Das Außenteam muss das Borg-Kollektiv infiltrieren und ihren Plan ausführen, auch wenn Unimatirix Zero für immer zerstört werden kann. (Sternzeit: 54014,4)

Rebi und Azan sind wieder auf ihren Heimatwelten und verlassen die Crew der Voyager. Mezoti wird die Chance geboten, bei Rebi und Azan zu bleiben. Seven of Nine befindet sich derweil in einer lebensbedrohlichen Situation, als ihre Borg-Implantate zu Funktionsstörungen führen. Sie kann nur überleben, wenn sie von einer lebenden Drohne Ersatzteile finden können. (Sternzeit: 54129,4)

Paris und Kim melden sich freiwillig zu einem Rennen, das einen Friedensvertrag zwischen vier Kriegsparteien symbolisiert. Diese friedlichen Absichten werden jedoch durch Sabotage- und Mordpläne untergraben. Torres glaubt derweil, dass sie sich dem Ende ihrer Beziehung zu Paris nähert. (Sternzeit: 54058,6)

Ehemalige Mitglieder des Maquis werden Opfer einer Reihe mysteriöser Angriffe an Bord der Voyager. Tuvok wird mit den Ermittlungen beauftragt und macht bald einige bemerkenswerte Entdeckungen. (Sternzeit: 54090,4)

Der Doktor wird von der Voyager entführt und gezwungen, in einem Krankenhaus zu arbeiten, in dem Patienten aufgrund ihres sozialen Status behandelt werden.

Ein Hologramm von Reginald Barclay wird an die Voyager geschickt und überbringt die Nachricht, dass das Schiff innerhalb weniger Stunden durch eine "geodätische Falte" nach Hause gebracht werden kann. Der Doktor wird jedoch misstrauisch gegenüber den Absichten des holographischen Barclay, nachdem er merkwürdiges Verhalten an ihm beobachtet hat. (Sternzeit: 54208.3)

Unterwegs mit dem Delta Flyer werden der Doktor, Harry Kim und Seven of Nine angegriffen, weil sie ein Hologramm durch den Lokirrim-Raum transportiert haben - eine Tat, die dort streng verboten ist. Um den Doktor zu verstecken, lädt Seven of Nine ihn kurz vor ihrer Festnahme in ihre kybernetischen Implantate. An Bord der Voyager tritt Tuvok unterdessen in das Pon Farr ein. (Sternzeit: 54283,3)

Während die Voyager wegen Wartungsarbeiten stoppt, suchen Harry Kim, Seven und Neelix mit dem Delta Flyer nach Dilithium, wobei sie auf einen Krieg zwischen zwei außerirdischen Rassen stoßen. Nachdem Harry einen Notruf von einem beschädigten Schiff erhält, das behauptet, auf einer humanitären Mission zu sein, wird ihm zum ersten mal die Chance geboten, ein eigenes Schiff zu kommandieren. (Sternzeit: 54274,7)

Die Crew der Voyager entdeckt eine Hirogen-Trainingsanlage. Sie finden heraus, dass die von der Voyager stammende Hologramm-Technologie dahingehend verändert wurde, dass die Hologramme intelligenter und gerissener sind als ihre Jäger. Der Doktor wird von einer Gruppe von Hologrammen entführt, die aus der Hirogen-Einrichtung entkommen sind, und wird gebeten, mit ihnen zusammen ein neues Leben als unabhängige "photonische Wesen" zu gestalten. Die Crew der Voyager muss sich mit einem der Hirogen verbünden, um den Doktor zu finden und die abtrünnigen Hologramme einzufangen. Nach einer Konfrontation mit dem Schiff der Hologramme wird die Voyager außer Gefecht gesetzt und B'Elanna wird mit Hilfe des Doktors entführt, um die Hologramme in ihrer Notlage zu unterstützen. (Sternzeit: 54337,5)

Die Voyager verfolgt heimlich zwei Hirogen-Schiffe, um das abtrünnige Hologrammschiff zu finden. Iden, der selbsternannte Führer der Hologramme, zeigt erste Anzeichen wahnhaften Verhaltens, wenn er sich selbst als "Retter seines Volkes" betrachtet und glaubt, dass sein Volk ihn in ihrer neuen Siedlung als Gott verehren wird. Nachdem die Voyager und die Schiffe der Hirogen dicht hinterher geflogen sind, müssen der Doktor und Torres einen Weg finden, um die Schiffe und die Hologramme zu deaktivieren, bevor sie von den Hirogen angegriffen werden und bevor Iden seinen Plan ausführen kann. (Sternzeit: 54337,5)

Nachdem sich die Voyager in der Nähe einer Raumspalte befindet, wird Chakotay im Maschinenraum verletzt und verlässt seinen Körper in einen zeitlichen Fluss. Nach einer Behandlung in der Krankenstation erlangt er unbeabsichtigt die Fähigkeit, über durch das ganze Schiff verteilte Risse in der Zeit zu reisen, wodurch er verschiedene Stadien der Geschichte der Voyager besuchen kann.

