In un futuro non troppo lontano la nanotecnologia ha fatto passi da gigante e consente al magnate della multinazionale MARS di vendere armi ai governi e contemporaneamente fornire le tecnologie di difesa da quelle armi, controllando così di fatto il mercato. Lo scoprono ben presto due soldati semplici attaccati mentre trasportano pericolose testate della MARS. L'unico rimedio lo offre una divisione militare segreta, i G.I. Joe: soldati altamente qualificati impiegati dal governo per missioni semi impossibili. Con loro tenteranno di impedire alla società di poter ricattare tutti i governi del mondo.
La squadra dei G.I. Joe è attirata in un'imboscata e praticamente decimata. Sopravvivono in pochissimi, il mandante della strage è il Presidente degli Stati Uniti, o almeno dice di esserlo, in realtà Zartan ha preso il suo posto per aprire la strada verso la Casa Bianca ai Cobra, che hanno un piano per disarmare gli arsenali nucleari delle principali potenze mondiali e poi minacciarle con nuove armi di distruzione. Solo tre uomini hanno capito cosa sta succedendo, per mandare a monte il piano dovranno fare nuove alleanze con ex nemici e andare a trovare il "Joe" originale.
Dopo aver recuperato al Cairo, battendo la spia sovietica Anya Armasova, un microfilm con il segreto per sconvolgere le difese atomiche della Nato, James Bond, viene incaricato di far luce sulla scomparsa di due sommergibili nucleari. Poichè uno di questi è russo (e avendo Gran Bretagna e Unione Sovietica deciso di unire le loro forze per l'occasione), James Bond si trova a collaborare proprio con Anya. Insieme, le due spie scoprono che a far sparire i sommergibili è stato l'armatore nordico Stromberg, il quale, giudicando il mondo prossimo allo sfacelo, intende fondarne uno nuovo nelle profondità marine. A tal fine vuole distruggere, con i missili dei due sommergibili, sia New York che Mosca, i centri vitali delle superpotenze responsabili del destino che attende l'umanità.
The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.