Dopo che un disastro ha tramutato l'umanità in pietra, Taiju mantiene viva la sua coscienza con il potere dell'amore. Molti anni dopo si risveglia e scopre di non essere solo.

Con una quantità di liquido sufficiente a risvegliare solo una persona, Senku e Taiju si preparano a liberare Yuzuriha, ma l'apparizione di leoni affamati complica le cose.

Senku è consapevole e timoroso degli inquietanti principi morali di Tsukawa, e lo manda via, mentre assieme a Taiju cerca di risvegliare Yuzuriha e trovare possibili armi.

Taiju dimostra involontariamente la riuscita dell'esperimento di Senku sulla polvere da sparo. I due amici trovano tracce di altri sopravvissuti e prendono una decisione rischiosa.

Servendosi delle stesse conoscenze scientifiche che Senku ha rifiutato di rivelare, Taiju e Yuzuriha sfuggono all'impeto omicida di Tsukasa. Poi fanno una scoperta sorprendente.

Taiju supplica Senku di risvegliarsi nel presente, mentre il flashback del risveglio di Senku continua. Nel frattempo una misteriosa ragazza attacca Tsukasa.

Senku si unisce a Kohaku per accompagnarla al suo villaggio, e così conosce Chrome, un sedicente stregone che vuole contrapporre le sue abilità alle conoscenze scientifiche di Senku.

I tre ricevono aiuto da una ragazza del luogo chiamata Suika nella ricerca di un antibiotico che salvi Ruri, ma avranno bisogno di molta più manodopera dal villaggio.

La tattica del ramen funziona, ma attrae l'attenzione di un mago con alleanze discutibili. In seguito un improvviso temporale si trasforma in un'opportunità.

Mentre Gen ammira il generatore di Senku, un aggressore armato di lancia lo coglie di sorpresa. In seguito Suika scopre che l'assalitore ha una storia in comune con Kohaku.

Allentata la pressione dopo le false informazioni che Gen ha fornito a Tsukasa, Senku usa sabbia di quarzo per risolvere un problema per Suika. Kohaku si allena per il Grand Bout.

Senku dimostra come la sua lancia non sia solo un'arma appuntita. La sua prossima destinazione è una sorgente tossica di acido solforico da cui potrebbe non tornare vivo.

Senku ha bisogno di alcol per produrre l'antibiotico e partecipa al Grand Bout per procurarselo. Magma escogita un piano per negare ai suoi avversari la possibilità di vincere.

Il torneo Grand Bout continua e Magma escogita un perfido trucco per immobilizzare Kinro. In seguito Chrome lotta contro il tempo per mettere fine agli sporchi giochi di Magma.

La cieca ambizione di Ginro e le difficili condizioni di Chrome complicano i piani di Senku, che dovrà procurarsi l'alcol necessario a salvare Ruri prima che finisca il tempo.

Senku diventa il capo e può finalmente curare Ruri. Lei gli svela un antico racconto tramandato dalla sua famiglia sull'astronauta Byakuya, suo padre.

Byakuya insiste a rischiare la vita recandosi nel luogo dove ha avuto inizio la pietrificazione. La squadra usa le conoscenze acquisite per costruire un piccolo villaggio.

Le truppe di Tsukasa attaccano il villaggio e il loro scaltro capo Hyoga ha presto la meglio su Kinro. Senku usa la scienza per mostrare loro la potenza di armamenti superiori.

Hyoga rivela le vere intenzioni del suo attacco fallito. Mentre il villaggio è in pericolo, Suika sfrutta la sua conoscenza delle insidie del luogo per salvarlo.

Senku dichiara che costruirà un telefono cellulare in pochi mesi, in previsione di un attacco che Tsukasa intende sferrare in primavera. Il primo passo richiede zucchero filato.

Gli "inventori" del villaggio entrano in azione creando batterie, lampadine e una pompa a vuoto prima di iniziare a lavorare sui componenti centrali del cellulare.

Senku deve procurarsi del tungsteno per creare un filamento abbastanza resistente e guida una spedizione in una vicina grotta, dove però lo attendono pericoli imprevisti.

Il tungsteno va macinato e trasformato in una polvere che andrà poi riscaldata a temperature molto alte. Senku dice alla sua squadra che è pronta per lavorare autonomamente.

