Harley Quinn en a assez d’être l’acolyte du Joker et se lance seule - déterminée à devenir la reine criminelle de Gotham City.

Déterminée à devenir l'une des vantées Legion of Doom, Harley tente de faire sensation en écrasant l'une de leurs entreprises criminelles avec l'aide de sa meilleure amie, Poison Ivy.

Réalisant qu'elle a besoin d'un équipage pour réaliser des braquages ​​qui attireront l'attention de la Legion of Doom, Harley tente de recruter le Dr Psycho et Clayface.

À la recherche d'un ennemi juré, Harley s'en prend à Batman, mais se retrouve avec un adolescent Robin, faisant d'elle la risée de la pègre criminelle.

Lorsque Harley souffre d'une crise d'identité paralysante, son équipage doit entrer dans l'esprit de Harley pour la libérer avec l'aide des pouvoirs télépathiques du Dr Psycho.

Lorsque Clayface perd son bras dans un braquage, cela s'avère être non seulement une preuve pour Jim Gordon, mais aussi un témoin clé contre Harley et son équipage.

Harley reçoit une invitation à la fête des membres potentiels de la Legion of Doom, mais Ivy découvre que c'est Lex Luthor qu'ils recherchent vraiment.

Désormais membre de la Legion of Doom et l'égale du Joker, Harley se retrouve à passer du temps avec lui. Va-t-elle retomber dans ses anciennes habitudes ?

Après une brouille avec son équipage, Harley rentre chez elle à Bensonhurst, où sa mère adorée l'attend... et son père bourru, qui est plus dangereux que prévu.

Harley doit sauver Ivy des griffes de Scarecrow, qui essaie de récolter ses phéromones pour fabriquer une super toxine qui transforme les plantes en monstres sensibles.

Harley pense que la Legion of Doom est à l'origine de la capture d'Ivy et des monstres des arbres qui ravagent actuellement Gotham. Mais c'est un piège !

Dans le final de la saison, Harley a sa confrontation finale avec le Joker.