Une nouvelle année commence à McKinley et tout le monde se confronte pour devenir le nouveau leader des New Directions, ce qui déplaît à Will qui préfère organiser de nouvelles auditions. Pendant ce temps, Rachel fait ses premiers pas à NYADA, elle rencontre des difficultés durant ses cours de danse et croise Brody Weston qui la conseille sur sa nouvelle vie. Kurt, de son côté, avec l'aide de Blaine, prend une décision importante pour son futur.

Alors que Brittany perd sa bonne humeur habituelle, Will tente de la remotiver grâce à la musique de Britney Spears. Dans le même temps, il fait appel à un ancien bad-boy de McKinley, pour tenter de remettre Jake dans le droit chemin, tandis que Marley avoue être tombée sous son charme. A New-York, Rachel et Kurt emménagent ensemble et celui-ci détient des informations sur Cassandra July qui pourrait avantager Rachel. Pendant ce temps, Brody la soutient et tente une approche plus intime.

Après le départ de Kurt, Blaine cherche un nouvel objectif à atteindre, il entre alors dans la course pour devenir président des élèves face à Brittany qui elle aussi se présente pour ce poste. Kurt obtient un stage avec l'îcone de mode Isabelle Wright, celui-ci tente de faire bonne impression avec des idées innovantes. Will, de son côté, perd de son inspiration et se fait aider par une source inattendue. Enfin, Rachel et Brody se rapprochent.

Rachel et Kurt sont surpris lorsqu'ils reçoivent des visites inattendues à New York. Will prend une décision importante concernant la nouvelle offre d'emploi et fait une proposition à Emma qui la dérange, tandis que Brittany et Santana vont avoir du mal à gérer leur relation longue distance. Les couples sont mis à plat et des choix irrévocables sont pris pour leurs relations. De son côté, Marley tente désespérément de secouer Jake sur le vrai visage de Kitty.

Alors que les nouveaux New Directions planifient leur première comédie musicale : Grease, la tension pour obtenir les deux rôles principaux est à son comble. Pendant ce temps, Artie, avec l'aide de Mike et Mercedes, encourage Finn à prendre en main la comédie musicale. Celui-ci repère Ryder Lynn, un élève solitaire qui doute de son talent. De son côté Emma se confie au coach Beiste à propos des projets de Will.

Alors que Will s'apprête à dire au revoir, le nom de son remplaçant étonne tout Mc Kinley. Sue revient en force, et sa colère se retourne sur une cible familière. Les New Directions, quant à eux, se préparent à mettre en scène leur projet "Grease" avec quelques surprises. Rachel et Kurt sont de retour à Lima pour voir le spectacle et reviennent sur leurs séparations respectives avec Finn et Blaine. De plus, Rachel apprend une nouvelle choquante sur Brody.

Les New Directions jouent aux super-héros, lorsque les Warblers leur volent leur trophée des Nationals. Un nouveau triangle amoureux voit le jour entre Jake, Marley et Ryder, ce qui crée de fortes tensions entre les deux hommes. Pendant ce temps, Blaine retrouve les Warblers, et ainsi rencontre leur nouveau leader, Hunter, qui lui propose une offre alléchante. Enfin, Finn prend son nouveau rôle à cœur en tentant de souder les membres du club.

En vue des sélections communales qui approchent, Finn fait appel aux anciens New Directions pour coacher les nouveaux. Rachel et Kurt prévoient, eux, de passer Thanksgiving à New-York, Rachel y invite Brody avec qui elle s'est réconciliée, et Kurt est conseillé par Isabelle sur sa vie sentimentale. En parallèle, Jake et Ryder se soutiennent pour le bien du groupe.

Dans l'esprit de Noël, Puck aide son demi-frère Jake pour réunir leurs familles et passer Hannukah ensemble. Sam et Brittany, eux, décident vivre à fond à l'approche de la prophétie Maya, en prenant des décisions peu communes. Burt rend visite à Kurt à New-York avec quelques surprises. Enfin Marley et sa mère reçoivent une surprise pour Noël.

Alors qu'un bal de Sadie Hawkins est organisé au sein du lycée McKinley, le choix des cavaliers, laissé aux filles, se révèle intéressant. Pendant ce temps, Sam est convaincu que les Warblers ont triché aux Communales, et il se donne pour mission de le prouver. Enfin, Kurt tente de trouver sa place à NYADA et fait une rencontre.

Les New Directions, qui passent in-extremis aux sélections régionales, décident de créer un calendrier sexy afin d’amasser des fonds pour le voyage, mais cette idée n'emballe pas tout le monde. Rachel, elle, est confrontée à un dilemme personnel quand elle se retrouve castée dans un film d’étudiant. Pendant ce temps, la relation entre Jake et Marley obtient une source d'aide improbable, et Finn, offensif à l'égard de Sue, prend confiance en lui.

