400万年前，为了逃离战乱连年的塞博坦星，被称为“微型金刚”的小型变形金刚种族驾驶宇宙船飞离了星球，然而，他们的太空船穿越时空之后，却坠落在地球上。

　　400万年后，一位名为雷德的地球少年和同学们不经意在太空船中发现了其中一架微型金刚，微型金刚复活的讯号也在同时传到了汽车人和霸天虎手上，为了争夺微型金刚，两军前往地球，并且继续在塞博坦星的战争......

Earth kids enter a conflict between two factions of Transformers.

Auf dem Planeten Cybertron kämpfen Autobots und Decepticons um die kleinen aber mächtigen Transformers namens Minicons. Wer sie auch immer besitzt, hat die Macht, das gesammte Univerum ins Chaos zustürzen. Als alles hoffnungeslos erscheint, fliehen die Minicons von Cybertron und werden durch einen Unfall zu einer weit entfernten Welt namens Erde geschickt, auf der sie in einen Tiefschlaf fallen. Tausende Jahre später entdecken zwei Jungen das Raumschiff der Minicons, welches kurz darauf ein Notsignal nach Cybertron schickt und dadurch die Decepticons und Autobots auf ihre Spur führt. Der Krieg um die Minicons beginnt von neuem, dieses Mal auf der Erde.

Kibertron bolygóján alakváltó robotok, Autobotok és Deceptikonok háborúznak. A céljuk megszerezni a Mini-Konoknak nevezett apró lényeket, akik képesek különleges adottságokkal felruházni gazdájukat. Az Autobotok társulni akarnak velük, míg a Deceptikonok szolgasorsba hajtanák őket. A Mini-Konokat egy űrhajó fedélzetén a világűrbe lövik, s a háború így véget ér. Csakhogy a hajó rakománya a Földre zuhan, ahol több ezer év elteltével embergyerekek lelnek rájuk. Az Autobotok és Deceptikonok a Földre sietnek, hogy mihamarabb szert tegyenek a feléledt Mini-Konokra, és így a háború ismét elkezdődik.

エボリューション（合体）することで、トランスフォーマーに新たな進化を与えるマイクロン。戦いを好まない彼らは、セイバートロン星を脱出。地球圏内で人知れず眠りにつくが、ラッドたちによって目覚めてしまう。マイクロンが発するシグナルを辿って、地球へやって来たサイバトロンとデストロンは、激しいマイクロン争奪戦を開始する。

En el planeta mecánico de Cybertron viven superorganismos robóticos conocidos como Transformers. Allí entran en conflicto el ejército de convoyes de Transformers con sus viejos enemigos, los Destron, para hacerse con una nueva fuente de poder; una nueva raza de Transformers conocidos como Microns. Pero de duelo por la batalla, los Microns se van a la otra punta del universo.

Cuatro millones de años después, en la Tierra, tres jóvenes activan un misterioso panel que se halla dentro de una cueva, que resulta ser un Micron dormido...