Dopo aver aiutato Batman, Acquaman, Flash e Freccia Verde a catturare Mr. Freeze, Capitan Cold e Killer Frost, Robin, Aqualad, Kid Flash e Speedy vengono portati nella sala della giustizia. Speedy si rammarica del fatto che essi non possono diventare membri della Justice League e si allontana. Mentre la Justice League viene convocata in missione, le giovani spalle decidono di mostrare il loro valore e vengono coinvolti negli intrighi del Cadmus, incontrando un clone di Superman noto come Superboy...

Robin, Aqualad e Kid Flash liberano Superboy dal controllo mentale del Cadmus. Anche Dubbilex e i Genomorfi vengono liberati e affermano che volevano la loro libertà da Mark Desmond, il quale assume la formula di Blockbuster trasformandosi. Quando Blockbuster viene sconfitto arriva la Justice League; Superman è sorpreso nell'incontrare Superboy e, come Batman, chiede una spiegazione. Alla fine il team dei giovani sidekick è ammesso a lavorare come squadra per missioni speciali per conto della Justice League.

Superboy vorrebbe un più stretto rapporto con Superman, ma questi praticamente lo ignora, rendendo il ragazzo sempre più violento ed irrazionale. Le cose peggiorano quando la squadra affronta Amazo, un androide creato dal folle Professor Ivo, in grado di usare contro di loro tutti i poteri dei membri della Justice League. Nel frattempo, Batman cerca di convincere Superman ad accettare Superboy ma egli non sembra intenzionato a intrattenere alcun rapporto con il ragazzo.

La squadra ottiene da Batman un giorno di riposo e Aqualad (pervaso dalla nostalgia per il suo mondo), ma in realtà più scoraggiato a causa di un'esercitazione andata male, il ragazzo non è più sicuro che la superficie sia il posto giusto per lui. Durante la permanenza ad Atlantide ne approfitta per rivedere la sua amata Tula; il giovane è però ignaro che in sua assenza Tula ha intrapreso una relazione con il suo amico Garth. In questo frangente Black Manta e il suo esercito invadono Atlantide al fine di rubare una creatura marina congelata nel ghiaccio. Sconfitti i nemici, anche se con la semi distruzione della creature, Aqualad capisce di appartenere alla squadra.

La squadra scopre che Aqualad ha omesso informazioni importanti su una talpa all'interno del gruppo che mettono tutti a rischio. Batman invia la squadra e Capitan Marvel in India per indagare su rapporti bizzarri di animali armati che attaccano gli esseri umani. La squadra non riesce inizialmente a tenere la situazione sotto controllo a causa dei sospetti di Aqualad ma quando Capitan Marvel scompare durante la missione i ragazzi decidono di stabilire una tregua. I ragazzi scoprono che dietro a tutto c'è il supercriminale Cervello, che è intenzionato a studiare il cervello di Capitan Marvel, e gli animali vengono liberati dai collari di veleno. Superboy adotta un grande lupo bianco geneticamente potenziato, che egli chiama Wolf.

Quando giganteschi mostri pianta attaccano le principali città del mondo, Batman assegna alla squadra di eliminare la Gang dell'Ingiustizia, costituita da Joker, Conte Vertigo, Poison Ivy, Atomic Skull, Wotan, Black Adam e Ultra-Humanite. La Gang dell'Ingiustizia è però solo uno specchio per allodole per distrarre gli eroi dallo scoprire chi c'è davvero dietro i recenti avvenimenti.

Zatanna si unisce alla squadra e i ragazzi si mettono a caccia di Tornado Rosso, determinati a scoprire una volta per tutte se il robot sia la talpa all'interno del loro team. Interrogando il Professor Ivo presso il carcere di Belle Reve, la squadra rintraccia Tornado e i suoi fratelli rossi; c'è però un quarto fratello androide, noto come Vulcano Rosso, che tenta di distruggere la Terra: i tre rossi lo attaccano sciogliendosi nella lava. Tornado Rosso viene salvato da Superboy e rivela la verità: aveva lasciato la base al fine di proteggere la squadra da ulteriori attacchi dei suoi fratelli.

