Bei einem Einsatz des IMF im Kreml kommt es zu einem folgenschweren Zwischenfall: IMF-Anführer Ethan Hunt wird Zeuge eines verheerenden Bombenattentats, das der IMF in die Schuhe geschoben wird. Die Regierung verleugnet die Elite-Abteilung und initiiert das Phantom-Protokoll, ihr einziger Kontakt zur Kommandostruktur wird ermordet. Mit seinen Leuten geht Ethan in den Untergrund, um auf eigene Faust den Drahtzieher zu stellen. Die Spur führt nach Dubai, wo sie dem undurchschaubaren Hendricks auf die Schliche kommen.

Nachdem Jack Collins seinen Dienst bei der Navy beendet hat, beginnt er für die CIA nach Terroristen zu jagen. Dafür wird er von Leigh nach London geschickt, um gemeinsam mit CIA-Kollegen Brennen nach einem abtrünnigen Mitglied aus den eigenen Reihen zu suchen. Doch entpuppt sich der Auftrag als gefährliche Hetzjagd.