanche Neige est révélé.

Tandis que M. Gold tente de découvrir la véritable identité d'August, Emma confronte Regina au sujet de son implication dans la disparition de Kathryn et David essaie de se réconcilier avec Mary Margaret. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, Rumplestiltskin s'engage auprès de son fils à redevenir l'homme aimant qu'il était s'il parvient à lui trouver un moyen d'abandonner ses pouvoirs en toute sécurité.

Alors qu'Emma, Mary Margaret, David, Regina et Crochet continuent leur recherche d'Henry au Pays Imaginaire, Peter Pan apparaît devant une Emma surprise et lui offre une carte qui va révéler les allées et venues de son fils. Mais la seule façon de faire apparaître la carte pour Emma est de cesser de nier qui elle est vraiment et venir à bout de ses vrais sentiments au sujet de son identité - et M. Gold reçoit certains conseils inattendus d'un ami qui pourrait l'amener à comprendre le voyage de sa vie tout en étant au Pays Imaginaire. Pendant ce temps, sur les terres du conte de fée, quand la Reine du Mal présente à Blanche Neige une offre pour vivre sa vie en paix avec Charmant - avec la mise en garde qu'elle renonce à sa prétention au trône - Charmant décide de veiller à ce que Blanche n'accepte pas l'offre.

Alors que la vie d'Henry est dans la balance, la course est lancée pour empêcher Pan d'acquérir les pouvoirs magiques du cœur du vrai croyant. Pendant ce temps, à Storybrooke du passé, Regina décide de combler un vide dans sa vie et, avec l'aide de Mr Gold, vise à adopter un bébé.

Une jeune femme nommée Elsa se retrouve à Storybrooke, effrayée et confuse. Craignant les intentions des habitants, elle crée pour sa protection un puissant monstre des neiges. D'ailleurs, avec le retour de Marianne, la femme de Robin des Bois, Regina se demande si son propos « heureux pour toujours » avec l'ancien voleur, est encore d’actualité. Lors de sa lune de miel avec Belle, Gold trouve un objet intrigant. Il se repose ainsi la question de savoir si oui ou non, il doit officiellement donner le contrôle du poignard, qui fait de lui le Ténébreux, à Belle. De son côté, le capitaine Crochet est ennuyé de voir qu’Emma semble l'éviter, alors qu'elle tente de réconforter Regina.

Pendant ce temps, dans l’Arendelle du passé, le mariage d’Anna et Kristoff approche. Anna, la sœur d’Elsa, découvre que leurs parents, morts à bord d’un navire pris dans une violente tempête, se rendaient non pas dans les Royaumes du Nord pour un traité commercial mais vers une mystérieuse destination appelée Misthaven. Ils semblaient être à la recherche d’un moyen qui pouvait contenir les pouvoirs de glace d’Elsa. Et c’est contre la volonté de cette dernière, qu’Anna souhaite terminer leur voyage pour trouver ce qu’ils cherchaient.

Emma continue d'aider Elsa à retrouver Anna, sans succès, mais aussi la Reine des neiges. Regina cherche également à retrouver la sorcière et compte sur l'aide de Sidney. Le voyage va rapprocher Emma et Regina malgré elle, et raviver de vieux souvenirs chez Emma du temps ou elle était en famille d'accueil.

Après la mort de Crochet qui s'est sacrifié pour libérer Emma des ténèbres, Emma, Regina, Robin, David, Mary-Margaret, Gold et Henry arrivent aux Enfers, une vision déformée de Storybrooke où errent les âmes de personnes ayant encore une tâche à accomplir et, pour certains, qui attendaient les héros.

Dans le passé, Blanche-Neige et le Prince Charmant font un vœu spécial destiné à protéger Emma. Le résultat du souhait pousse alors tout le Royaume à chanter, ce qui rend la Méchante Reine furieuse.

À Storybrooke, la Fée Noire annonce vouloir jeter une nouvelle Malédiction sur la ville, tandis que Crochet et Emma se préparent pour leur mariage.