2017年、第12回サイバーフォーミュラWGPXが開幕。

昨年ダブルワンの栄光を手にした風見ハヤトは開幕から4戦連続優勝を飾り絶好調だった。

第5戦予選、ハヤトは走行中に奇妙な感覚に襲われる。その夜、スゴウを訪れたブリード加賀は、ハヤトの話を聞き、「自分の限界を見誤るな」と助言する。

同・決勝、ハヤトとランドルは優勝争いを繰り広げていた。その時、ハヤトはまた奇妙な感覚に襲われる。しかし、今度は時間がゆっくりと流れるような感覚、レースのライン、ライバル達の姿や感情が見てとれるという現象だ。

その中で今大会デビューしたアンリ・クレイトーが乗るセオドライトが接近してくることを感知したハヤトは素早くかわす。

しかし、後方のランドルまではよけきれず、ハヤトはマシンごと場外へ飛ばされてしまう。

命は取り留めたものの、ハヤトは今期の復帰は絶望的に。そしてランドルも両親の猛反対にあい引退を決意する。

自分に起こったことを語るハヤトに加賀は”越えてはいけない知覚の限界領域”「ゼロの領域」のことを教える。

ハヤトとランドル不在のレースは大接戦の末、新条の優勝、アオイフォーミュラ念願の初優勝で幕を閉じた。

リハビリを続けるハヤトは毎晩、「ゼロの領域」の悪夢にうなされていた。レースを辞めてほしいと告げるあすか。

ハヤトは新しい夢を追いたいと引退を決意し、これまで支えてくれたあすかに婚約を申し込む。

ハヤトとあすかは一緒に新しい夢を探すことを誓うのだった。

ハヤトとあすかは両親と車田、修、クレアに婚約を報告。一同は喜んで祝福した。しかし、修はレースを辞めるというハヤトは事故のトラウマから逃げているだけだと反対する。

ハヤトが高校生としてごく普通の生活を始めた中、第13回WGPXが開幕。ハヤトはデートの最中、衛星中継でZIPから参戦した加賀の姿や、スゴウに移籍したアンリを目にして驚く。レースの映像から離れようとしないハヤトに呆れたあすかは機嫌を損ねてしまう。ハヤトは償いにと、あすかに婚約指輪としてねだられた指輪をプレゼントする。

菅生邸に戻ると、ランドルが訪れていた。今は父親の手伝いをしていると言うランドル。「一番楽しかった時間はお前とサーキットを走っている時だった。いつかまたお前と走れたらいいな」と言い残しランドルは戻っていった。

一方、日本に戻っていた新条はみきは会っていた。開幕から結果が出ない新条はアオイからのオファーを断ったみきが自分よりハヤトのことを気にかけていると苛立つ。

そして、未だにハヤトは「ゼロの領域」の悪夢に襲われていた。そんなハヤトに修はこのまま逃げ続けたところで、ハヤトもあすかも不幸になってしまう。どうすべきか分かっているはずだ。と叱咤する。

ハヤトはどうしたらいいか分からないまま、訪れた無人のサーキットでアスラーダの幻影を見て涙した。

ハヤトは修に復帰を願い出る。修は今期、アンリ・クレイトーを迎え始動しているスゴウにハヤトのシートはない。と冷たく告げるが、クレアはアスラーダのカギを出しセカンドチームとして準備しているチームがあることを明かす。

