I piloti sono sottoposti ad un test di sincronizzazione diretto da Ritsuko, quando l'Angelo Iruel appare all'interno della base sotto forma di ruggine. Il nemico è costituito da un insieme di milioni di microscopiche particelle organiche, le quali, interagendo tra loro, costituiscono una specie di circuito biologico in grado di penetrare via via in tutti gli apparati informatici del quartier generale. Iruel infetta così la rete di computer della Nerv, riuscendo ad infiltrarsi e controllare completamente due dei tre Magi, la rete di super-computer che controlla l'intera base. Ritsuko, coi semplici sistemi di difesa informatica a sua disposizione, riesce a rallentare l'avanzata dell'infiltrazione virulenta di Iruel, ma l'Angelo continua gradualmente la sua offensiva e tenta di avviare il meccanismo di autodistruzione del sistema, che richiede il voto unanime dei tre componenti del Magi System. La giovane donna-scienziato prova allora a mettere in atto un piano per volgere a proprio favore l'abilità di adattamento iper-rapido dell'Angelo, costringendolo ad evolvere verso uno stato benigno. Per fare ciò entra nelle viscere degli apparati meccanici dell'ultimo Magus rimasto libero, dove trova gli appunti lasciati dalla madre mentre stava costruendo il Magi System. Le informazioni ivi contenute le consentono di portare a termine il piano.