Mehr als zehn Jahre nach den Ereignissen des ersten Films haben Jake und Neytiri eine Familie gegründet. Ihre Kinder sind Neteyam, Lo’ak und Tuktirey, der adoptierte Menschenjunge Miles “Spider” Socorro und die adoptierte Na’vi-Teenagerin Kiri. Doch ihre Heimat ist weiterhin nicht sicher - das müssen sie feststellen, als die Resources Development Administration (RDA) unter Führung von General Ardmore mit noch mehr Militär und einem alten Bekannten nach Pandora zurückkehrt, um den Planeten zur neuen Heimat der Menschheit zu machen. Bald sehen sich Neytiri, Jake und ihre Familie gezwungen, ihr Zuhause zu verlassen und beim Na’vi-Stamm der Metkayina Zuflucht zu suchen, der an den Küsten und Meeren des Mondes Pandora lebt und von der schwangeren Ronal und ihrem Mann Tonowari angeführt wird.

Den beiden Gegenspielern Megamind und Megaman wurde der Kampfgeist schon in die Wiege gelegt. Von unterschiedlichen Planeten stammend, wurden beide von ihren Eltern ins All gefeuert, als es dort für die Kleinen zu gefährlich wurde. Viele Jahre später treibt Megamind als legendärer Superbösewicht auf der Erde sein Unwesen. Der einzige Grund, weshalb sein Plan, die Stadt Metro City zu erobern, bislang noch nicht aufgegangen ist, ist eben sein Erzrivale Megaman, denn der maskierte Superheld konnte Megaminds Vorhaben stets vereiteln. Doch eines Tages tappt Metroman doch in eine heimtückische Falle von Megamind und kommt dabei ums Leben.