Il villaggio mette alla prova il telefono e con grande sollievo scopre che funziona perfettamente. Ruri dà a Senku un'indicazione che lo porta a un artefatto storico nascosto.

Episodio speciale di Dr. Stone che fa da recap della prima serie aggiungendo qualche scena mai trasmessa.

Per cercare di avvantaggiare gli abitanti del villaggio nell'imminente battaglia invernale contro l'impero di Tsukasa, Senku crea una cosa molto utile: cibo spaziale.

Kohaku non riesce a prendere Homura, così Senku pensa a una soluzione flash. Dopo aver scoperto la destinazione di Chrome e del suo gruppo, Homura decide di intercettarli.

Taiju e Yuzuriha contattano finalmente il Regno della scienza per telefono, ma qualcuno li sta sorvegliando. Il gruppo di Chrome discute di come superare Ukyo.

Nikki spiega perché gli scagnozzi di Tsukasa saranno l'ostacolo principale alla strategia di Senku. Nel frattempo Chrome si consegna al nemico.

Gli abitanti del villaggio completano il loro veicolo a vapore e partono per salvare Chrome. Suika effettua una ricognizione per pianificare la missione di salvataggio.

Tsukasa presagisce un attacco e manda il poliziotto Yo a fortificare le difese perimetrali. Nel frattempo Chrome raccoglie materiali utili per la fuga.

Gen usa una sbalorditiva imitazione di Lillian per convincere altri seguaci di Tsukasa a passare dalla parte di Senku, ma Ukyo non si fa abbindolare dalle sue abilità.

Senku e il suo esercito lanciano un attacco a sorpresa contro le truppe di Tsukasa fuori dalla caverna dei miracoli, ma hanno solo venti secondi prima che il nemico si riorganizzi.

Tsukasa e Hyoga si uniscono allo scontro e ribaltano le sorti della battaglia. Senku lavora a un'arma chimica nella grotta, ma ha bisogno di un altro ingrediente.

Tsukasa ritrova la sorella con l'aiuto del liquido del risveglio. Mentre il gruppo di Senku si prepara a tornare al campo, Chrome nota che manca qualcosa.

Senku e i suoi compagni giungono al termine della battaglia e decidono di costruire un nuovo Regno della scienza. Senku cerca di salvare la vita a Tsukasa.

Episodio speciale che fa da ponte tra la seconda e la terza stagione. Incentrato su Ryuusui Nanami.

Senku e Kohaku sorvegliano dall'alto l'area intorno al Regno della scienza in cerca di risorse per l'attraversata oceanica accompagnati da Ryusui.

Ryusui resta deluso dalla pessima cucina di Senku e decide di risvegliare il suo fedele maggiordomo nonché abile cuoco Francois. Senku vuole del pane a lunga conservazione.

Senku scatta delle foto dalla mongolfiera nella speranza di trovare il petrolio, ma inutilmente. Francois e Suika usano le foto per localizzare del cibo gourmet.

Senku e i suoi amici si mettono al lavoro per creare un radar e un sonar nel tentativo di trovare un modo per localizzare la fonte dell'inquietante messaggio in codice Morse.

Senku e gli abitanti del villaggio iniziano a costruire un grande veliero, ma incontrano un problema apparentemente insormontabile. Ryusui trova una soluzione intelligente.

La nave della scienza Perseus naviga alla ricerca della navetta spaziale Soyuz, dove Senku crede che il suo equipaggio troverà una scorta di minerali preziosi, tra cui il platino.

Subito dopo l'arrivo sull'isola, Senku guida una piccola squadra alla ricerca di platino. Ukyo e Ginro fanno una scoperta allarmante sul fondo del mare.

Senku e il resto del gruppo vengono a conoscenza dell'arma pietrificante e pensano a un piano per rubarla con tanto di Kohaku debitamente truccata.

Mentre gli isolani cercano la Perseus, Suika distrae Ginro per portare il laboratorio mobile dalla nave a Senku.

Kohaku riceve istruzioni tramite un auricolare mentre il suo gruppo s'infiltra nel campo principale del nemico. Senku e gli altri costruiscono un motore elettromagnetico.

