Dans le nord des Etats-Unis, on retrouve le corps d'une jeune fille flottant sur une rivière. Un agent du FBI, a de terrifiantes visions qui semblent annoncer un meurtre identique dans l'année…

Dale Cooper reconnaît dans la mort de Laura Palmer des similitudes avec le meurtre d'une certaine Teresa Banks, commis dans la région un an auparavant. Un minuscule morceau de papier, portant la lettre « R », enfoncé sous l'ongle de la jeune fille, semble confirmer cette théorie…

Leo Johnson menace Bobby et Mike car il n'a pas été payé pour sa dernière livraison de cocaïne. Benjamin Horne et son frère Jerry se rendent au « Jack n'a qu'un œil ». Quant à Cooper, il dévoile ses méthodes d'investigation, inspirées directement du transcendantalisme tibétain, un nouveau courant de pensée…

Toute la ville de Twin Peaks est réunie pour les funérailles de Laura Palmer. Albert, le médecin légiste envoyé par le FBI à Twin Peaks, révèle que Laura aurait été blessée par un animal peu avant sa mort. Leland Palmer, le père de la défunte, a la surprise de voir arriver Maddy Ferguson, sa nièce, la copie conforme, mais à la chevelure brune, de Laura…

Andy, l'adjoint du shérif, dessine un portrait-robot de Bob, l'homme qui est apparu à plusieurs reprises à Sarah Palmer. Audrey, la fille de Ben, décide de mener sa propre enquête. Cooper retrouve le manchot de son rêve en la personne de Philip Michael Gerard, paisible représentant en chaussures. Celui-ci lui confie qu'il connaît bien Bob, un vétérinaire de la région, chez qui Cooper se rend immédiatement…

Cooper, Truman, Hawk et le Docteur Hayward découvrent Waldo le mainate dans la maison de Jacques Renault, au fond de la forêt. Ils prennent aussi le thé avec Margaret, la "femme à la bûche", qui leur confie un témoignage crucial. A son retour au Grand Nord, une surprise attend Cooper.

Remontant la piste de Laura, Audrey Horne débarque au "Jack" et se fait enrôler par Blackie grâce à son savoir faire avec les queues de cerises ! Alors que Waldo commence à parler et à livrer le nom d'un agresseur de Laura, Leo Johnson l'abat d'un coup de carabine.

Succession de coup de théâtre : Audrey voit débarquer son père, car c'est lui le patron du "Jack n'a qu'un œil" ; Jacques Renault, capturé, se fait assassiner ; Leo se fait tirer dessus ; le docteur Jacoby se fait agresser ; la scierie est en feu avec Shelly à l'intérieur, et Cooper se fait abattre par un mystérieux individu.

Alors qu'il espère des secours, Cooper, blessé dans sa chambre, voit apparaître un géant qui lui transmet d'étranges messages. Audrey est retenue prisonnière au "Jack n'a qu'un œil". Catherine et Josie ont disparu. Ronnette Pulaski dans sa chambre d'hôpital, revoit le meurtre de Laura et nous découvrons qu'il est dû au fantasmatique Bob…

Pour remonter la piste du meurtre de Laura, Donna sert, comme elle, des repas à domicile et rencontre une cliente, l'étrange Mme Tremond et son petit fils qui téléporte du maïs à la crème ! Cooper apprend que Windom Earle s'est évadé de l'institut psychiatrique. Les motivations d'Audrey sont percées à jour par Blackie.

Donna découvre le journal de Laura chez Harold Smith, un jeune garçon agoraphobe. sous hypnose, le docteur Jacoby témoigne et Leland est envoyé derrière les barreaux. Lucy déjeune avec Dick Tremayne, qui est peut être le père de son futur enfant. Nadine sort du coma. Blackie et Jean Renault demandent une rançon.

Ben Horne demande à Cooper d'apporter la rançon aux ravisseurs d'Audrey. Leland avoue avoir tué Jacques Renault. Josie est de retour accompagnée de Mr Lee qu'elle présente comme son "cousin" de Hong Kong.

Cooper, Truman et les Bookhouse Boys prennent d'assaut le "Jack n'a qu'un œil" pour libérer Audrey. Leland est en liberté sous caution. Un certain Tolamura propose une affaire à Ben. Shelly et Bobby prennent soin du pauvre Léo, à leur manière. Donna et Maddy tentent de voler le journal de Laura mais Harold surgit et les menace…

James libère Maddy et Donna. Le très sourd Gordon Cole arribe à Twin Peaks. Josie reçoit 5 millions de récompense des main de Ben. Gerard révèle sa double personnalité, un certain Mike, et révèle que Bob se cache dans le corps d'un habitant de la ville, en relation avec l'Hôtel du Grand Nord...

