El buscador de tesoros Benjamin Franklin Gates ha dedicado su vida a buscar el legendario tesoro de Los Caballeros Templarios, del que se decía que era el botín más increíble de todos los tiempos y que estaba escondido en algún lugar de América. Durante siete generaciones, los miembros de la familia Gates buscaron las pistas que los Padres Fundadores de América dejaron, y recorrieron cada rincón del país en busca del tesoro. Ahora, el inconformista Ben al fin ha conseguido descubrir la pista definitiva que le llevará hasta el tesoro: un mapa oculto en el reverso de la Declaración de Independencia. La existencia del mapa llega a oídos del gran competidor de Gates, Ian Howe, y Ben se enfrenta a un difícil dilema: O es el primero en robar el documento más importante de América, que está protegido por el sistema de seguridad más sofisticado del mundo, o dejará que caiga en manos extremadamente peligrosas.
En esta segunda parte, el buscador de tesoros Ben Gates se ve de nuevo envuelto en una increíble aventura en la que se relacionan capítulos desconocidos de la historia con tesoros ocultos. Cuando una página del diario de John Wilkes Booth, el asesino de Abraham Lincoln, sale a la luz, el tatarabuelo de Ben se ve implicado como el principal conspirador del magnicidio. Decidido a probar la inocencia de su ancestro, Ben y su equipo emprenden un viaje para intentar descubrir uno de los tesoros más buscados del mundo.
El gran explorador y aventurero Dirk Pitt (McConaughey), que trabaja para una agencia del gobierno que protege los fondos marinos, emprende la gran aventura de su vida recorriendo las regiones más peligrosas del oeste de África en busca de un tesoro llamado "El barco de la muerte". Cuando él y su ayudante (Steve Zahn) se dan cuenta de que el barco puede estar relacionado con unas misteriosas muertes, tendrán que usar toda su inteligencia y habilidades para ayudar a la Doctora Eva Rojas (Penélope Cruz), también involucrada en el caso. Ella está investigando la expansión de un virus que puede afectar no sólo al continente africano, sino a todo el mundo.
En las arenas de Saqqara, dos de los egiptólogos más famosos del mundo, el Dr. Zahi Hawass y su protegido y rival, el Dr. Mostafa Waziri, compiten contrarreloj con sus equipos para ver quién hace el mayor descubrimiento.