Though WWIII is on the horizon, Okabe attempts to live a normal college life. However, a newly developed AI is about to shake up his world.

After a chance encounter with Maho where they discover knowing someone in common, Okabe has his first face-to-face with her special AI, Amadeus.

Mayuri tries to bring everyone together for a Christmas party at the lab, but Okabe has a rude awakening.

While Okabe is left with more questions than answers, Suzuha recruits help in her search for an unexpectedly close person.

Their search continues as New Years swiftly approaches, though Ruka's dilemma with a certain guest might make matters worse.

Now that the girl's identity is known, Okabe and friends kick off the New Years with a shrine visit and party to never forget.

As Okabe seeks answers regarding the attack, trouble with Amadeus brings a surprising turn of events.

Okabe is given a bittersweet reminder that in changing world lines, sacrifices must be made.

It will take time for Okabe to identify the attackers and their motivation, but the impending crisis of WWIII forces Suzuha to resort to desperate measures.

After reinforcements are called to clean Maho's disastrous room, her and Okabe's Akihabara date ends with a surprising confession from Maho.

Okabe must convince Maho to give up her prized possession, but an unexpected danger has them negotiating for their own lives.

Kagari tenta di rintracciare le origini di una canzone nella speranza che scopra i suoi ricordi perduti.

Dopo aver finalmente ottenuto un indizio sul passato perduto di Kagari, Okabe finisce per scoprire molto più di quanto si aspettasse.

Sono passati dei mesi da quando Kagari è sparita nel nulla. Okabe e gli altri l’hanno cercata in tutti i luoghi possibili e immaginabili, ma non sono riusciti a trovare alcun indizio. Nel frattempo, Daru e Suzuha stanno cercando di convincere Maho a collaborare alla creazione di un’altra macchina del tempo, poiché la precedente è stata distrutta da Okabe.

Stufa della passività di suo padre, Suzuha deve far diventare Daru un uomo prima che Yuki finisca con qualcun altro.

La testardaggine di Okabe fa volare pugni e lacrime vengono versate. Mentre la scadenza per l'utilizzo della macchina del tempo si avvicina rapidamente.

Mentre Suzuha si prepara a compiere la sua missione, Mayuri trova la determinazione di cui ha bisogno per confessare ciò che pensa. Tutto questo quando la tragedia colpisce.

Il caos si scatena intorno alla macchina del tempo quando un cattivo del futuro agisce nel passato e rivela il suo intricato piano.

Con l’apparizione delle forze speciali, il quartiere di Akihabara si è trasformato in un immenso campo di battaglia che ha provocato l’esplosione della macchina del tempo utilizzata da Mayuri e Suzuha. Nessuno sa se siano sopravvissute. Per evitare un finale tanto tragico, Okabe è determinato a completare la macchina per il salto temporale cui Maho e Daru hanno lavorato duramente.

Rintaro avrebbe dovuto saltare nel tempo fino al 7 luglio. Quando riapre gli occhi, tuttavia, si ritrova nella stanza di un edificio sconosciuto. Combatte il dolore acuto che affligge il suo corpo e scruta l’ambiente circostante, rimanendo stupito a causa della situazione in cui si trova…

Okabe decide di mirare di nuovo allo Stein’s Gate. Tuttavia, per tornare al 2011 dal lontano 2036 con una macchina del tempo, sono necessari più di 3000 salti temporali. Sebbene il carico mentale sia incommensurabile, Okabe decide di fare un lungo viaggio nel passato.

Gli elicotteri nemici non appartengono né a Leskinen né alle forze militari degli Stati Uniti, ma dalla Russia. Per quante volte lui possa provarci, Okabe non riesce proprio a evitare la distruzione della macchina del tempo. Aspettare gli altri, che semplicemente non sanno cosa significhi arrendersi, è stata una decisione amara.

Inviando la D-line nel passato, l'esistenza di Amadeus Kurisu è stata cancellata. Come conseguenza, la Russia non si è unita alla competizione per la macchina del tempo. E c'è ancora da affrontare il faccia a faccia finale con Leskinen. E così ha inizio l'ultima battaglia che condurrà allo Steins;Gate.