Ein internationaler Flottenverband aus fünf Kriegsschiffen führt gerade eine Übung im pazifischen Ozean durch. Admiral Shane erblickt während eines Manövers ein metallenes Gebilde, das sich bei näherer Betrachtung als außerirdisches Raumschiff entpuppt, das aus dem Wasser ragt. Die Militärs reagieren mit großer Neugier auf das unbekannte Objekt. Als sich die ersten Offiziere dem gewaltigen Raumschiff nähern, erwecken sie es zum Leben. Admiral Shane und sein Schwiegersohn in spe, Alex Hopper, gehen auf Angriffskurs und stellen sich den ungebetenen Gästen in die Quere. Doch die entfesselte Seeschlacht ist nur der Anfang. Denn die Aliens, "Regents" genannt, wollen eine gewaltige Energiequelle auf dem Meer errichten - und die Menschheit scheint ihnen dabei im Weg zu stehen...

Was passiert, wenn ein vertrottelter U-Boot-Captain, eine noch dümmere Mannschaft und ein museumsreifer Kahn zusammentreffen? Diese explosive Mischung sorgt für das schrägste und abgefahrenste Abenteuer der Navy-Geschichte. Lt. Thomas Dodge, der die Intelligenz eines Rollmopses besitzt, erhält von Admiral Graham das Kommando über ein U-Boot, mit dem er wichtige US-Militärhäfen einnehmen soll, ohne dass die eigene Flotte es bemerkt. Dodge ahnt nicht, dass Graham diese Mission nur plant, um die Angriffe medienwirksam mit modernen Schiffen zu stoppen. Er erhält eine Crew, die aus den unfähigsten Marines besteht, die in der Navy herumdümpeln und sein Gefährt ähnelt einer verrosteten Sardinenbüchse. Somit sind alle Voraussetzungen erfüllt, diese Operation zur "Mission Rohrkrepierer" werden zu lassen.

Nachdem sein Öltanker von den Deutschen versenkt wurde, soll Kapitän Jarvis mit den Überlebenden seiner Crew auf der Sea Witch Nachschub für die Sowjets nach Murmansk bringen. Ein deutscher U-Boot-Angriff führt dazu, dass die Sea Witch vom Rest des Konvois getrennt wird. Auf sich allein gestellt, nehmen die Männer den Kampf gegen das U-Boot und deutsche Flugzeuge auf. Als Kapitän Jarvis verletzt wird, übernimmt der Erste Offizier Joe Rossi (Humphrey Bogart) die Führung, bis sowjetische Kampfflugzeuge endlich für die Rettung sorgen.

This film shows the duties of a young British sailor, Lieutenant Ellison, as his submarine H.M. Artemis sails the pack ice north of Iceland to gather data to complete a scientific survey for the Hydrographic Department.