Ein junger Mann wird halb tot, mit 2 Kugeln im Rücken und totaler Amnesie von Fischern aus dem Mittelmeer gezogen. Die Suche nach seinem Ich und seiner Vergangenheit führt ihn nach Zürich, wo er in einem Schließfach Hinweise auf seine Identität findet. Er ist Jason Bourne und auf der Flucht vor seinem ehemaligen Arbeitgeber, der CIA. Schon haben sich Agenten an seine Versen geheftet um ihn aus dem Weg zu räumen, doch mit Hilfe der Touristin Marie gelingt ihm fürs erste die Flucht...

Jason Bourne und seine Lebensgefährtin Marie leben zurückgezogen in Indien, doch der immer noch unter Amnesie leidende Jason wird jede Nacht von Alpträumen gequält. Als in Berlin zwei Agenten getötet werden, schiebt man ihm die Schuld in die Schuhe. Wieder setzt die CIA Agenten auf Bourne an und er und Marie müssen flüchten. Doch als die CIA-Killer Marie töten dreht Jason den Spieß um...