Pendant l'ère de l'Edo. Fille du maître d'un dojo d'arts martiaux, Lin s'embarque dans une mission pour se venger de la mort de ses parents. Pour lui servir de garde du corps, elle a choisi Manji, l'homme immortel, surnommé le "tueur d'une centaine". Sa cible est le chef de l'école Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu, l'homme qu'elle hait. Voici les aventures de la vengeresse et de l'homme immortel.

Lin annonce qu'elle va voir un ami de son père, Sōri, un peintre, durant sa mission de vengeance. Sōri ne peut pas venir l'aider, mais lui donne de l'argent. Lin, le portefeuille plein mais sans piste, retrouve l'épée de son père chez un forgeron chez lequel elle est supposée avoir été volée. Son nouveau propriétaire est un maître de sabre de l'école Ittô-Ryû, Taïto Magatsu.

Une prostituée approche Manji alors qu'il attend Lin. Si Manji voit à travers la ruse de la prostituée, il accepte son invitation. Mais la femme, Makie Otonotachibana, semble être trop faible pour faire partie des guerriers d'Ittô-Ryû, comme elle le prétend. Après avoir épargné la vie de Makie, Manji la voit réapparaître avec des yeux et cheveux de couleurs différentes.

Lin demande à Manji de l’entraîner, mais ses aptitudes sont encore loin de rivaliser avec celles des disciples d'Ittô-Ryû. Lin, dans un moment de mélancolie, est attirée par un son, et découvre un homme s'entraînant seul. "Un jour, je serai aussi forte que lui", se dit-elle, avant de se rendre compte, stupéfaite, qu'il s'agit de son ennemi juré, le chef d'Ittô-Ryû, Kagehisa Anotsu.

Après avoir aperçu Kagehisa, Lin flanche. Perdues dans ses pensées, elle se fait approcher, avec Manji, par un moine bouddhiste nommé Eiku Shizuma, faisant partie d'Ittô-Ryû. Il affronte Manji, mais se fait rapidement vaincre. Malgré le coup mortel qu'il a reçu, Shizuma se redresse et sa blessure se referme d'elle-même. Shizuma possède un corps "immortel", tout comme Manji.

Lin, qui est venue voir le festival, rencontre un gamin effronté, Renzô. Au magasin de masques, la situation se détériore entre Manji et Araya, jusqu'à ce que le fils d'Araya, Renzô, ne débarque et les hostilités se dissolvent. Araya et Renzô s'en vont. Ayant regardé Manji de dos, Lin, pour une raison ou une autre, continue de fixer Araya, les yeux remplis de choc et de haine.

Les discussions pour nommer l'instructeur de l'école Ittô-Ryû, alloué par le shogunat, ont démarré. Le but est de faire connaître Ittô-Ryû dans le monde entier. Taïto Magatsu jure de le faire devenir réalité, mais décide de se distancer de Kagehisa Anotsu. En même temps, les chefs d'Ittô-Ryû commencent à être pris pour cible. La pointe de cette épée est aussi dirigée vers Magatsu.

Manji et Lin embauchent les quatre membres du Mugaï-Ryû, qui détiennent des informations sur Kagehisa, pour l'assassiner. Accompagnée de Shira, à l'affût sur la route qui mène à la frontière d'Edo, après avoir reçu des informations que seule elle connaît, Lin rattrape Kagehisa qui tente de s'enfuir.

Manji veut aller chercher Rin, mais il n'a pas de laissez-passer. C'est alors que Souri et Magatsu apparaissent devant lui. Souri dit à Manji qu'il peut acquérir autant de passes que il le souhaite, mais il y a une condition. Pendant ce temps, une Shira manchote aux cheveux gris apparaît devant Hyakurin et Shinriji alors qu'ils retravaillent leur plan pour assassiner Kagehisa.

Devenus partenaires de voyage pour atteindre leurs objectifs, Manji et Magatsu sont agressés par un groupe d'hommes chauves. Manji, gémissant de douleur, est approché par derrière par Shira, qui lui coupe le bras. Shira avait reconstruit son corps, et souhaitait une revanche avec Manji. Mais maintenant Magatsu se dresse sur son chemin.

Partie à Kaga à la poursuite de Kagehisa, Rin, effondrée, est secourue par ce même Kagehisa. Puis, devant coopérer avec Kagehisa qui est poursuivi par le Shingoto-ryu, Rin commence à voir Kagehisa, son ennemi, comme un être humain.

Les membres de l'Ittou-ryu ont été massacrés par le shogunat. Kagehisa rassemble les membres restants de l'Ittou-ryu en secret, et prépare sa vengeance contre le shogunat. Manji est invité à la Mugai-ryu par Giichi, mais il refuse et ils s'affrontent à l'épée. L'arme de Giichi se brise, et une trêve est conclue. Manji décide d'aller rencontrer le chef du Mugai-ryu, Habaki.

