10 000 ans avant notre ère, au cœur des montagnes... Le jeune chasseur D'Leh aime d'amour tendre la belle Evolet, une orpheline que sa tribu recueillit quelques années plus tôt. Lorsque celle-ci est enlevée par une bande de pillards, D'Leh se lance à sa rescousse à la tête d'une poignée de chasseurs de mammouths. Le groupe, franchissant pour la première fois les limites de son territoire, entame un long périple à travers des terres infestées de monstres, et découvre des civilisations dont il ne soupçonnait pas l'existence. Au fil de ces rencontres, d'autres tribus, spoliées et asservies, se joignent à D'Leh et ses hommes, finissant par constituer une petite armée. Au terme de leur voyage, D'Leh et les siens découvrent un empire inconnu, hérissé d'immenses pyramides dédiées à un dieu vivant, tyrannique et sanguinaire. Le jeune chasseur comprend alors que sa mission n'est pas seulement de sauver Evolet, mais la civilisation tout entière...

Lila, une naturaliste à la pilosité abondante, et Nathan, un scientifique obsédé par les bonnes manières, ont perdu foi en la race humaine. Elle a trouvé le repos en allant vivre dans la jungle et en s'entourant d'animaux. Lui mène des expériences sur des souris en espérant rendre les hommes meilleurs. Sur leur route, ils font la connaissance de Puff, un homme-singe recueilli dans la jungle, et tentent de l'éduquer. Mais Lila va se battre pour préserver l'âme vierge et innocente de cet individu hors norme.

L'homme préhistorique Tumak est banni de sa tribu. Sur sa route, il rencontre la belle Loana, qui décide de quitter elle aussi son clan pour l'accompagner sur sa route.