Au cours d'une crise politique mondiale, le sous-marin américain USS Alabama reçoit l'ordre non confirmé de lancer des missiles nucléaires, ce qui entraînerait certainement une Troisième Guerre mondiale. La tension monte entre le commandant Ramsey et le lieutenant Hunter, en désaccord sur la suite à donner à l'ordre lacunaire. Chacun parvient à rallier une partie de l'équipage à sa cause et bientôt, les clans vont se disputer le contrôle du navire.

Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?