Un mostro si reca ad Agrabah, e cattura Aladdin e i suoi amici, tranne Genio. Il rapitore si rivela essere il Mukhtar, e libererà gli altri se Genio accetta di aiutarlo ad affrontare Mozenrath. Genio accetta con riluttanza, e si recano nella Terra delle Sabbie Nere.

Quando il tesoro che le guardie reali stanno trasportando verso un regno vicino viene rubato dai predoni ogni volta, senza che ci sia alcun modo per fermarli, Jasmine manda Aladdin e i suoi amici a scoprire chi c'è dietro, per evitare una potenziale guerra tra i due regni. Tuttavia, il piano fallisce, e Aladdin tradisce le guardie reali e il suo gruppo, unendosi ai predoni. Tuttavia, il tradimento di Aladdin è in realtà uno stratagemma per andare sotto copertura e scoprire l'arma segreta dei predoni: una clessidra magica che blocca momentaneamente il tempo. Le cose si complicano quando Agrabah assume ulteriormente i Cavalieri di Ramond e Jasmine decide di accompagnarli durante la prossima spedizione.

Genio ed Eden si ritrovano per l'anniversario del loro primo incontro, ma Mozenrath ha altri piani. Rende Genio suo prigioniero e lo utilizza per alimentare una macchina che può creare una pietra filosofale in grado di aumentare i suoi poteri magici, secondo le istruzioni di Khartoum, la faccia di uno stregone intrappolato all'interno di un libro. Quando Aladdin, Eden e gli altri lo scoprono, liberano Genio, ma anche Eden viene catturata (Mozenrath la inganna col fatto che lei darebbe la sua vita per Genio) ed entrambi finiscono per alimentare la macchina. Nel frattempo, Mozenrath ottiene la pietra filosofale e scopre di essere stato ingannato a sua volta: anziché aumentare i suoi poteri, libera involontariamente Khartoum dal suo libro. Aladdin libera Genio ed Eden, facendo ripristinare i loro poteri, e sconfiggono Khartoum, afferrando la pietra e inviandola nello spazio, dove poi esplode.

Mirage usa uno scrigno magico, che suona una melodia in grado di far addormentare tutti quanti, fino a quando non si chiude di nuovo. Spetta ad Aladdin e Jasmine trovare lo scrigno prima di addormentarsi e impedire a Mirage di prendere il controllo di Agrabah.

Mentre Mozenrath sta morendo per gli effetti collaterali del suo guanto magico, quest'ultimo ha in mente di scambiare il suo corpo con quello di Aladdin per prolungare la sua vita, e lo cattura. Tuttavia, a causa delle interferenze degli amici di Aladdin, la sua mente e quella di Mozenrath condividono lo stesso corpo. Mentre il gruppo si dirige a cercare l'Elisir della vita per invertire l'incantesimo, Mozenrath decide di prendere l'Elisir per tenersi il corpo di Aladdin, e spetta allo spirito di quest'ultimo evitare che ciò accada.

Jasmine sogna la venuta di un potente spirito chiamato l'Intangibile, che giudicherà Agrabah se sarà risparmiata o distrutta. Tutti cercano di convincerla che era solo un sogno, fino a quando non compaiono i segni dell'arrivo dell'Intangibile, che, infine, arriva. Ora, Aladdin e i suoi amici devono trovare l'unica cosa che possa rendere Agrabah degna dell'approvazione dell'Intangibile, prima che faccia la stessa fine di Atlantide, Pompei e Babilonia.

Ayam Aghoul ha in mente di prendere le ombre di Aladdin e dei suoi amici con la propria ombra e condurle nel Regno del Nulla, con grande disapprovazione di Faribu, la Custode delle ombre. L'ombra di Aghoul riesce a prendere l'ombra di Aladdin e quelle degli altri. Aladdin e Genio si recano nel Mondo delle Ombre a cercare l'aiuto di Faribu, ma vengono inseguiti da Ayam Aghoul. L'ombra del Sultano viene presa, ma Jasmine e gli altri raggiungono il Regno delle Ombre, mentre Aladdin inganna Aghoul, liberando Faribu. Aghoul viene bandito nel Regno del Nulla e le ombre di tutti tornano dai loro proprietari.