Le LFO de Eureka s'avère être un Nirvash, légendaire pour avoir été le premier découvert. Le plus étonnant reste toutefois l'interaction étrange entre le Nirvash et Renton. Son père, un héros disparu, n'y est pas étranger. Quel est ce programme satori à la puissance inimaginable ?...

Renton, confronté à son idole du Gekkostate, Holland, et à l'ombre de son père, se retrouve face à son destin. Lui et Eureka tentent de fuir l'armée pour retourner à l'intérieur du gekko-go, vaisseau principal des pirates...

La face du monde ne sera plus jamais comme avant. Dewey est décidé à détruire définitivement le Scab Coral, mais Holland, aux commandes du 303, n'a pas l'intention de laisser faire son frère. Le destin de la planète dépend de l'issue de ce combat...

Renton est effondré car sa chère Eureka est sur le point de devenir le nouveau noyau Scab. La situation semble désespérée, mais l'amour de Renton sera-t-il le plus fort ?...

Avril 2025. Tout en aidant son ami d'enfance Naru Arata, Ao Fukai prend accidentellement un bracelet passé en contrebande par Gazelle, Pippo et Han Juno, et un Scub Coral apparaît soudainement, ainsi qu'un G-Monster.

Le G-Monster continue son attaque sur Iwato Jima, et avec l'aide de Gazelle, Ao pilote un IFO transporté par la marine japonaise et l'utilise pour vaincre le G-Monster, ses cheveux changeant de couleur en turquoise dans la bataille, tout en équipe Pied Piper les pilotes regardent, réalisant que l'IFO est le tout premier modèle fabriqué.

Ao est traqué par les habitants d'Iwato Jima parce qu'ils croient toujours que lui et sa mère sont responsables des terribles accidents qui ont frappé l'île lorsqu'elle est apparue de nulle part.

Tout en s'adaptant à la vie sur Génération Bleu, Ao commence à ne pas savoir pourquoi il les a rejoints en premier lieu. Pendant ce temps, l'équipe Goldilocks est attaquée lors d'une opération.

L'équipe Pied Piper est envoyée pour aider l'équipe Goldilocks, mais à leur arrivée, ils découvrent que leur chef s'est sacrifié pour sauver ses compagnons. Après avoir récupéré les pilotes et leur IFO, ils reviennent pour affronter le Secret ennemi en laissant derrière eux un Ao épuisé. Après son réveil, Ao entend Chloé, l'un des pilotes de Goldilocks, parler de leur bataille avec le Secret et propose un plan pour le vaincre. Alors qu'Ao affronte le Secret, il est surveillé par un personnage énigmatique qui s'intéresse à lui.

Après avoir eu une brève rencontre avec l'Eureka en phase de suppression, Renton s'installe avec Ao à Iwato-Jima. Il remercie Toshio d'avoir pris soin de sa famille, puis décide d'utiliser le Quartz Gun pour détruire le Scub Coral original à sa chronologie et l'empêcher de se répandre dans toutes les dimensions.