スゴウのセカンドチーム名は「スゴウウィナーズ」。修はハヤトが戻ることを期待し、無理してチームを用意していたのだ。

ガレージではアスラーダが、そして、みき、車田、良平、牧がハヤトの復帰を待っていた。再会を喜び合う一同。

そこへ現れたあすかはレースを辞めるという約束を破ったハヤトに婚約指輪を叩き返し、立ち去る。

第13回WGPX第5戦 ハヤト復帰。復帰を喜ぶファンやライバル達。しかし、加賀は喜ぶ半面「2度とゼロの領域に触れるな」と厳しく忠告するのだった。

復帰第1戦、旧型のアスラーダはマシン性能の差で順位を上げられなかった。落ち込むハヤトをあすかの代わりに励ますみき。その様子を見た新条は激しく苛立つ。

同・決勝、ハヤトは修にアンリ・クレイトーを紹介される。礼儀正しく挨拶するアンリ。しかし、修が去った瞬間、態度が一変する。「あのとき死んでいれば良かったのに」嫌味を言い残し去って行った。

レーススタート。ハヤトは得意のコーナーを上手く使い健闘するが、ストレートでのパワー不足を補いきれない。再び、ゼロの領域に襲われたハヤトは勝負のカギであるブーストを使おうとするが、レバーを引くことができない。

第8戦ドイツグランプリ 決勝。ハヤトはゼロの領域での走行を続け3位に入る。慣れてきたとはいえ、ハヤトの神経がボロボロになることは変わりなく、第9戦スペイングランプリでは、集中力を欠きブーツホルツと接触してしまう。ゼロの領域を使い続けていることに気づいていた加賀は、かつて同じようにゼロの領域に目覚め、事故死したドライバーのことと、本当の恐ろしさ、どれだけ危険かを告げる。

一方、アンリはレース後、新条、ハイネル、グーデリアンに偶然を装って接触。ハヤトの危険走行を注意したら殴られたと涙ながらに訴える。その嘘の告白をハイネルは怪訝に思うが、グーデリアンはすっかり騙されてしまう。新条も新聞にバッシングコメントを掲載。そんな中、修はハヤトが何故、アンリに憎まれているのか理由を伝える。その理由を聞いたハヤトは、ダブルワンのチャンプとして恥じないレースをすることを誓う。

第10戦アフリカグランプリ予選。グーデリアンは危険走行をF.I.C.C.Yに提訴するべく行動を起こした。ブーツホルツも声をかけられるが、毅然とした態度でそれをはね退け、グーデリアンに説教をする。

同 決勝は霧の中でのレースとなった。しかし、ゼロの領域の中で走るハヤトに視界不良は関係ない。一人、ハイスピードで走るハヤトは、今期2度目の1位でフィニッシュする。

その頃、アオイ本社では新条の解雇が議題となっていた。

アオイ本社では成績不振の新条の解雇が決定しようとしていた。今日子は自らの進退を賭け、ラストチャンスを理事会に願い出る。

第11戦アジアグランプリ。新条は、みきとのすれ違い、ハヤトに勝てない苛立ちから自分のレースを見失いマシンをクラッシュさせてしまうが、スペア・カーに乗り換え3位につけ優勝の望みをつなげた。その夜、今日子は、加賀、片桐、新条を呼び出し、このレースに勝てなければ新条が解雇されることを伝える。投げやりになる新条は、加賀に甘えていると殴り倒され気絶する。新条が目を覚ますと、そこにはみきがいた。最近のすれ違いを気にすることもなく、いつものように接するみき。変わらないみきの優しさに触れ、改めて大事なことを思い出した新条は真摯な気持ちでレースに臨む決意をするのだった。

決勝当日。加賀は新条を勝たせるためにバックアップを申し出る。スタート直後に新条をトップに立たせ、自分は後続を抑えるために壁の役割に徹した。そして、最後に加賀はハヤトを抑えるために体当たりし、ハヤトを道連れにリタイヤする。その頃、トップを走っていた新条は、ギアのトラブルが発生し苦戦していた。スピードが上がらず、アンリが迫ってくる。極限状態にまで追い込まれる新条。しかし最後まで諦めない想いが奇跡を呼んだ。ギアが復活し、一時的にゼロの領域に目覚めたのだ。そして新条はアンリを抑え、見事トップでゴールインを果たす。

