Di ritorno dalle nozze Shrek e Fiona vengono invitati a corte dai genitori di lei, re Harold e la regina Lilian. Che non sanno che i due sono orchi verdi. Per riparare al misfatto i sovrani, che avevano fatto altri progetti circa le nozze della figlia, chiamano in causa la Fatina Madrina, il Gatto con gli Stivali e il bellissimo Principe Azzurro.
Il Gatto con gli Stivali scopre che la sua passione per l'avventura è stata pagata a caro prezzo: ben otto delle sue nove vite sono andate bruciate. Dovrà così intraprendere una nuova epica avventura alla ricerca del mitico Ultimo Desiderio, che gli permetterà di recuperare le sue nove vite.
Shrek, un orco dal cuore d'oro, insieme al suo "destriero" Ciuchino cerca di tornare in possesso della sua palude, ora occupata dai personaggi delle fiabe, i quali sono stati imprigionati dal perfido Lord Farquaad, tiranno della terra di Duloc. L'orco e l'inseparabile asinello devono inoltre darsi da fare per liberare una principessa sottoposta a un sortilegio e tenuta prigioniera in un castello sorvegliato da un drago.
Shrek è ormai felicemente sposato con Fiona, padre amorevole ed impegnato e le sue giornate si ripetono tutte uguali a se stesse. Insoddisfatto ed incastrato in una routine che sente tarpargli le ali, l'orco desidera unicamente poter tornare alla sua vecchia vita, quella in cui era temuto e lasciato in pace. Pane per i denti di Tremotino, che gli propone uno dei suoi terribili accordi: rivivere la sua vecchia vita in cambio di un giorno a caso (ma non tanto) del suo passato. La scelta lo catapulterà in una realtà in cui non è mai nato, dunque non ha mai salvato Fiona e gli orchi sono cacciati proprio da Tremotino il quale, grazie a quei cambiamenti, ha preso il potere del regno.
Dopo i capovolgimenti degli episodi precedenti - dall'abbandono della palude alle blasonate nozze con la principessa Fiona - l'orco verde dalle orecchie a forma di trombetta, torna nel più politicamente scorretto dei cartoon per assicurare un degno successore al regno di Molto Molto Lontano. In una Hollywood rovesciata a immagine e somiglianza del mondo delle favole, il povero Re Harold, suocero ranocchio di Shrek e padre di Fiona, viene a mancare improvvisamente alla corte dei suoi cari. L'unico erede al trono, dopo il rifiuto incondizionato di Shrek, sembra essere un ingenuo sbarbatello che risponde al nome di Arthur. Insieme al nobile Gatto con gli stivali e al logorroico Ciuchino, i tre eroi partono per una nuova avventura, proprio mentre il Principe Azzurro - stanco ormai di recitare in una platea indegna della sua bellezza - è pronto a meditar vendetta per riprendersi, insieme ai cattivi di tutti i tempi, il regno perduto.
In un antico borgo spagnolo, Gatto e Humpty Dumpty sono cresciuti come fratelli in un orfanotrofio, col sogno di trovare un giorno i fagioli magici e arrivare all'oca dalle uova d'oro. Nel frattempo, geloso del suo compare più atletico ed amato, Humpty non ha però disdegnato la strada del crimine ed è proprio in occasione di una rapina che qualcosa è andato storto e la loro amicizia si è frantumata. Gatto si aggira da allora come un fuorilegge, in cerca di un modo per ripulire il suo nome, mentre Humpty fa squadra con Kitty Zampe di Velluto, una gattina bella e scaltra. Il destino li rimette un giorno insieme, finalmente sulle tracce dei fagioli magici.
Il corto vede Shrek, Fiona con i loro 3 pargoletti impegnati ad organizzare per la prima volta il loro Natale. Shrek però è un orco e non ha idea di cosa sia veramente il Natale, così si procura una guida al Natale dove trova le istruzioni per organizzare e comprendere il Natale. Il povero orco ci prova ma deve fare i conti con l’invadente Ciuchino, il gatto con gli stivali, Pinocchio e tutta l’allegra compagnia che, per festeggiare con lui, ne combinano di tutti i colori.
E' Halloween! Shrek sfida i suoi amici ad una gara di racconti di paura, portandoli nel castello abbandonato di Lord Farquaad.