ジャポネスは文明開化を迎えていた。ある日、三社祭の顔役に決まった小樽は子供の頃から憧れていた大役に上機嫌。だが、伝統を重んじる小樽は異国文化を取り入れようとする仲間たちと衝突する。そんな中、ライムは時代の変化を感じ取り、何かに脅え寂しさに胸をしめつけられる思いでいた。そんなライムに小樽は…。

三社祭りのメカだんじり合戦で一番最初に河童神社の御神体に触れた者は1つだけ願いごとがかなう。と小樽に聞いたライムたち3人は小樽と自分との2人きりの甘い生活をお願いしようと大張り切り！ 果して、誰が願いを叶えることができるのか…!?

花形の父、鎌太郎が花形を迎えにやってきた。そろそろ自分の元で経営を学ばせたいという鎌太郎だが、花形は小樽の元をどうしても離れたくない。花形は意を決して、鎌太郎に立ち向かう。これで花形が勝てたら小樽の元に残れるようにしてもらおうというのだったが…。

かつてライムたちの敵だったティーゲルたちの元に一通の手紙が送られてきた。それはジャポネスでの修行を終え、ガルトラントに帰ってこいというファウストの命令だった。自分たちの乙女回路がファウストの期待したレベルに達したかどうか不安なティーゲルたちは、小樽に相談を持ち掛けるのだが…。

小樽たちは「愛のしらたき友好同盟」各国代表のジャポネス親善訪問をガイドすることになった。ライムたち3人がバスガイドを努め、まずはチェリーによるテラツーの都市国家誕生話に始まり、ブラッドベリーのはちゃめちゃ観光案内、そしてライムの…。さて、どんなガイドになることやら…。

ブラッドベリーは小樽と、2人っきりでデートの約束をしたが、待ち合わせの場所に遅れて現れた小樽はライムを連れていた。怒りのあまり、1人でその場から走り去ったブラッドベリーはいつのまにか、小樽とくるはずだったサーカス小屋の前にいた。彼女はそこで小樽にそっくりな男を見かけ、後を追いかけるが…。

体の検査を受けていたライムは、夢うつつの中でスキャットを歌う妖精を見た。ローレライに話したところ、「妖精は純粋な心の持ち主にしか見えないの。あなたには見えてもおかしくないわね」と言われた。ある日、森でポン太くんや夢二たちとかくれんぼをしている時、最後の1人を探す鬼のライムは再び妖精の声を聞いた…。

大雨の次の日、川に行ったチェリーは流されてきた奇妙な丸いカプセルを拾った。ロックを解除し、フタを開けてみると、なんと人間の赤ちゃんが入っていた。さっそく連れ帰り、嬉しそうに世話をするチェリー。しかしその赤ちゃんは、行方不明になり莫大な賞金がかけられた、貴重なクローン新生児だった…。

家に帰ったライムは、小樽と大工の棟梁の打ち合わせを聞いた。町中の一角にある、ライムたちの大切な小さな森、鈴ヶ森を切り開いて公園を作るというのだ。森の木々を友達のように思うライムにとってこの森は大切な場所だ。大反対のライムは思い余って工事の当日、森にバリケードを張るのだが…。

テラツー唯一の人間の女性、ローレライはジャポネス城で厳重に警護されカゴの鳥も同然。訪れた小樽に「ジャポネ富士へ行きたい」とお願いするローレライ。「…よし、俺にまかせてくれ」と小樽は、ローレライをこっそり連れ出しジャポネ富士へ行くことにした。ライムが作った『シャケおにぎり』の味はいかに…?!

かつてのガルトラント総統ファウストがセイバードールズを従え、小樽の前に現れた。ファウストは、また独裁者に戻ってしまったのか？ また無意味な戦争が始まるのか？ 心を痛め、戸惑うライムたち。一方、ティーゲルたちもライムたちと戦うことをためらう。だが、ファウストはセイバードールズに攻撃命令を下した…。

ガルトラント再興を目論むファウストは、ジャポネスガーを狙ってジャポネ富士に進攻した。ファウストの野望を阻止するために後を追い立ちふさがった小樽たちに、ゲッテルの精鋭ケルベロス隊が圧倒的な数で襲いかかる。必死に応戦するライムだったが、多勢に無勢で大苦戦。戦いの中、パンターはファウストを説得するが…。