Una sgomenta Kohaku scopre che la capsula Soyuz è bloccata nel cemento. Senku trova un modo per spaccarlo senza fare rumore.

Senku spera di rianimare Kaseki con l'acido nitrico appena ottenuto, ma gli uomini di Ibara gettano in mare i membri pietrificati dell'equipaggio e portano via Ryusui.

Senku e i suoi amici rianimano Kaseki, poi si dedicano a salvare gli altri e a realizzare un drone. Nel frattempo, Ginro s'imbatte in un segreto sconvolgente.

Amaryllis racconta a Senku e ai suoi amici di Ginro e Kohaku e del segreto del regno. Mentre analizzano tutti gli indizi, Moz appare all'improvviso.

L'attacco a sorpresa di Moz semina il panico nel Regno della pietrificazione mentre Senku e gli altri costruiscono una nuova potente arma e si preparano alla battaglia finale.

Kinro guida la carica contro i nemici guerrieri mentre il gruppo di Ryusui attende il momento giusto per prendere il raggio pietrificante con il drone.

Il gruppo di Senku s'imbarca sulla Perseus nel disperato tentativo di impedire a Ibara di pietrificare l'intera isola, ma subisce l'attacco di Moz. Senku fa una mossa rischiosa.

Hyoga si accorge di essere in inferiorità numerica contro Moz e decide di saltare dalla barca e nuotare verso l'isola, dove la sua lancia viene potenziata.

Senku riesce a evitare di essere trasformato in pietra grazie ad alcuni calcoli fatti al volo e affronta Ibara in una resa dei conti finale per il raggio pietrificante.

Senku rianima i suoi compagni. Insieme iniziano a riparare la Perseus e contattano Ruri, ma la chiamata viene interrotta da un insolito segnale.

Prima di tornare a casa per prepararsi al viaggio sulla luna, Senku e gli altri si alleano con gli abitanti dell'isola. Soyuz prende una decisione.

Senku usa l'ultimo potere del dispositivo per risvegliare Tsukasa e poi con gli altri traccia la rotta per andare a raccogliere quanto necessario per il viaggio nello spazio.

Il viaggio verso l'America per approvvigiornarsi di mais è iniziato, ma Ryusui e Senku hanno idee molto diverse sulla rotta da seguire per arrivarci. La scelta avverrà tramite una partita a poker, ma chi sarà a vincere?

Dopo aver deciso che rotta seguire, François prepara cocktail per tutti, mentre Matsukaze ripensa al giorno della pietrificazione del suo villaggio.

La Perseus giunge finalmente sul continente americano. La ricerca del mais porta il gruppo in California, dove c'è già qualcuno che li attende.

Senku e i suoi vengono attaccati e riescono a fuggire a malapena. Il nemico si rivela essere più avanzato tecnologicamente e il leader...

Gen rivela al nemico il nome del loro scienziato e il dottor Xeno intavola un negoziato, ma il dottor Taiju è inamovibile e lo scontro si fa inevitabile.

Luna si infiltra sulla Perseus per trovare il Dottor Taiju. Quella che doveva essere una missione complicata si rivela semplice, o così sembra...

Grazie a uno scambio di email in tutto il mondo, Senku riceve una risposta che gli permette di costruire un razzo. Ma il suo mentore sceglierà la strada opposta alla sua.

Luna e Stanley hanno una missione, ma mentre il cecchino è determinato a compierla, Luna è titubante. Riuscirà a indicare il dr. Taiju a Stanley?

Pur sconvolti da quanto accaduto a Senku, i membri del Regno della Scienza organizzano il contrattacco per sorprendere il nemico.

Senku è ancora convalescente e tocca a Chrome guidare gli scavi del tunnel fino al campo nemico.

Il team della scienza di Senku e Ryusui sfida Stanley in un duello aereo, mentre il resto degli uomini di Xeno prende il controllo della Perseus.

Il team del regno della Scienza riesce a infiltrarsi e catturare il Dr Xeno, che rincontra Senku. I due campi cercano un accordo, ma Stanley non è di quest'avviso.

Mentre Stanley continua a inseguire la Perseus, Senku e il Dr Xeno si accordano per il bene della scienza

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