Le plan d'Habaki fait que Manji est piégé dans un donjon. Habaki fait appel à un médecin, Burando Ayame, pour tenter de résoudre le mystère de l'immortalité. Pour faire avancer la médecine, Burando enfonce un scalpel dans le corps de Manji. Pendant ce temps, en attendant le retour de Manji, Rin est prise dans une étrange cohabitation avec Doua et Isaku, qui cherchaient un endroit où rester.

Burando réussit à transplanter le bras gauche de Manji sur le corps de test de Dewanosuke. À partir de ce point de départ, d'autres tests réussissent. Mais Habaki met la pression sur Burando et exige des résultats. La lame d'Habaki se rapproche du Dewanosuke imparfaitement immortalisé. Rin rencontre Doua et Isaku dans la rue alors qu'elle cherche Manji. C'est alors que le fonctionnaire que Doua a renversé s'approche d'eux.

Depuis l'incident de Dewanosuke, Burando n'a cessé de faire des gaffes. Il est finalement mis à l'isolement par Habaki, et devient fou. Mais à cause de sa folie, Burando comprend quelque chose d'important sur les expériences d'immortalité : Les humains sont essentiellement des loutres. Pendant ce temps, Rin et Doua décident de s'infiltrer dans le château d'Edo pour sauver Manji et Isaku, qui sont encerclés.

Manji et Rin sont enfin réunis. Mais le redoutable ennemi qu'ils se sont fait à Habaki dans le donjon bloque leur fuite. Puis Doua et le présumé mort Isaku arrivent en renfort. Le donjon commence à s'effondrer. Alors que leur évasion approche, une personne inattendue apparaît devant Rin et Manji. Puis, la réponse à laquelle Burando est arrivé grâce aux résultats de ses expériences...

Après son échec au château d'Edo, Habaki est démis de ses fonctions de commis principal. Néanmoins, afin d'anéantir l'Ittou-ryu, il prend la tête du Rokki-dan dans l'espoir de le soumettre. Cependant, le nouveau secrétaire général, Ugen, décide qu'Ittou-ryu, ayant quitté Edo, est maintenant en sécurité. De plus, pour s'assurer qu'il respecte l'accord, la femme et les enfants de Habaki sont pris en otage.

Les Ittour-ryu sont poursuivis par les Rokki-dan, menés par Habaki. En entendant cela, Run et Manji décident de les poursuivre également. Même avec tous ces gens quittant Edo pour poursuivre les Ittou-ryu, les quatre leasers nommés par Kagehisa Anotsu sont introuvables. Puis, aux petites heures du matin, Kagehisa et les trois autres se tiennent à l'Ootemon devant le château d'Edo.

Rin et Manji poursuivent Kagehisa, mais Shira les attaque et Rin est emmenée. Manji part à sa recherche et rencontre non seulement Shinra, mais aussi Renzou. Manji combat Shinra afin de sauver Rin. Mais étonnamment, ce qui entaille Manji est le bras gauche de Shira, qui aurait dû être perdu.

Manji est blessé après son duel avec Shinra. Renzou prend une épée et tente de tuer Manji, mais Rin et les autres le dissuadent. Pendant ce temps, Habaki est livide en apprenant l'attaque du château d'Edo. Habaki veut poursuivre Ittou-ryu, même en l'absence de son chef. En conséquence, l'un des Ittou-ryu entre dans un village de montagne. La fille de Habaki, Ryou, tente de le maîtriser pour être utile à son père.

Arashino, Hasshuu, et Murasaki du Rokki-dan agissent comme avant-garde dans l'affrontement avec les Ittou-ryu. Le crucial Abayama parvient à s'échapper avec l'aide de ses partisans. Mais il doit alors affronter Giichi et Hyakurin, qui ont poursuivi Abayama pour aider Habaki.

Les Ittou-ryu, Rokki-dan, et Manji et Rin se rassemblent tous à Nakaminato, comme s'ils y étaient guidés. Ils portent tous leurs motifs sur leurs épées au moment où ils entament leur ultime combat mortel. Tromper, soumettre, et danser dans le chaos. Les étincelles voleront dans la bataille décisive entre les plus forts. Le dernier mot revient à...

Les vies des personnes rassemblées s'éteignent les unes après les autres. Ceux qui restent sont battus et meurtris. Pourtant, ils continuent à prendre leurs épées, et à frapper leurs convictions les uns contre les autres. Le dernier debout... Et la vengeance qui s'est accomplie... Le rideau se ferme maintenant sur l'histoire de l'homme à la vie éternelle, et de ces gens dont les vies finies étaient un feu de passion.