Un pilota della forza aerea giapponese, Maki, nel corso di una missione sparisce attraversando una misteriosa luce nel cielo. Miracolosamente Maki resta illeso mentre la divisione Anti-Bio-terroristica del Ministero della Difesa deve affrontare una mostruosa creatura. Trasformato nel nuovo Ultraman, Maki dovrà salvare la terra dalla distruzione.