Cela fait près de 30 ans que le Dr Sam Beckett est entré dans l'accélérateur de particules et a disparu. Aujourd’hui, une nouvelle équipe, dirigée par le physicien Ben Song a été constituée pour relancer le projet dans l'espoir de comprendre les mystères derrière la machine et l'homme qui l'a créée. Après avoir effectué un saut non autorisé dans le passé, Ben se retrouve à son tour dans une spirale temporelle, passant de vie en vie et d’époque en époque.

Three computer-savvy kids, Naoto, Yuka and Ippei created their own videogame superhero, but then discover it possessed by an inter-dimensional police officer, Gridman. Pursuing an evil program called Kahn Digifer, he merges with Naoto and fights Kahn Digifer's digitized monsters in order to prevent the computerized demon from wreaking havoc on the Human World.

Après la mort soudaine du professeur Vollmer à l'institut de recherche en cybernétique et futurologie, le docteur Stiller est nommé à la tête du projet Simulacron : un programme de réalité virtuelle, simulateur d'évènements dans un monde composé de 9 700 unités identitaires. Lors d'une soirée, Stiller assiste à la disparition du chef de la sécurité. Mais quand il raconte cela, personne ne comprend de qui il parle...