Dans le nord des Etats-Unis, on retrouve le corps d'une jeune fille flottant sur une rivière. Un agent du FBI, a de terrifiantes visions qui semblent annoncer un meurtre identique dans l'année…

Dale Cooper reconnaît dans la mort de Laura Palmer des similitudes avec le meurtre d'une certaine Teresa Banks, commis dans la région un an auparavant. Un minuscule morceau de papier, portant la lettre « R », enfoncé sous l'ongle de la jeune fille, semble confirmer cette théorie…

Leo Johnson menace Bobby et Mike car il n'a pas été payé pour sa dernière livraison de cocaïne. Benjamin Horne et son frère Jerry se rendent au « Jack n'a qu'un œil ». Quant à Cooper, il dévoile ses méthodes d'investigation, inspirées directement du transcendantalisme tibétain, un nouveau courant de pensée…

Toute la ville de Twin Peaks est réunie pour les funérailles de Laura Palmer. Albert, le médecin légiste envoyé par le FBI à Twin Peaks, révèle que Laura aurait été blessée par un animal peu avant sa mort. Leland Palmer, le père de la défunte, a la surprise de voir arriver Maddy Ferguson, sa nièce, la copie conforme, mais à la chevelure brune, de Laura…

Andy, l'adjoint du shérif, dessine un portrait-robot de Bob, l'homme qui est apparu à plusieurs reprises à Sarah Palmer. Audrey, la fille de Ben, décide de mener sa propre enquête. Cooper retrouve le manchot de son rêve en la personne de Philip Michael Gerard, paisible représentant en chaussures. Celui-ci lui confie qu'il connaît bien Bob, un vétérinaire de la région, chez qui Cooper se rend immédiatement…

Remontant la piste de Laura, Audrey Horne débarque au "Jack" et se fait enrôler par Blackie grâce à son savoir faire avec les queues de cerises ! Alors que Waldo commence à parler et à livrer le nom d'un agresseur de Laura, Leo Johnson l'abat d'un coup de carabine.

Succession de coup de théâtre : Audrey voit débarquer son père, car c'est lui le patron du "Jack n'a qu'un œil" ; Jacques Renault, capturé, se fait assassiner ; Leo se fait tirer dessus ; le docteur Jacoby se fait agresser ; la scierie est en feu avec Shelly à l'intérieur, et Cooper se fait abattre par un mystérieux individu.