L'epica battaglia continua! Una nuovissima avventura che vedrà l'onnipotente Kong e il temibile Godzilla combattere fianco a fianco contro una colossale minaccia sconosciuta che si cela nel nostro mondo, mettendo a dura prova la loro stessa esistenza... e la nostra. "Godzilla e Kong - Il nuovo Impero" approfondisce ulteriormente le storie e le origini di questi due Titani, nonché i misteri di Skull Island, tra gli altri, svelando la mitica battaglia che ha contribuito a forgiare questi esseri straordinari e li ha legati per sempre all'umanità.

Dopo la Seconda guerra mondiale, il Giappone è stato ridotto in ginocchio e deve ripartire da zero. In questo contesto, Godzilla appare improvvisamente e fa precipitare il paese in uno stato ancora più negativo: è la situazione più disperata nella storia del Giappone.

La nuova storia segue le eroiche gesta dell'agenzia cripto-zoologica Monarch e dei suoi membri, che fronteggeranno una serie di mostri dalle dimensioni divine, tra cui il possente Godzilla, che si scontrerà con Mothra, Rodan e la sua nemesi più pericolosa, il mostro a tre teste King Ghidorah. Quando queste antiche super specie – ritenute veri miti – tornano in vita, inizierà la competizione per la supremazia, mettendo a rischio l'esistenza dell'umanità.

In un momento in cui i mostri camminano sulla Terra, la lotta dell'umanità per il suo futuro fa scatenare Godzilla e Kong su una rotta di collisione che vedrà le due forze più potenti della natura sul pianeta scontrarsi in una spettacolare battaglia per secoli. Mentre Monarch intraprende una pericolosa missione in un terreno inesplorato e scopre indizi sulle origini dei Titani, una cospirazione umana minaccia di spazzare via per sempre le creature, sia buone che cattive, dalla faccia della terra.

Tokyo un segnale elettromagnetico ignoto causa scosse sismiche su vasta scala, compromettendo il funzionamento di una centrale nucleare. Nell'incidente Joe Brody perde la moglie e non si darà pace fino a che non avrà scoperto le ragioni del disastro, nascoste dalle versioni ufficiali. Quindici anni dopo la sua ricerca porterà alla verità, alla più incredibile e distruttiva delle verità.

Riportato in vita dalle radiazioni degli esperimenti nucleari francesi in Polinesia, un lucertolone anfibio alto 120 m affonda navi nel Pacifico, approda nell'America centrale e si dirige verso New York dove semina distruzione e caos. Si mette in moto l'esercito, ma il mostro scompare e va a depositare centinaia di uova, a crescita istantanea. Alla sua ricerca si mettono uno scienziato nucleare, un agente segreto francese e una giornalista TV con temerario cameraman al seguito.

In Giappone è una giornata tranquilla quando uno strano incidente in una baia diffonde il panico tra i funzionari governativi. In un primo momento, si sospetta che si tratti solo di normale attività vulcanica ma un giovane dirigente crede che vi sia dietro qualcos'altro. I suoi incubi peggiori prendono vita quando un enorme mostro emerge dalle profondità marine e inizia a distruggere tutto ciò che incontra lungo il suo cammino. Mentre il governo tenta di tutto per salvare le persone, una squadra di volontari cerca di capire i punti deboli della creatura e i suoi misteriosi legami con una superpotenza straniera.

Di ritorno da una missione di colonizzazione su un altro pianeta, un gruppo di umani scopre che sulla terra sono trascorsi 20.000 anni dalla loro partenza. La situazione che trovano è quella di un pianeta completamente sottomessa ai Kaiju di cui Godzilla è il re indiscusso. In questo scenario il giovane Haruo e il suo gruppo cercheranno di combattere per riconquistare il loro pianeta natio. Ma a muovere il ragazzo non c’è solo la voglia di riconquista del pianeta, ma anche (e soprattutto) un profondo senso di vendetta.

Dopo l'indebolimento dell'alleanza sulla Terra, Haruo valuta la possibilità di schierarsi con gli Exif, il cui culto della morte evoca un mostro capace di distruggere il mondo.

Sulla Terra, Haruo e i suoi amici prendono contatto con la tribù indigena degli Houtua. Per battere Godzilla, devono raggiungere il vecchio laboratorio dei Mechagodzilla.

2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente film. Il giorno dopo, lo scrittore Kenichiro Terasawa e l'editore Chiaki Morimura intervistano un soldato reduce della seconda guerra mondiale, che afferma di aver visto un dinosauro ancora vivo sull'isola di Lagos, nel Pacifico...

