Nachdem der Kampf zwischen Kurenai Dragoon und Shiki beendet ist, kehren Shiki und die anderen mit schlechten Neuigkeiten zur Edens Zero zurück.

Der Kampf zwischen Laguna, dem Wasserelement der Element 4, Drakken Joes Spezialeinheit, und Weisz, der ihn geschickt ausgetrickst hat, geht weiter. Doch bald greift auch ein anderes Mitglied der besagten Einheit ein... Eine Tragödie zwingt Rebecca, die sich immer noch an Bord der Edens Zero befindet, nach Belial Gore zu reisen, doch auch hier stellt sich ihr ein anderes Mitglied der Element 4 in den Weg...

Shiki ist verblüfft, als er erfährt, dass sein Großvater noch am Leben ist, aber noch verblüffender ist er, als er dessen dunkle Machenschaften aufdeckt. Nun entbrennt ein intensiver Kampf zwischen den beiden Seiten...

Die Suche nach den Reliquien von Mother führt die Crew der Edens Zero auf den Planeten Foresta. Dort angekommen, müssen Shiki und seine Gefährten jedoch feststellen, dass zwischen Maschinen und Menschen keine normale Situation herrscht...

Während Rebecca lernt, ihre Cat-Leap-Kräfte besser zu beherrschen, begibt sich Hermit in Begleitung von Weisz auf den Server, der den Virus verbreitet und die Maschinen von Foresta infiziert... Dort trifft sie erneut auf einen alten Bekannten...

An Bord der Edens One bereiten sich Shiki und seine Crew auf ein Training mit Xenolith vor, der den Magimech-Stil erfunden hat. Unterdessen versammelt Kaiser Poseidon Nero die Oceans 6, um über die Maßnahmen nach den Ereignissen auf Foresta zu entscheiden.

Auf dem Planeten Sandra wird der Kampf zwischen den imperialen Streitkräften auf der einen Seite und der Besatzung der Edens Zero und Goodwins Rebellenarmee auf der anderen Seite fortgesetzt. Der Einsatz nimmt eine neue Dimension an, als Zeros Männer beschließen, ein Gerät einzusetzen, das den Planeten wegblasen kann...