商店街の福引き大会でクジを引いた小樽は、なんと一等賞を引き当てた。一等の賞品は「大陸横断電車で行く西安の旅」だ。ライム、チェリー、ブラッドベリーは小樽に抱きついて大喜び！ ところが賞品のトラベルチケットは“ペアチケット”だった。小樽は考えた。そして、何やら決断した小樽はバイトを始めて…。

初めて訪れた西安の街並みに、大騒ぎするライムたち。そこで小樽たち一行は、西安政局を預かる側近の大男、超飛将軍と知り合う。一行をテラツーを救った英雄だと気づいた超飛将軍は、大喜びで歓迎会を開いた。その後ホテルに着いた小樽は高熱を出し倒れてしまった。そこへ花形が医者を連れて駆け込んできたが…。

揚明の策略により倒れた小樽は、西安のホテルで目を覚ます。そして花形から自分が5日間も眠り続けていたこと。ライムたちが病気に効く薬草を探しに出たまま行方不明になっていることを知らされた小樽は心配のあまり街へ、飛び出していく。しかし何の手がかりも掴めず落胆する小樽の前に暗殺兵たちが襲いかかってきて…。

指名手配犯の汚名をきせられながらもライムたち3人を探し続ける小樽と花形。そこへ情報屋が現れ西安一の無法地帯・龍窟城に行けば手がかりを知る者と会うことができると教えられる。意を決し、その場所へ乗り込む小樽を待ち受けていたのは、謎の鉄仮面剣士との命をかけた戦いだった…。

患者たちの心に安らぎを与えるライムは診療所の人気者になっていた。そんなある日薬を買いに薬屋に出かけたライムは、毬藻苔を分けてくれた仏師と再会するが彼のことを憶えていなかった。同じ頃、チェリーも孤児たちを相手に悪戦苦闘していた。ライムもチェリーもそれぞれの場所で、なくてはならない存在になっていた…。

強盗団が次に狙いをつけたのは白瀬明石のいるヒグレ大サーカスだった。そこに強盗たちの命令でブラッドベリーがサーカスに金の在処を探りに下見に現れた。そこでブラッドベリーの異変に気づいたピエロは、彼女の後を尾行してブラッドベリーが記憶をなくし、強盗団に無理やり悪事を手伝わされているという事実を知り…。

警官隊に追いつめられ逃げ場を失った小樽は、雨で増水した川に飛び込んだ。そして次に小樽が目を覚ましたのは、診療所のベットの上だった。そこでライムやチェリーと再会した小樽は、彼女たちが自分の姿を見ても、全く何の反応も見せないだけでなく、自分がいなくても幸せそうなライムたちを見てひどく落ち込み…。

ヘスと揚明の命を受け診療所を襲う朱雀と玄武。彼らの狙いが自分たちであると知る小樽は患者や子供たちの元に戻ろうとするライムとチェリーを無理に引きとめて逃げ出した。ライム、チェリーの次に狙われるのがブラッドベリーであると心配する小樽は、傷ついた体を引きずりながらサーカスへ向かう。その心配は的中して…。

ライムたちの記憶が戻り、そしてファウストの協力により小樽の無実も晴れヘスと揚明の陰謀も発覚し揚明は逮捕されたがヘスは、鳳々を操り逃亡した。傷を癒すため、休養する小樽は、ライムたち3人のことで悩んでいた。それは、自分と彼女たちとの今後だった。そして悩みぬいた結果、小樽がとった行動とは…。

小樽がジャポネスに去ってしまいライムたち3人は、それぞれの居場所へ戻った。温かい心に触れ、自分たちがマリオネットであることを痛感して悩む彼女たちの脳裏にヘスの言葉「人間になりたくないか？」がよぎる。一方、ジャポネスへ向かう小樽の前にファウストが現れ事件がまだ解決していないことを告げるが…。

人間になりたいという一心でヘスとネオメソポタミア号に乗り込むライム。そのライムを連れ戻そうとチェリーとブラッドベリーも後を追った。隙をつき彼女たちからデータを盗んだヘスは、自分の真の目的は、地球破壊であることを告げた。ネオメソポタミア号を追うライムたちは小樽に誰をお嫁さんにしたいかと問いかけて…。

ネオメソポタミア号が地球破壊のため、テラツーの大地から飛び立った。ライムたちはヘスの野望を阻止しようとするが、船の最重要部分は、プラズマウェーブによってガードされていた。そして船にある次元核弾頭の次元スイッチは、すでに作動していた。ライムたちは最後の力を振り絞り復讐の鬼と化したヘスに戦いを挑み…。