魁皇高校の卒業式まで、残り10日。あとは卒業を待つのみとなった生徒たち。冬から春へ季節を変え始めたこの時、高校生活という一つの舞台は平穏に幕を閉じていく。……はずだった。3年A組の扉が開く。担任の美術教師：柊一颯（菅田将暉）は、教卓の前に立ち、いつもと変わらぬ表情で、29人の生徒に衝撃的な一言を言い放つ。「今から皆さんには、人質になってもらいます」

一颯（菅田将暉）が魁皇高校3年A組の生徒たちを人質にとって立てこもってから一夜が明けた。瀬ヶ山署の郡司（椎名桔平）は、一颯の身辺を調べ始める。一颯が以前勤めていた学校を訪ねた郡司は、彼の意外な「正体」を聞かされることになる。3年A組の生徒たちは、ある生徒の自殺の理由について一颯に“正解”を答えられないまま、一颯の命令に従うしかなかった。

警視庁理事官である五十嵐（大友康平）は、ついに一颯（菅田将暉）と対面。が、五十嵐が盗聴器を付けていることを察した一颯は、拳銃を突き付けて――。一颯の本日の授業は澪奈（上白石萌歌）を陥れたフェイク動画を「撮影した」3年A組の生徒は誰なのかというもの。しかしいつもとは違い、その犯人の特定を生徒たちではなく郡司（椎名桔平）に命じる。

澪奈（上白石萌歌）の死の鍵を握る疑惑のフェイク動画撮影者は、里見（鈴木仁）だった。しかし、その動画の撮影を指示した人間は別にいる……。一颯（菅田将暉）は、その正体が誰なのかと生徒たちに尋ねる。勿論、誰も名乗り出るはずもない……と思った矢先、挙がる一人の手。その手の主は甲斐（片寄涼太）だった――。

一颯（菅田将暉）が倒れた―――。それから約2時間後、時刻は3月4日午後10時30分から物語は始まる。一颯を心配するさくら（永野芽郁）らの一方、その隙を見て生徒たちは手分けして脱出方法を探り、閉ざされていた美術準備室の扉を破ることに成功。そして彼らは没収された携帯電話やカバンを回収し、外部との連絡手段を獲得する。

澪奈（上白石萌歌）を死に追いやった動画の作成を半グレ集団・ベルムズに依頼した悪の根源は、なんと魁皇高校の教師であるという疑惑が沸き立つ。様々な憶測が飛び交う中、一颯（菅田将暉）は自身を撮影した動画をSNSに投稿し、さらに3年A組全生徒の生存が確認出来る写真をアップロードする。

一颯（菅田将暉）に名指しされた犯人教師の名は、武智大和（田辺誠一）であった――。澪奈（上白石萌歌）を陥れるフェイク動画の作成を依頼したのは武智だと一颯が告発したことにより、世間の声は一斉に武智に向き始める。しかし、完全潔白を主張する武智。一颯は、夜の8時までにすべての罪を自白することを勧告し、さもなければ武智にとって“一番大事なもの”を奪うと言い渡す。

警察で取り調べを受ける武智（田辺誠一）は、無実を訴え呟く。「僕は何も悪くない…」。しかし、既に世間ではSNSの人間によって解析された武智の殺人疑惑の証拠となる動画が拡散され、武智の悪事を暴いたものたちの勝利宣言で溢れかえっていた。

一颯（菅田将暉）と郡司（椎名桔平）の前に謎のヒーローが現れた――。そして物語は一度時を変え、数年後の3月9日へ。3年Ａ組の生徒たちがそれぞれの人生を歩み、再びこの教室へと集まってきた。懐かしむ一同の前には一枚、一颯の「遺影」が飾られていた。彼らが集まった理由。それは、亡き一颯の三回忌であった――。

一颯（菅田将暉）が、郡司（椎名桔平）を人質に取り、マシンガンを突き付けて校舎の屋上に現れた。世間の人々はこの一颯の凶行に注目する。とある街角、とある店の中、とある家で、この事件の行く末を見届けようとする。そして、翌朝の８時にマインドボイスのライブ中継にて全ての真相を話す……と語った瞬間、一颯の胸に銃弾が突き刺さる。果たして、この物語の最後に待ち受ける本当の衝撃的展開とは――。