Die Crew der Voyager gerät in ein ethisches Dilemma, als sie auf ein beschädigtes Transportschiff stoßen, das Gefangene transportiert. Es wird dabei enthüllt, dass einige der Gefangenen wegen ihrer Spezies und den sozialen Missständen eingesperrt werden. Einer der besonders gefährlichen Gefangenen hat darüber hinaus noch ein anderes Problem, das die Situation noch komplizierter werden läßt.

Die Voyager trifft auf ein klingonisches Generationenschiff. Als die Besatzung des Schiffes nach einer Warpkernexplosion zur Voyager hinüberbeamt, glauben sie, dass entweder B'Elanna oder ihr Kind ihr Retter ist, wie dies in ihren religiösen Schriftrollen und Prophezeiungen vorgesehen ist. (Sternzeit: 54518,2)

Die Voyager wird in eine leere Ebene des Unterraums gezogen, in der die Schiffe gezwungen werden, sich gegenseitig anzugreifen und Vorräte für ihr Überleben zu stehlen. Die einzige Hoffnung der Voyager besteht darin, Allianzen mit anderen Schiffen zu bilden, die der Leere entkommen möchten. (Sternzeit: 54553,4)

Die Crew der Voyager führt ihr normales Leben als Arbeiter auf einem Industrieplaneten namens Quarra und ist sich ihrer Zeit auf der Voyager oder ihrer Situation im Delta-Quadranten nicht bewusst. Chakotay, Kim und Neelix kehren von ihrer Handelsmission auf dem Delta Flyer zurück, als sie das verlassene Schiff in einem Nebel finden; nur der Doktor ist an Bord. Der Doktor informiert sie darüber, dass das Schiff in eine Falle geraten ist, und die Crew gefangen genommen wurde. Nachdem Chakotay, Kim, Neelix und der Doktor den Planeten infiltrieren auf dem die Crew vermutet wird, müssen sie nun einen Weg finden, die Crew zurückzuholen und ihre Erinnerungen wiederherzustellen, während sie den lokalen Behörden, die ihren Plan entdeckt haben, ausweichen. (Sternzeit: 54584,3)

Chakotay muss Janeway und die anderen Besatzungsmitglieder auf der Voyager von ihren vergangenen Leben überzeugen. Die Angelegenheiten werden kompliziert, als Chakotay festgenommen und zum Verhör gebracht wird. (Sternzeit: 54622,4)

Als Seven versucht, ihre sozialen Fähigkeiten auf dem Holodeck zu perfektionieren, wird ihr Hobby schnell zu einer Obsession, die dazu führt, dass sie ihre Pflichten vernachlässigt und die Voyager in große Gefahr bringt.

Q stellt seinen Sohn für eine Woche in die Obhut von Captain Janeway und hofft, dass sie ihm Disziplin beibringen kann. Seine Kräfte und seine Rücksichtslosigkeit gefährden jedoch die Crew und stellen die Geduld von Janeway auf die Probe. (Sternzeit: 54704,5)

Mit der Voyager wird eine direkte Kommunikation hergestellt, die es jedem Besatzungsmitglied ermöglicht, mit Familie und Freunden zu sprechen. Der Doktor schickt einen Holo-Roman zur Veröffentlichung auf der Grundlage eines verlorenen Raumschiffs mit einem holographischen Doktor, der wie ein Sklave behandelt wird. Dieser Roman führt natürlich zu Kontroversen unter den Schiffsmitgliedern. (Sternzeit: 54732,3)

Nachdem die regelmäßige Kommunikation mit dem Alpha-Quadranten hergestellt wurde, schickt die Sternenflotte eine Mission an die Voyager: Findet eine Sonde aus dem 21. Jahrhundert, die "Friendship One" genannt wird. Die Sonde wurde jedoch durch eine Delta-Quadranten Rasse modifiziert, und die Änderungen waren möglicherweise nicht zum Besseren. (Sternzeit: 54775,4)

Chakotay und Seven Of Nine sind auf einem fremden Planeten gestrandet und stoßen auf primitive Stämme. Die Voyager wird daran gehindert, sie durch eine mysteriöse Energiebarriere zu finden, die sie umgibt. (Sternzeit: 54817,5)

Als Voyager eine Ansiedlung von Talaxianern auf einem Asteroiden entdeckt, die sich in einem Konflikt mit einem Bergbaukonsortium befindet, kann die Crew ein neues Zuhause für die Bevölkerung finden. Als ein bewaffneter Konflikt zwischen den Bergbaubetrieben und den Talaxianern ausbricht, wird Neelix die Chance auf ein neues Leben abseits der Voyager in der Kolonie geboten. (Sternzeit 54868,6)

Der Doktor muss sich als Crewmitglied ausgeben, als Captain Janeway entführt wird und für den Warp-Kern der Voyager eingetauscht werden soll.

Nach einer jahrzehntelangen Reise in den Alpha-Quadranten trifft Admiral Janeway die mutige Entscheidung, die Vergangenheit zu ändern, um die Crew während ihrer mühsamen Heimfahrt zu unterstützen und diese damit entscheidend zu verkürzen.