Agent Coopers böser Doppelgänger konnte aus dem Knast fliehen. Von Gangster Ray will er endlich die gesuchten Informationen erhalten. Doch der schießt ihn kurzerhand über den Haufen und lässt ihn – vermeintlich tot – zurück. Unterdessen beginnt mit der Zündung der ersten Atombombe 1945 in New Mexico eine Kette von Ereignissen, die mit Agent Cooper und Twin Peaks in einem rätselhaften Zusammenhang zu stehen scheinen.