最終戦を前に、スゴウウィナーズはユニオン・セイバーからエンジンの供給を受け、試運転と調整を行っていた。来期、アオイに移籍するみきのためにも、悔いのない戦いを誓うハヤト。

あすかはハヤトをデートに誘う。ハヤトは今度こそ本物の婚約指輪を渡し、これまでの感謝と、「これからもサーキットを走り続けて自分の生きた証を残したい。そして、続く後輩たちに良いレースを見せ、苦しさや楽しさ感動を教えたい」と新たな夢を語った。あすかもハヤトたちドライバーを助けるために医者になるという新たな夢をハヤトに告げる。そのために今期終了と同時にコロンビア大学に留学するというのだ。2人はお互いの夢を応援しあうのだった。

最終戦 日本グランプリ開幕の日。ユニオン・セイバーからスポット参戦する新しいドライバーの発表があった。プリンス・ローゼンクロイツ。シューマッハを意識したような姿のランドルに皆呆れる。

予選スタート。タイムアタックを重ね記録が次々にぬり替えられる。そして、ハヤトも誰もが驚くようなタイムを記録。その時、一人アタックをせずシートに座っていた加賀が発進。ゼロの領域を使い、ハヤトの記録を抜き去った。

その夜、ハヤトは修からアンリをワールドチャンプにするためにサポートするよう指示され、素直に受ける。アンリはそんなハヤトを嘲笑う。ハヤトはアンリの襟元をつかみ、「お前は何のために走るんだ」と問いかける。

その帰り、加賀を見かけたハヤト。加賀は「ゼロの領域」を使用したことで震えが止まらずにいた。ハヤトが戻ってくると信じてサイバーに復帰した加賀は「決勝では死んでも俺の前を走らせない。」と宣言する。ハヤトも「全力を尽くして、あなたを打ち破る」と返す。

第13回WGP最終戦。加賀はスタートでミスをし、大きく出遅れてしまう。それに巻き込まれた日吉と新型シュティールのグーデリアンは接触してしまいリタイヤに。ローゼンクロイツことランドルがブランクを感じさせない走りで首位、ハヤトもゼロの領域とイナーシャルドリフトで奮闘するが、磨り減った神経は予想以上のダメージとなりスピンしてしまう。次々と抜かれる中に出遅れて順位を落としていたはずの加賀のエクスペリオンが走っていく。加賀は、脅威の追い上げでアンリを追い抜き、レースを振り出しに戻す。

雨が降り出し、他のチームが次々とレインタイヤへ交換していく中、ハヤトはレインタイヤの交換を１ラップ遅らせトップとの差を縮める。アンリとランドルはバトルの末、コースアウト。ランドルはリタイヤ、ピットに戻ってきたアンリは「これ以上走っても無駄だ」とマシンを降りてレースを放棄しようとする。しかし修に叱責され、ピットインしたハヤトに「ついて来い」と指示されると戸惑いながらもレースに復帰する。ハヤトの神業的なドライビングを目の当たりにし、昨夜ハヤトに言われた「何のために走るのか」という言葉を思い出す。そしてアンリが優勝圏内に入り、順位をキープするだけとなった時、加賀を抑える為、ハヤトは更に走りだした。

ハヤトは憔悴する中、加賀に勝ちたい一心でレースを続けるが、新条の隙のないブロックに苦戦。そこへアンリが新条を抑えに駆け付けた。アンリのバックアップで新条をパスし、ハヤトはついにトップの加賀に追いついた。両者ともゼロの領域の中で、限界を超えて走り続ける。そして決着をつけるべく最終コーナーへ。ハヤトはダブルのイナーシャルドリフトをきめて加賀をパス。両者、最後の気力を振りしぼりゴールを目指す。そして、接触しスリップしながらゴールへと飛び込むのだった。

死闘の末、ハヤトは加賀を制し、その結果、アンリは13回大会のワールドチャンピオンに輝く。