桃月学園の1年C組を担任する先生が休職した代りに新しい先生がやってきた。だが、その先生は普通じゃないことに11歳ながらMassachusetts Institute of Technology(まちゃちゅーせっちゅ…以下略)を卒業した天才ちびっこ先生ことレベッカ・宮本（通称ベッキー）だったのだ…。

ベッキーが桃月学園にやってきて数日。C組にも慣れ、教壇に立つ姿もすっかり偉そうに…もとい、板についてきたかに見えた。しかし、ベッキーは、未だに生徒たちの本名をちゃんと覚えていなかったのである。そんな中、ベッキーはただでさえ影の薄いくるみを「目立たない地味キャラ」呼ばわりして落ち込ませてしまい…。

今朝はベッキーが遅刻していたため、C組の面々はいつも以上にダラダラとしていた。ただ、姫子だけがハイテンションで騒ぎまくっていた。そんな元気な彼女と一緒に揺れるアホ毛がうっとうしくなった玲は思いっきり引っぱった。すると、なぜか頭から白い煙が立ちあがり、玲は驚いて思わず投げ返してしまい…。

突然ベッキーから、明日テストをすると告げられたC組。いつも感情の読めない一条さんだが多少は緊張感があるのか、都を誘って勉強会をしようと言い出した。真面目に勉強をしている都は断るが、話の流れに逆らえず、玲に姫子、6号さんやくるみが加わり、さらに保護者としてベッキーまでも参加して勉強会を開くことに…。

今日は1年生全員参加のキャンプ教室。B組では早乙女先生ただ一人がハイテンションではしゃぎまくり、A組では相変わらず二日酔いの五十嵐先生を桃瀬修が介抱をし、D組ではジジイのわけのわからない一言に犬神が冷静にツッコミを入れるという、いつもと大して変わらない光景がそこにあった。一方、C組はというと…。

昼休み、鼻歌など歌いながら廊下を行くベッキー。その手には『宮本研究室』と書かれたプレートを持っていた。校長から研究室に使う部屋を貰って嬉しいらしい。研究室と聞いた姫子は、『ベッキーが10人の小人になる薬の研究』とか『ベッキーがはげ親父になる薬の研究』とか、意味不明な妄想をするが…。

本格的に暑い夏がやってきた。強い日差しの中、C組の連中は水着姿でプール掃除をさせられていた。ベッキーが(五十嵐先生のインチキによって)ジャンケンで負けてしまったために、C組だけでやることになったのだ。そんな事情もあってか、皆やる気がない。その中で真面目に掃除しているのは、6号さんだけだった…。

1年D組の新感覚癒し系魔法少女ベホイミは悩んでいた。あからさまに魔法少女の衣装を着て人助けを続けているのに、今一つ注目されていなかった。それもそのはず、桃月学園には白鳥鈴音や南条操、ベッキーといった、個性的なキャラクターがたくさんいるのだ。落ち込むあまりベホイミはウサギ小屋にこもろうとするが…。

大学時代の恩師である教授から遺跡調査の依頼がきたベッキーは、沖之毒島に向かっていた。探検隊気分でジュースを飲みながらくつろいでいると、上空に現れたヘリから誰かが飛び降りてきて勢い良く船に突っ込んできた。恐る恐る大きく開いた穴をのぞきこむと、そこから金髪の女の子が何事もなかった様に出てきて…。

新学期が始まり、C組では自由研究の発表が行われていた。「自由研究なんてまるで小学生の宿題だな」と玲がブー垂れるも、くるみは地味な朝顔の成長記録、一条さんは空き缶で作った謎の工作、6号は縁日で買ったカラーひよこの観察日記etc…と、高校生のくせにみんな小学生並の内容だ。

放課後、6号さんは真剣な表情で机に向かっていた。「何やってるんだ？」と、ベッキーが声をかけると、姫子の代りにクロスワードを解いているという。さらに、机の上にはくるみや玲、一条さんに頼まれた買い物の品々が。パシリ扱いする玲たちも玲たちだが、何でも言うことを聞く6号も6号だとベッキーは呆れるが…。

授業中にもかかわらず、今日も姫子は気持ちよく爆睡中。叱るベッキーだが、6号から「宮本先生は将来の夢ってあるんですか？」と尋ねられ、自分自身の夢について考える。ところが天才少女ゆえ、ベッキーには一般人が憧れるような夢がなかったのだ。「私は夢も希望もない人間なのか…」と、ベッキーはショックを受けて…。

ある日の補習授業、ベッキーが補習を始めようとした瞬間、突然轟く爆発音。校庭にはバズーカ砲を担いだ牛、忍者の格好をした女、そして雲をつくような大男が。彼らは全日本番長連合。桃月学園を牛耳っていると噂のチビッコ番長すなわちベッキーに挑戦しにきたのだ。番長たちとの激突が避けられない状況のベッキーは…。

