与犬屋敷壹郎同时获得力量的高中生狮子神皓，却踏上了无差别杀戮他人的道路，只有人死亡之前绝望的挣扎才能让他感觉到自己还活着，他对挚友安堂直行展现了自己的力量并承认杀人的事实。狮子神皓在随机杀死某个家庭时，与赶来救人的犬屋敷相遇，两人知晓了彼此的存在。

犬屋敷没能救下被神皓杀害的一家人而陷入了自责，他感觉自己的心像是在慢慢变冷，疑惑自己是否能够阻止同样被改造过的神皓，但在不断地行善中他又找到了活着的意义。安堂目睹了神皓利用自己的能力杀害他人，内心极度不安，劝告神皓自首无果后最终与之决裂。

在便当店工作的井上文乃有着漂亮的容貌，却因为这份美丽而被黑帮鲛岛绑架，拼死逃出的井上来到了男友家，不料鲛岛竟追了过来。听到求救的犬屋敷赶来救人，但因不会使用力量被打晕，醒来后发现井上又被带走了，在救活井上男友后，飞向黑帮大本营并成功救出井上。

安堂在与狮子神皓绝交后，从网上得知还有另一个机械人的存在，他发出求救信息召唤了犬屋敷，向对方说明了皓的事情并希望他能阻止皓继续杀人。皓从学校回到家中，得知母亲癌症晚期，暗中治好母亲并决定停止杀人行为，这时警察来到了皓家中。

逃亡的狮子神皓暂时住进了渡边诗音家里，本已重新拥有了血与泪的皓却因母亲的自杀再次大开杀戒，不管是将母亲逼上绝路的媒体记者，还是在2ch上大放厥词的网民，他们都没能逃过被杀的命运。安堂为了曾经的好友，开始训练犬屋敷运用力量，他们能够阻止皓的杀戮吗？

杀掉2ch网民的皓回到了渡边诗音的家里，他向诗音坦白了自己机器人的身份、杀害无辜生命的原因 ，诗音却温柔的接纳了他。本已绝望的皓被诗音救赎，以为可以回头的他在诗音的支持下开始做好事救人，生活慢慢恢复了平静，但警方却再次找上了他。

犬屋敷麻理意外见到了自己父亲和同学安堂直行相谈甚欢的样子，心生疑惑的她尾随二人来到了医院，发现新闻报道中拯救癌症患者的“神”竟是自己父亲。本已决定不再杀人的皓因为警察伤害到诗音和奶奶而再次震怒，他来到警局大开杀戒并扬言要使日本警察灭亡。

大肆杀戮使警局覆灭的皓并未收手，他利用网络对整个国家宣战并扬言会杀光所有日本人，这种行为引起了社会大恐慌。安堂和犬屋敷发现皓是利用智能手机进行杀戮后，试图找到皓并阻止这场杀戮，但他们却根本无法定位到皓的位置。

本该坠毁的飞机竟安稳的落在了沙滩上，这让皓意识到了犬屋敷的存在，明明是相同的处境却走上了截然相反的道路，无法接受的皓与犬屋敷展开了殊死搏斗。女儿在濒死时打来的电话让犬屋敷爆发出了强大的力量，打败皓后他立即奔走于城市各处来挽救生命，并在不断地拯救中明白了自己存在的意义。

命运就像与所有人开玩笑一般，他们刚刚摆脱了皓的恐怖袭击却又被告知地球即将与陨石相撞，地球上的所有人都只剩下了三天的存活时间。犬屋敷无法对人们求救声置之不理，他来到了陨石上想要改变陨石轨道，却在陨石上意外见到了曾为敌人的皓。