Amu Hinamori frequenta la scuola elementare ed è isolata e molto fredda con i compagni, ma in realtà è semplicemente troppo timida per riuscire a dialogare con gli altri senza dire frasi poco gentili a causa dell'imbarazzo. Una sera, stanca di questo carattere falso, prega di poter diventare una ragazza più sincera, e la mattina dopo trova sul suo letto tre uova, le Uova del Cuore, dalle quali nascono gli Shugo Chara Ran, Miki e Suu. Gli Shugo Chara sono degli esserini magici antropomorfi, rappresentanti le diverse personalità che Amu vorrebbe avere, e che sono in grado di cambiare la sua personalità in qualsiasi momento attraverso il Chara Change.

Amu scopre che anche altri ragazzi nella scuola hanno degli Shugo Chara: si tratta dei quattro Guardiani, membri del consiglio scolastico e coetanei di Amu, amati e rispettati da tutti gli studenti. I Guardiani spiegano ad Amu che il loro lavoro consiste nel curare le Uova del Cuore presenti nel cuore di ogni bambino, in quanto esse tendono a trasformarsi nelle Uova X se il possessore subisce un trauma, e finiscono per distruggerne i sogni. Le viene inoltre raccontato che, secondo una leggenda, colui che avesse posseduto tre Shugo Chara avrebbe ereditato il leggendario Lucchetto Magico, in possesso proprio di Amu.

Con l'aiuto dei Guardiani, Amu inizia la battaglia contro l'associazione Easter che, per catturare l'Embrione, un uovo magico che realizza i desideri, attacca le uova dei bambini.