しばらく学食が閉まるため、お姉ちゃんが作ってくれたお弁当を持参したベッキーはご機嫌だった。だが、BLTサンドを期待してランチボックスを開けるとベーコン(B)・レタス(L)・トマト(T)ではなく、素のブロッコリー(B)とレモン(L)とターキー(T)。「お姉ちゃんのバカ…」とベッキーはガックリして…。

ベッキーたちはピンチに陥っていた。C組全員の乗っているバスが、今まさに崖っぷちから落ちようとしていたのだ。車体の半分を宙に浮かせてなんとかバランスを保っている状態で、ちょっとでも動こうものなら崖下の海へまっ逆さまに落ちてしまう…。

ある日の放課後。ベッキーとC組のメンバーは、宮本研究室で生徒会諜報部の綿貫から報告を受けていた。学級委員の一条さんが今日、学校を休んだのである。日頃から意味不明な彼女だが、ここ数日の行動は明らかにいつもと様子が違った。気になったベッキーが、諜報部に調査を依頼していたのだ。そして綿貫が見たのは…。

今日は学園祭。C組は喫茶店を開いていた。しかも、ユニフォームはアキバ方面を中心に流行のメイド服。そもそもどんな模擬店にしようか相談したとき、材料費が安く済むという玲の提案で、とりあえず喫茶店に決めたのが始まりであった。だが、客のサイフの紐を緩まそうということでメイド喫茶に変わってしまい…。

ある日の夕暮れ。公園の滑り台でメソウサは夕日を見ながら、一日が平和に終る幸せを噛みしめていた。そこに、「不幸になっていただけませんか？」と声をかけてきた黒い着物の少女。疫病神見習いの妙子と名乗った少女は、「是非、私のために不幸になってください」と、一方的にメソウサに頼み込んできて…。

ジジイ先生の強烈なボケが炸裂するD組のHR。突然乱入してきたのは、いつになく神妙な面持ちのベッキーだ。なんと、C組の生徒たちが未知のウイルスに感染して緊急入院、学級閉鎖してしまったという。突拍子もない話にドッとウケるD組。ところが、生徒を静めようとしたジジイが、突然顔を真っ赤にして倒れてしまい…。

平和な桃月学園の朝。C組では、姫子が玲にベタベタ抱きついてはどつき倒されるという日常風景が展開されていた。「…お腹空いてきちゃってサ～」と言う姫子、どうやら、中華屋でバイトしている玲からカニチャーハンの臭いがしていたらしい。大好物のカニに関して人間離れした嗅覚を発揮する姫子に都は…。

今日も繰り広げられる演劇部のロボ子(中身は芹沢)と映研のドジラ(中身は来栖)の戦い。今度こそは決着を付けんと息巻く両者だが、突然乱入してきたのはD組のベホイミとメディア、B組の鈴音と乙女。ロボ子を鈴音チョップで気絶させ、唖然とするドジラを残して疾風のごとく去っていく…。

『突撃!となりのホームルーム』という深夜番組の取材がきた。D組に乱入したTVスタッフだが、最初に見たものは死神(中身は芹沢)に取り憑かれたジジイの姿。ビビったレポーターが帰ってしまった。予想外の展開にスタッフたちが出直すことになったと聞き、明日こそ自分たちもTV出演だ！とC組一同は盛り上がるが…。

寒い季節になり、「お前らも風邪を引かないように気をつけろよ～」と教師らしく注意を促すベッキー。しかし冬とはいえ、教室内でガタガタと震えるくるみの寒がりようは尋常ではない。「なんとかしてよ、ベキえも～ん」と無茶を言うくるみに、ベッキーはポケットから出した使い捨てカイロを渡し、その場をやり過ごすが…。

時は桃月三年の春、江戸の民衆は苦しんでいた。若干十歳で勘定奉行に登用された宮本べき衛門(ベッキー)が、どんな理由だろうと一回泣くごとに100円を納めるべし、という理不尽な『はうはう税』を定めたのだ。我が世の春を謳歌するべき衛門の影で、町の人たちはうかつに泣くことも出来ず怯えながら暮らしていたが…。

桃月学園に降りかかる不幸の数々に、猛吹雪。その原因である巨大彗星が近づきつつある地球は、今まさに滅亡の危機にさらされていた。状況を打開すべく、校長は桃月学園の地下に眠る秘密兵器・巨大ロボット『ぱにぽにX』をC組に託す。そんな中、C組一同はやる気なさげにストーブを囲んで寒さに震えていたが…。

地球の危機も去り、平和な日々が再び訪れたかに思えたが、真冬ながら38度という猛暑に襲われる桃月町。ダレるC組メンバー、ベッキーもグッタリして「そんなわけで、授業は中止しま～す」と授業を放棄しかける始末。そんな中、姫子は浴衣を借りてきて、涼しい気分を演出しようとドライアイスを水槽に入れてみるが…。