Après trois mois que Booth a dû passer en prison, l'équipe de Brennan parvient à obtenir l'exhumation du corps d'un acteur clé de la conspiration au sein du FBI ; ils sont convaincus que l'homme a été assassiné parce qu'il prévoyait de tout révéler. À peine libéré, Booth reprend l'enquête, décidé à se venger.

Les restes de Sweets permettent de retrouver son assassin, qui est mort également. Grâce à lui, les dernières pièces du puzzle de la conspiration se mettent en place.

L'animateur d'une émission de radio, connu pour ses propos radicalement conservateurs, est retrouvé mort sous un pont, et les indices sont contradictoires. L'agent Aubrey se montre très insistant pour collaborer avec Booth mais celui-ci n'est pas encore prêt à remplacer Sweets...

Booth et Brennan enquêtent sur la mort d'un jeune créateur de jeux vidéo. Pour les aider, l'Institut Jefferson accueille Jessica Warren, une nouvelle interne issue d'une coopérative éducative, ce qui ne manque pas de troubler Brennan, à la recherche du meilleur système scolaire pour sa fille Christine. Pendant ce temps, Booth et l'agent Aubrey assistent à la création des scènes de combats d'un jeu vidéo pour tenter d'identifier le meurtrier...

Invitée d'honneur à un congrès de sciences médico-légales, Bones est interrompue en plein discours lorsqu'un cadavre en feu est découvert dans un local. L'enquête est menée sur place par les membres de l'institut Jefferson, et tous les participants font figure de suspects, y compris Hodgins à qui la victime avait volé son invention à l'université…

L'enquête sur la découverte d'un corps conduit Booth et Temperance jusqu'à un trafic d'êtres humains. D'origine chinoise, la victime était venue retrouver l'homme qu'elle aimait et travaillait comme employée de maison aux côtés d'autres femmes maltraitées par l'homme possédant l'agence de placement…

L'institut Jefferson et le FBI enquêtent sur la mort du « seigneur des mots croisés », dont les os ont été endommagés par de l'acide. Par ailleurs, Bones, Angela et Camille tentent de sortir Daisy de l'influence qu'exerce sur elle une doula à la veille de son accouchement…

Le corps d'un professeur de psychologie, disséminé dans plusieurs endroits de l'État, donne du fil à retordre à Bones. L'homme menait des recherches sur l'obéissance aveugle avec des expérimentations plutôt controversées. Pendant que Booth reste au FBI pour réviser le code de la route, Wendell engage une relation avec une infirmière après la fin de son traitement.

Dans les années 50, la sténographe Temperance Brennan travaille au sein de la police de Los Angeles. Malgré la mise à pied de son père, le chef de la police, pour avoir désobéi à ses ordres, l'inspectrice tenace va faire alliance avec un cambrioleur de haut-vol, Seeley Booth, pour le disculper du meurtre d'une femme riche dont les os ont été retrouvés dans son coffre-fort.

Le corps d'une jeune femme est retrouvé dans un tronc d'arbre. Fille de pasteur et homosexuelle, la victime était également médium. Avalon Harmonia vient apporter son expertise discrète, et affirme par ailleurs être en contact avec Sweet, qui aurait célébré ses 30 ans…

Une jeune assistante d'éducation est retrouvée morte dans une librairie abandonnée. Très impliquée dans son travail, la victime aidait des enfants défavorisés mais Caroline tient à ce que l'enquête ne ternisse pas davantage l'image de ces quartiers difficiles. Encouragée par Booth et son éditrice, Bones accepte de créer un compte twitter…

Un ex-détenu trouve la mort dans l'explosion d'une mine désaffectée. La victime, qui avait intégré un programme de réinsertion dans une boulangerie, avait semble-t-il réussi à s'échapper avant d'être poursuivie par son tortionnaire… Par ailleurs, Camille est bouleversée par le probable départ d'Arastoo pour l'Iran où il doit rendre visite à son frère atteint d'un cancer incurable.

Dans le cadre d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de mini-golf, Booth et Brennan interrogent ses possibles rivaux, qui s'affrontent lors d'un tournoi très compétitif. Par ailleurs, Temperance soupçonne son père de lui cacher quelque chose ; une crainte confirmée lorsque Max est arrêté pour avoir pillé la tombe d'un fugitif recherché par le FBI…

L'équipe enquête sur un corps trouvé dans une déchetterie industrielle. La victime, un homme d'une trentaine d'années, était employée sur le site et tout porte à croire quelle a été assassinée. Sa responsable révèle à James qu'il avait eu récemment une altercation avec un de ses collègues. Parallèlement, Booth et Bones apprennent une nouvelle qui les réjouissent.

Un présentateur d'une émission de cuisine extrême est retrouvé mort, le corps rongé au dissolvant. L'affaire mène l'équipe du Jeffersonian vers leur restaurant préféré, mal présenté lors du tournage. Hodgins a vendu son invention de revêtement anti-casse, ce qui annonce l'arrivée d'une petite fortune. Camille s'inquiète de savoir Arastoo en Iran. Brennan commence à soupçonner Booth d'avoir succombé à nouveau au jeu.

Une jeune et brillante élève d'une école privée est retrouvée morte après avoir disparu depuis plusieurs jours. Solitaire et harcelée par ses camarades, la jeune fille aurait été kidnappée et poignardée. Cette affaire touche personnellement Bones, qui reconnaît en la victime la jeune fille qu'elle était.

Avant l'exécution d'Alex Rockwell, condamné pour les meurtres de trois anciens détenus grâce aux preuves apportées par l'institut Jefferson, Bones reprend tous les indices et découvre qu'elle a commis une erreur. L'homme souffrait de lésions osseuses rendant impossibles ces crimes. L'équipe n'a que 48 heures pour l'innocenter à temps et identifier le vrai coupable…

Parti en Iran pour rendre visite à son frère, Arastoo se fait kidnapper par les hommes d'un membre très puissant du gouvernement. Ce dernier lui demande de déterminer la cause du décès de son fils, dont le meurtre a été maquillé en accident. Camille et Booth se rendent à Téhéran tandis que Bones, restée auprès de sa fille, reçoit la visite menaçante du bookmaker de son mari…

Mise en danger par les paris sportif de Booth, Brennan demande à son mari de quitter le domicile conjugal. Malgré cette séparation perturbante pour tout le monde, l'équipe doit résoudre le meurtre d'une collectionneuse de boîtes à cookies dont le corps a été retrouvé dans une rivière…

Le corps d'un ancien détenu, reconverti en professeur de yoga après avoir appartenu à un gang de motard, est retrouvé dans une forêt incendiée. Booth et Brennan sont sur la voie de la réconciliation alors que Seeley va fêter ses 30 jours d'abstinence au jeu. De leur côté, Angela et Hodgins décident de s'installer à Paris pour changer de vie…

À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…