Una notte, poco prima dell'apertura della stagione della raccolta di tartufi, qualcuno uccide con del veleno tutti i cani addestrati per cercare il tartufo. Il giorno dopo, don Matteo si sta recando in bicicletta alla chiesa di Sant'Antonio per celebrare la tradizionale benedizione degli animali; incontra Salvatore Folena che sta andando alla benedizione con il suo cane Phoenix. Folena, che è un cercatore di tartufi, offre un passaggio a don Matteo. Phoenix è l'unico cane da tartufo rimasto vivo a Gubbio. I proprietari dei cani assassinati vanno in caserma per denunciare l'accaduto al maresciallo Cecchini. Uno di loro nota subito l'assenza di Folena, e lo accusa immediatamente: se l'unico cane risparmiato da questa strage è Phoenix, significa che il colpevole è Folena. I Carabinieri interrompono la benedizione degli animali per portare Folena in caserma: lì, il sospettato viene interrogato dal capitano Anceschi. Folena si dichiara innocente ma fornisce un alibi fasullo: dice infatti che mentre quei cani venivano assassinati lui si trovava a Città di Castello per fare visita a sua madre, ma la signora non conferma la sua versione dei fatti. Anceschi gli fa capire che il fatto di cui è accusato costituisce un reato penale, anche se le vittime non sono esseri umani.

In canonica, intanto, Natalina è esasperata dalla convivenza con Nonna Elide, perché la vecchia ha l'abitudine di chiudersi a chiave in bagno senza poi riuscire ad aprire la porta. Proprio nel bel mezzo di un litigio, arriva un messo comunale che assegna a Elide e a Nerino una casa popolare, poiché che ne avevano fatto richiesta.

Folena chiede aiuto a don Matteo e gli spiega perché ha fornito un alibi falso: la notte della strage lui si trovava nel bosco a cercare tartufi, ma la stagione non era ancora aperta.