Nel 1999 un nuovo Godzilla attacca il Giappone, provocando numerose vittime. Il governo giapponese decide allora di costruire un robot dalle fattezze del dinosauro atomico, Kiryu, partendo da cellule spinali estratte dallo scheletro del Godzilla originale, ucciso nel 1954 dal distruttore d'ossigeno inventato dal professor Serizawa. Il robot viene completato quattro anni dopo, nel 2003, in concomitanza con il ritorno di Godzilla. Ma Kiryu, che possiede dentro di sé le cellule di Godzilla, attacca a sua volta l'umanità. Gli umani sono costretti a danneggiarlo per fermarlo mentre Godzilla decide di restare in disparte per il momento.

1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per proteggere il fratello non ancora nato. Poco dopo lo stesso Godzilla emerge dall'acqua ed elimina apparentemente Rodan...

1996: Birth Island, residenza del re dei mostri, viene distrutta misteriosamente. Contemporaneamente il mostro Godzilla, con la pelle ricoperta di ferite ardenti, attacca la città di Hong Kong. Lo studente Kenichi Yamane, nipote adottivo del professor Yamane, ritiene che Godzilla non sia più in grado di contenere le reazioni nucleari all'interno del suo corpo: se la potenza di Godzilla eruttasse completamente fuori, l'esplosione conseguente distruggerebbe l'intero Giappone, in altre parole, Godzilla si è trasformato in una bomba atomica ambulante. Per impedire ciò, la G-Force inizia a studiare gli effetti del Micro Oxigen, simili a quelli dell'Oxigen Destroyer, la bomba che neutralizzò Godzilla nel 1954. Intanto nelle fogne di Tokyo e in un acquario cominciano a svilupparsi strane creature simili a crostacei, in grado di emettere Micro Oxigen. Si ritiene che gli animali siano stati creati dal Distruttore d'Ossigeno più di quarant'anni prima.

Negli anni '70, in Antartide, Godzilla viene fatto cadere dentro un pozzo di ghiaccio da un sottomarino volante col muso a trivella, il Gotengo (già visto in Atragon, film di Ishiro Honda del 1963). A causa di ciò, Godzilla finisce in ibernazione. Nel 2004 l'umanità vive un periodo pacifico: grazie all'attività dell'EDF (Earth Defence Force), munito di armi supertecnologiche come un'intera flotta di Gotengo e di soldati dotati di superpoteri, i mostri che assalivano il mondo da tempo hanno smesso di essere un problema. L'ultimo ad essere distrutto dal Gotengo è il serpente marino Manda (anch'esso visto in Atragon), annientato con il cannone Zero Assoluto. Improvvisamente, in superficie, avviene un simultaneo attacco di tutti i mostri conosciuti, eccetto Godzilla...

Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.

L'impatto di un meteorite nell'oceano Pacifico, oltre a provocare varie catastrofi a livello climatico, risveglia Godzilla addormentato nel fondo del Pacifico. Un mese dopo ci viene presentato l'archeologo Takuya Fujito, molto simile ad Indiana Jones, che viene arrestato dalle autorità Thailandesi per aver depredato e distrutto un tempio nascosto nella giungla. L'uomo riceve la visita di Dobashi, della Security Agency, di Ando, vicepresidente della Marutomo Enterprise, società distruttiva nei confronti dell'ambiente, e della sua ex moglie Masako. L'uomo viene liberato a patto che indaghi su un'anomalia presente su Infant Island, isola di proprietà della Marutomo. Takuya, Masako ed Ando si recano sull'isola e, dopo una serie di peripezie, scoprono che l'intruso non era altro che un monumentale uovo. Essi vengono poi a sapere da due piccole fate che si tratta dell'uovo di Mothra, la divinità dell'antica civiltà Cosmos...

Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Nella città di Tokyo un'arma satellitare apre un varco temporale dal presente al passato, attraverso il quale arriva un uovo argentato dal quale nasce una libellula gigante (identica alle larve del film Rodan) che arriva nella città e deposita un agglomerato di uova da cui nascono centinaia di insetti giganti. Alcuni di essi prelevano del sangue di Godzilla, nel frattempo giunto in città. Dopo un primo duello con Godzilla gli insetti si uniscono insieme al D.N.A di Godzilla facendo nascere Megagurius, un insetto gigante che ricorda molto la sorella di Mothra, Battra, anche se più spaventosa. Nel duello finale Godzilla sconfiggerà Megaguirus con un potentissimo raggio atomico salvando la città.

In attesa di soccorsi su un'isola deserta, due uomini assistono al combattimento tra Godzilla e un altro mostro preistorico. I due uomini fanno giusto in tempo a fotografare le due creature prima che precipitino in mare. Le foto vengono consegnate al professor Yamane, che riconosce nell'avversario di Godzilla un Anchilosauro probabilmente mutato anch'esso dalle radiazioni, che viene battezzato Angilas. I due mostri riemergono ad Osaka, trasformandola in un campo di battaglia sotto i colpi dell'esercito...