Als ein Flug aus Deutschland kommend auf dem internationalen Flughafen von Boston landet, sind keine lebenden Passagiere oder Besatzungsmitglieder an Bord. Alle Leichen sind furchtbar entstellt.

FBI Special Agent Olivia Dunham (Anna Torv) wird beauftragt, den Fall zu untersuchen. Gemeinsam mit ihrem Partner Special Agent John Scott (Mark Valley) sucht sie Hilfe. Diese können sie aber nur von einem Menschen bekommen: Dem klügsten Mann auf dem Planeten Dr. Walter Bishop. Doch da Dr. Bishop im Gefängnis sitzt und nur von einem Menschen besucht werden kann, seinem Sohn, überzeugt Agent Dunham Peter Bishop, ihr zu helfen. Under Agent Phillip Broyles (Lance Reddick) komplettiert das Trio.