Durante un'invasione aliena, il team affronta la sfida finale quando sono costretti a sostituire tutti gli eroi caduti della Justice League. Quando sembra che non ci sia più speranza dopo la morte dei membri della squadra Megan viene devastata dal dolore. Tuttavia, la squadra più tardi scopre che l'invasione era soltanto una simulazione di allenamento mentale tenuta da Martian Manhunter, ma sfuggita al suo controllo a causa dell'influenza dell'enorme potere telepatico di sua nipote, Miss Martian.

Ancora traumatizzata dall'esercizio di addestramento mentale, la squadra tenta di lavorare attraverso i loro sentimenti con Black Canary, l'unico che rifiuta di parlare è Superboy che si allontana dalla caverna insieme a Wolf e a Sfera. Nel frattempo, la Sfera si attiva e attira l'attenzione del popolo che possedeva il congegno in precedenza, i Forever People. Superboy e i Forever People lottano contro l'Intergang che sta utilizzando la tecnologia di Apokolips per rapinare oro da un caveau sotterraneo, per poi scoprire che i criminali hanno ricevuto la tecnologia Apokolips da Desaad.

Freccia rossa si unisce alla squadra e si imbarca in una missione con Kid Flash, Aqualad e Artemis per rintracciare Sportmaster e Cheshire. Artemis scopre che Klarion, Cervello e il Professor Ivo stanno lavorando tutti insieme ad un progetto segreto. Nel frattempo presso la grotta, gli altri membri del team scoprono il corpo umano di Tornado Rosso, che egli prevede di utilizzare per confondersi fra gli esseri umani. Sportmaster si rivela poi essere il vero padre di Artemis, e cerca di convincerla che lei appartiene alla sua famiglia criminale, non alla squadra.

Nightwing arriva sul "Mondo Guerra" per indagare sulla scomparsa della squadra, ma Blue Beetle copre le sue tracce insistendo sul fatto che un boomdotto si è aperto e ha risucchiato tutti tranne se stesso. Nel frattempo, Tigress (Artemis), Miss Martian e Aqualad stanno temporeggiando per cercare di capire come salvare la vita di Megan, dopo che Black Manta le ha dato un ultimatum di 24 ore per finire il suo compito e curare la psiche del figlio. Aqualad e Miss Martian vengono però attaccati da Cheshire, che si è infiltrata nella base sottomarina con Sportmaster, per vendicare la sorella Artemis che crede morta.

Lex Luthor incoraggia i Runaways a salvare la squadra, prigioniera sul Mondo Guerra, fornendo loro una scatola che li trasporta nello spazio. anche Arsenal sta cercando di liberare i suoi compagni, e quando Black Beetle attacca i Runaways, Roy interviene e riesce a liberare Mongul nella conseguente battaglia. Nella confusione, Deathstroke ruba la chiave di attivazione del Mondo Guerra.

Blue Beetle è diventato l'eroe-immagine dei Cavalieri sconfiggendo il Giocattolaio a Metropolis. Il ragazzo viene però aggredito da Batgirl e Impulso, che agiscono come esche mentre Zatanna e Rocket riescono ad imprigionarlo in un campo di forza e sottometterlo con la magia. I quattro eroi portano Jaime alla caverna sotterranea degli scarabei alieni in Bialya, dove Zatanna esegue un incantesimo per liberare Jaime e Green Beetle dal controllo mentale dei Cavalieri.

La Luce indice un vertice con i Cavalieri per discutere l'avanzata dei loro piani. Quando le tensioni tra i due gruppi iniziano a venire alla ribalta, Ra's Al Ghul si accorge del gioiello magico che cela le vere spoglie di Tigress, e Deathstroke uccide i traditori Artemis e Aqualad. Tuttavia, un ologramma registrato da Aqualad rivela ai Cavalieri come la Luce aveva intenzione di tradirli e questo scatena una battaglia tra i due gruppi. Aqualad e Artemis improvvisamente rinvengono, e Deathstroke si scopre essere un travestimento di Miss Martian (che ha preso il suo posto prima dell'inizio del vertice). L'arrivo poi della Squadra e Kid Flash rovescia le sorti della battaglia, mentre Vandal Savage e Klarion fuggono sul Mondo Guerra, di cui precedentemente avevano sottratto la chiave di attivazione a Black Beetle.