A.D. 2016, le fondamenta dell'umanità sono state incenerite dal Re Mago Solomon. Chaldea, un'organizzazione segreta di maghi con la missione di preservare il futuro dell'umanità, ha previsto l'estinzione dell'umanità nel 2015. Così è iniziata l'operazione di riparazione delle singolarità nella storia causate dai Sacri Graal dispersi nel tempo e nello spazio - Operazione Grand Order.

Usando la tecnologia di viaggio nel tempo Rayshift, l'ultimo maestro di Chaldea Ritsuka Fujimaru e il suo demi-servitore Mash Kyrielight hanno viaggiato e risolto sei Singolarità. Ora, partono per la loro destinazione più pericolosa: una civiltà dell'Era degli Dei, la Mesopotamia del 2655 a.C. Ritsuka e Mash scoprono presto che le Bestie Demoniache vagano per la terra, attaccando persone e città. In mezzo al caos e al terrore si trova l'ultima difesa dell'umanità: Uruk, una città fortezza che funge da prima linea per la battaglia contro le bestie.