La storia ha inizio "tanto tempo fa, nel lontano 2977". Il Governo Unificato della Terra guida un pianeta in pace, in cui le persone vivono in uno stato di perenne indifferenza rispetto a quello che accade nel mondo ed intorno ad esso. Le macchine hanno sostituito l'uomo nei lavori più comuni. Il prezzo che ha pagato la Terra per l'avidità dell'uomo è stato lo spreco di tutte le sue risorse, i mari sono stati quasi prosciugati e molti beni vengono attinti da altri pianeti, perché ormai la Terra non è più produttiva. La classe dirigente, rappresentata dal Primo Ministro, è intenta solo a racimolare voti alle elezioni e a negare l'evidenza di gravi problemi. Le persone che non condividono questo tipo di mentalità sono tenute ai margini della società, considerate fuorilegge (Capitan Harlock e la sua ciurma) o idealisti fuori di senno (il professor Dayu e la sua famiglia). Questo stato di apatia non viene turbato nemmeno dall'arrivo sulla Terra di una misteriosa e gigantesca sfera nera, chiamata Pennant, che precipitando causa un immane disastro. Sul Pennant,sono incisi strani simboli. Harlock inizia ad indagare su questa sfera e scopre che l'oggetto, coperto da strane iscrizioni, è stato inviato come monito dal potente pianeta Mazone, che vuole conquistare la Terra e trasformarla nella sua seconda patria. Dopo alcuni mesi vengono decodificati. Le incisioni riportano: Mazone è nella terra, Mazone è nell'acqua, Mazone è nell'aria, Mazone è nel fuoco, Mazone è nello spazio. Dopo l'arrivo della sfera, vengono assassinati alcuni eminenti scienziati, tra cui il professor Dayu. Tadashi, figlio del professor Dayu, scopre che l'assassino è una donna. Tadashi quindi, per spirito di vendetta e ribellione verso la società indifferente, si arruola tra le fila di Harlock. Capitan Harlock comincia quindi una guerra solitaria a bordo della sua astronave Arcadia contro le Mazoniane, per salvare la Terra. Capitan Harlock, quando non è in combattimento, trova il tempo di scendere sulla Terra e fare visita a Mayu, figlia del suo migliore amico. Mayu ha sette anni e vive in un collegio, dove viene spesso maltrattata a causa della sua amicizia con il pirata spaziale (che legalmente è il suo tutore) e viene spesso utilizzata come esca dal ministro della difesa Kirita per cercare di catturare Harlock. Nonostante i trucchi e le trappole organizzate dagli umani e dalle Mazoniane per distruggere Harlock e l'Arcadia, Harlock riesce sempre a sfuggire e vincere le battaglie. Aiutato anche dallo spirito dell'amico morto Tochiro Oyama (padre di Mayu e costruttore dell'Arcadia), rimasto nella nave pirata, riesce a danneggiare fortemente la flotta mazoniana e a salvare la Terra. Harlock si scontra in duello con la regina delle Mazoniane chiamata Raflesia e dopo averla ferita la costringe ad abbandonare i suoi propositi di conquista. Infine Harlock, abbandonando i membri del suo equipaggio per permetter loro di costruirsi una vita sulla Terra, salpa per il cosmo. È l'anno 2979. Si evince quindi che la guerra contro Raflesia, così come l'intera serie, è durata due anni.