Pour motiver le Glee Club, Emma et Finn, avec l'aide de Santana qui celle-ci semble toujours avoir des sentiments pour Brittany, décident de remettre d'actualité le Diva-off, ce qui permet à Tina de faire face à ses sentiments. A New York, le duel de Diva se fait entre Rachel et Kurt car celui-ci ne supporte plus le caractère de sa colocataire. Emma est surmenée à propos des préparatifs du mariage, Finn lui apporte son aide mais va avoir le geste de trop.

Le grand jour arrive pour Emma et Will mais celle-ci semblerait mal supporter la pression. Finn essaye de garder son lourd secret qui, s'il venait à être révélé, bouleverserait sa relation avec un de ses proches.

De son côté, Jake essaie de préparer une St Valentin inoubliable pour Marley. Il se fait conseiller par Ryder mais celui-ci a du mal à cacher ses sentiments pour cette dernière. Durant cette journée romantique, d'anciens amours se retrouveront et de nouvelles, et inattendues, relations se créeront.

À New York, les colocataires passent la journée dans l'appartement, bloqués à cause de la neige. Santana ne manque pas de mener les troubles-fête, en spéculant sur l’un des habitants, et en suscitant l’aveu d’un autre. Kurt, lui, se doit de faire un choix sentimental. A Lima, les filles et les garçons s'affrontent sur le thème des musique de films, et Finn, se sentant coupable de la disparition d'Emma, tente de la localiser.

Les querelles musicales sont à l'honneur dans cet épisode, lorsque les tensions entre Finn et Will sont plus que palpables. Tandis que Ryder tente de pardonner son attitude envers Marley et Jake, il rencontre Katie sur Internet, qui semble l'intéresser. Sue confronte Blaine en duel pour le garder chez les Cheerios. Pendant ce temps à New York, Santana ne lâche pas ses accusations envers Brody, ce qui à le don d'énerver ses nouveaux colocataires.

Alors que Will est en congé maladie, Blaine et Sam décident de prendre en charge la chorale et choisissent le thème des "péchés mignons musicaux" dont ils ne sont pas fiers, ce qui aide certains à révéler leurs secrets, Blaine est alors confronté à ses sentiments pour Sam. À New York, alors qu'un des plaisirs innavoués de Kurt est révélé, Rachel apprend finalement la vérité sur Brody, ce qui va l'amener à prendre une décision mature à propos de son avenir avec lui.

Les New Directions se réunissent lorsque Brittany pense qu'une météorite écrasera Lima. Pendant ce temps, Ryder découvre que Katie est étudiante à McKinley et décide de franchir une nouvelle étape dans leur relation. Enfin, les New Directions se préparent pour les Régionales quand un événement impensable se produit à McKinley et crée la panique au sein du Glee Club et du lycée. Un membre du professorat va partir du lycée.

L'audition pour le premier rôle de Funny Girl approche à grands pas pour Rachel, elle obtient l'aide de deux sources fondamentales pour l'aider à choisir sa chanson. A Mc Kinley, Will commence les préparatifs pour les Régionales mais le Glee Club n'est pas vraiment d'accord avec ses choix, spécialement Marley qui voudrait dévoiler les chansons qu'elle a écrites. En parallèle, Finn découvre les joies de la fac avec Puck qu'il retrouve par hasard.

Lorsqu'une panne de courant plonge le lycée dans le noir, Will en profite pour instaurer la semaine des chansons acoustiques. Ryder avoue un terrible secret dans le but de démasquer Katie, mais cela ne se passe pas comme prévu, Kitty est particulièrement touchée par son histoire. En même temps, Blaine tente de réhabiliter Sue mais celle-ci se plaît bien dans son nouveau job. A New-York, Santana est soutenue par Kurt et Rachel pour lui trouver un objectif de carrière.

Mike et Mercedes coachent les New Directions pour préparer les Régionales, Kurt est aussi de retour à Lima pour rendre visite à son père pour ses examens médicaux, son retour n'est pas sans déplaire Blaine qui souhaite raviver la flamme de son ex. Artie est accepté en école de cinéma mais son refus étrange d'y aller intrigue Kitty qui lui vient en aide. A New-York, Cassandra apprend le rappel de Rachel pour le rôle principal de Funny Girl et a une réaction inattendue.

Le Glee Club est sur le point de se rendre aux Régionales pour affronter les Hoosierdaddies. Cependant, la vérité sur l'identité de "Katie" explose et Ryder refuse de participer au concours. Blaine souhaite demander en mariage Kurt, et il rencontre une vieille femme lesbienne qui partage ses expériences avec les adolescents. Brittany apprend, grâce aux professeurs du MIT, qu'elle est un génie alors que personne ne l'avait soutenu sur ce point, Santana est de retour pour la calmer. A New-York, c'est l'heure de l'audition finale de Rachel.