Harold est retrouvé pendu. Truman récupère alors le fameux journal secret. Tojamura révèle à Pete qu'il n'est autre que Catherine. Les témoignages d'Audrey et de Gerard envoie Ben Horne derrière les barreaux, pour le meurtre de Laura Palmer. Alors qu'elle s'apprète à quitter Twin Peaks, Madeleine tombe sur le vrai tueur Bob, qui nous révèle sa véritable identité. Au même moment, le Géant réapparait à Cooper...

La mère de Norma débarque avec son nouveau mari. Bobby fait chanter Ben Horne, et Catherine est la seule qui pourrait l'innocenter. Le corps de Maddy est retrouvé, emballé dans du plastique.

James réaffirme son amour à Donna et quitte Twin Peaks. Albert examine Maddy, alors que Cooper reçoit la fameuse page manquante de son journal. Il réunit tous les protagoniste et, grâce encore au Géant qui lui apparait, se souvient de son rêve et de la révélation qui lui a été faite. Emprisonné, Bob, quitte le corps de son hôte humain, qui meurt, avouant en larmes avoir tué Laura Palmer.

Hank et Hernie commencent un traffic avec Jean Renault. Nadine, qui se croit redevenues une ado, entre au lycée ! Alors que Cooper est sur le point de partir, l'agent du FBI Rodger Hardy arrive, le suspend de ses fonctions et doit enquêter sur son intervention illégale au "Jack n'a qu'un oeil". Le major Briggs disparaît mystérieusement.

James rencontre, durant son périple, l'envoûtante Evelyn Marsh. L'agent Denis / Denise Bryson est chargé d'enquêter sur "Coop". Hank révèle à Ben que Jean Renault est maintenant directeur du "Jack". Catherine "protège" Josie en faisant d'elle sa servante ! Son frère, Adrew Packard, est, en fait, bien vivant...

Audrey révèle à un Cooper de plus en plus désireux de rester à Twin Peaks que Jean Renault a mis au point une machination contre lui. Nadine montre une force surnaturelle. Hank surprend Ed et Norma ensemble. Le major Briggs réapparait en tenu d'aviateur des années 50 ! Ben Horne semble perdre la tête...

Cooper et Denise abattent Jean Renault. Leo sort de sa léthargie, perturbant la relation entre Shelly et Bobby. Nadine met une raclée à Hank pour sauver Ed. Windom Earle dépose son premier cadavre chez le shériff Truman.

Bobby sauve Shelly. Thomas Eckhardt, l'ancien boss de Josie, arrive à Twin Peaks, l'étau se resserre donc sur Josie. Cooper raconte à Truman son passé avec Windom Earle et sa femme Caroline. Le mari d'Evelyne est abattu et James comprend qu'il est le jouet d'une machination. Leo, en fuite, se retrouve chez Earle.

Grâce à Albert, Cooper est maintenant certain que c'est Josie qui lui a tiré dessus. Ben semble recouvrer la raison. Donna et James s'enfuient. Windom Earle commence une diabolique partie d'échecs avec Cooper, et lui laisse un message dans sa chambre.

Truman met Hank en prison pour la tentative de meurtre contre Leo. Ben s'associe à John "justice" Wheeler. John quitte Donna et la ville. Ed fait sa déclaration à Norma. Windom Earle envoie un curieux message. Josie tue Eckhardt, puis s'écroule. Le nain apparait alors, et Josie semble s'incarner dans une poignée de porte.

Truman pleure Josie. Annie Blackburne la soeur de Norma, arrive à Twin Peaks et Cooper semble s'enflammer pour elle. Audrey tombe amoureuse de Wheeler. Norma veut que Shelly participe à un concours de miss Twin Peaks.

Truman échappe à une tentative de meurtre. Gordon Cole, de retour pour annoncer à Cooper qu'il est réintégré dans ses fonctions, tombe sous le charme de Shelly. L'équipe du shérif se rend dans la caverne du Hibou pour y trouver d'étranges hiéroglyphes. Windom Earle va, lui, y découvrir autre chose...

Earle, tout comme Cooper, semble être à la recherche du Monde Noir. Gordon Cole fait ses adieux à Shelly. Donna a des soupçons concernant les relations de sa mère avec Ben Horne. Earle dépose sa nouvelle victime à l'intérieur d'un pion géant.

Windom Earle kidnappe le major Briggs. Donna se pose des questions sur l'in-dentité de son père. Wheeler quitte la ville,non sans avoir fait ses "adieux" à Audrey. Andrew et Catherine tente d'ouvrir le coffret d'Eckhardt. Le Monde Noir s'entrouvre...

Leo libère le major, mais subit le châtiment de Earle. Ben Horne est le père de Donna. Andrew et Catherine récupèrent une clef. Windom Earle enlève Annie durant le concours de Miss Twin Peaks.

Le major Briggs, madame Palmer et le Dr Jacoby sentent un nouvel évènement. Le Dr Hayward prend Ben à partie. Pete, Andrew et Audrey connaisent un moment explosif. Nadine redevient elle-même. Cooper entre dans le Monde Noir pour sauver Annie. Il y découvre d'anciens personnages. Windom Earle fait face à Bob...