Baron Wladimir Harkonnen, dessen Geschlecht seit Äonen mit den Atreides verfeindet ist, schmiedet finstere Pläne, um Leto und seine Familie zu zerstören und die Herrschaft über Arrakis zurückzugewinnen. Mithilfe des Imperators, der keinen männlichen Erben aufweisen kann und die stetig wachsende Popularität seines Vetters fürchtet, überrennen die Harkonnen die Verteidigung des Herzogs, der zur selben Zeit von einem Verräter, seinem Leibarzt Dr. Yueh, außer Gefecht gesetzt wird. Dieser gibt ihm jedoch auch Gelegenheit, sich mit einem künstlichen Giftgas-Zahn an dem Baron zu rächen. Diesem fällt aber nur dessen Berater Piter De Vries zum Opfer.

Obwohl der Plan des Barons zum großen Teil aufgeht und der Herzog stirbt, können Letos Bene-Gesserit-Konkubine Jessica und sein Sohn Paul in die Wildnis der Polregion von Arrakis fliehen. Nachdem sie bei den rätselhaften Fremen, den Bewohnern der Wüste, ein neues Zuhause gefunden hat, wächst der junge Herzogssohn unter der Aufsicht seines Beschützers Stilgar zu einem mächtigen Gegner für die Harkonnens und den Imperator heran: er und seine Mutter unterrichten die Fremen in den Künsten der Bene Gesserit und bauen sie zu einer massiven Armee aus, die mit Überraschungsangriffen und Anschlägen die Harkonnens und den Imperator unruhig macht. Jessica bringt Pauls übernatürlich begabte Schwester Alia zur Welt, während er selbst die schöne Fremin Chani zur Gefährtin nimmt. Entsetzt muss Paul erkennen, dass der Baron Harkonnen sein leiblicher Großvater ist. Seine Mutter, Lady Jessica war insgeheim als Tochter des Barons geboren worden. Dem wurde dies allerdings vorenthalten, so dass er nichts von seiner Tochter wusste. Paul erkennt, dass er in manchen Bereichen ähnliche Verhaltensmuster wie sein Großvater besitzt.

Paul Atreides ist der Herrscher des Wüstenplaneten Arrakis, auf dem das wertvolle "Spice" abgebaut wird, eine bewusstseinserweiternde Substanz, die das Leben verlängert und Reisen durch die Galaxie ermöglicht. Als Messias verehrt, führte Paul die Bewohner des Wüstenplaneten in einen heiligen Krieg und eroberte die Galaxis. Doch seine Machtfülle ruft Neider und Gegner auf den Plan. Es bildet sich eine Verschwörung, um Pauls Herrschaft zu brechen. Pauls einzige Hoffnung sind seine Kinder, Ghanina und Leto II. Das Schicksal des Wüstenplaneten und des ganzen Universums liegt in ihren Händen.