Grâce à une astuce, les enfants obtiennent des armes ninja et entreprennent de jouer aux ninjas. Lorsque Butters vient jouer avec eux, vêtu de sa tenue de Professeur Chaos, Kenny lui lance un shuriken dans l'œil. Paniqués, les enfants ne savent que faire : ramener Butters aux parents et se faire disputer ou le déguiser en chien pour l'emmener chez le vétérinaire.

Alors que les Jeux olympiques spéciaux commencent à Denver, Cartman, voyant qu'il y a de l'argent en jeu, décide de se faire passer pour un handicapé pour empocher la cagnotte. Jimmy décide quant à lui de tout faire pour gagner les jeux, quitte à prendre des stéroïdes.

Cartman convainc Kyle d'aller voir La Passion du Christ. Ce film choque tellement Kyle qu'il remet sa foi en question. Stan et Kenny quant à eux trouvent le film si nul qu'ils veulent à tout prix se faire rembourser. Cartman, lui, décide de monter une armée pour exterminer les juifs.

Alors qu'ils n'avaient rien demandé, Stan, Kyle, Cartman et Kenny se font « doucher » dans une « battle » de danse par un groupe de gamins d'Orange County. Stan raconte l'histoire à son père, qui est catastrophé que son fils se soit fait « doucher ». Il décide de l'entrainer pour qu'il puisse rendre la pareille aux gamins d'Orange County. Quand les quatre amis rencontrent à nouveau la bande rivale, Stan met en pratique ce que son père lui a appris et « douche » à son tour ses adversaires, devant les yeux médusés de ses trois camarades.

Butters Stotch a un nouveau copain robot, Génial-O. Mais ce dernier est en réalité Cartman qui a un plan pour ridiculiser Butters : il se fait le meilleur ami de Butters afin que celui-ci lui raconte tous ses secrets (sans doute pour les divulguer aux autres élèves de l'école ensuite). Mais Butters révèle qu'il a une cassette vidéo sur laquelle Cartman figure déguisé en Britney Spears, aux côtés d'une silhouette cartonnée de Justin Timberlake. Dès lors le plan de Cartman change radicalement : il veut récupérer cette cassette par tous les moyens.

Stan, Kyle, Cartman et Kenny rencontrent leurs nouveaux voisins : Michael Jefferson et Blanket, qui porte en permanence un masque. M. Jefferson semble avoir beaucoup d'argent : il possède un grand nombre de bornes d'arcade dans son salon et un mini parc d'attraction dans son jardin.

Des hommes de l'an 3045 débarquent à South Park grâce à un portail temporel qui s'est ouvert juste au bord d'une route. Ils fuient leur époque dans laquelle la vie des humains est devenue un enfer. Surnommés « les Gluants » en référence au fluide qui les recouvre en arrivant du futur, ils vont proposer leurs services pour des salaires dérisoires. Les habitants de South Park se retrouvent tous sans travail et vont tenter de se débarrasser des nouveaux arrivants toujours plus nombreux de jour en jour. Étant donné que le portail temporel ne peut fonctionner que dans un seul sens, ils en arrivent à la conclusion que pour faire disparaitre les importuns, la meilleure solution est de les empêcher d'exister. Pour cela, ils vont tenter de détruire le futur en ne faisant plus d'enfants : ils organisent alors une gigantesque partouze homosexuelle.

L'école de South Park doit changer sa mascotte à la suite du lobbying de la PETA. Les enfants n'aiment pas les mascottes qui leur sont proposées, si bien que Kyle propose « une poire à lavements » alors que Cartman préfèrerait plutôt « un sandwich au caca ». Deux groupes se forment alors : Kyle reçoit le soutien de Kenny, et Cartman celui de Butters. La campagne électorale s'annonce féroce. Quant à Stan, tout le monde essaye de le raisonner afin qu'il comprenne que le vote est important.

Une succursale Wall-Mart a été construite à la place de la mare de Stark. Tous les habitants de South Park vont à ce magasin et ne vont faire leurs achats qu'à cet endroit, car les prix sont beaucoup plus bas que chez tous les autres magasins de la ville. Ceux-ci, privés de clientèle, ferment. Pour le chasser de la ville, Kyle et Stan n'ont pas d'autre choix que de trouver le moyen de détruire le Wall-Mart... définitivement.

Stan, totalement paniqué, annonce à ses trois amis que Trent Boyett, un de leurs anciens camarades de la maternelle, vient tout juste d'être libéré de la prison pour jeunes délinquants. Les garçons s'inquiètent et commencent à préparer un plan pour se défendre contre la colère de Trent. En effet, ce sont eux qui sont les responsables de l'accident qui causa l'emprisonnement de Trent.

Stan, Kyle, Cartman, Butters, Token et Jimmy présentent ensemble un journal télévisé pour le circuit interne de l'école de South Park, mais ils ont des difficultés avec l'audimat. Face à une émission de Craig qui passionne les foules, ils doivent trouver toujours plus d'idées.

Un tueur en série décime la population de South Park : il larde ses victimes de coups de couteaux et leur coupe la main gauche. Un seul homme peut l'arrêter : le tout-frais médium Eric Cartman.

Stan fait la connaissance des petits animaux de la forêt qui lui demandent de construire une crèche de Noël pour accueillir leur Seigneur et Sauveur car l'une d'entre eux est enceinte et vierge. Stan leur obéit et tue le puma qui tuait l'enfant de la femelle vierge enceinte tous les ans, mais à son retour découvre que les petits animaux ne vénèrent pas le seigneur qu'il croyait...