Hondo, suo padre Daniel Sr. e il suo giovane accusato Darryl affrontano la storia della tensione razziale a Los Angeles tra le forze dell'ordine e la comunità nera, attraverso flashback della città nel 1992 in seguito al verdetto di Rodney King. Inoltre, la squadra SWAT insegue il cartello della droga disperso di El Diablo che si nasconde in città e un gruppo jihadista che fa esplodere bombe in attacchi coordinati,

Hondo è in conflitto quando Leroy, il suo amico d'infanzia incarcerato e il padre di Darryl, gli chiede di parlare a suo nome in un'udienza per la libertà vigilata. Inoltre, SWAT aiuta l'FBI a rintracciare un informatore della mafia in fuga dalla famiglia criminale contro cui dovrebbe testimoniare, e la dinamica della squadra si complica quando Street e Tan si iscrivono a una competizione di leadership per la quale Chris si è allenato da mesi.

La squadra SWAT cerca un membro canaglia di un gruppo estremista che sta pianificando di attaccare il servizio funebre di un famoso musicista che ha parlato apertamente della brutalità della polizia. Inoltre, la tensione sale tra Hondo e Leroy, il padre di Darryl, quando Leroy viene rilasciato presto dal carcere.

Hondo è in conflitto quando il sindaco gli chiede di essere il volto pubblico di una nuova campagna di sensibilizzazione volta a migliorare la statura del LAPD all'interno della comunità nera. Inoltre, la ricerca da parte della squadra di un attentatore solitario ricorda a Tan un capitolo difficile della sua infanzia, e Chris si spinge ancora oltre per superare Street e Tan in una competizione per la leadership SWAT.

Chris porta la squadra SWAT nella sua missione personale per salvare un'adolescente da un carismatico leader religioso predatore che usa la sua chiesa per un guadagno illecito. Inoltre, Hondo riceve notizie preoccupanti su Darryl relativo a Leroy, il padre di Darryl, che è stato rilasciato dalla prigione, e la pianificazione del matrimonio di Tan ha un intoppo.

La squadra SWAT va a caccia di un cecchino che sta prendendo di mira i vigili del fuoco di Los Angeles appiccando incendi in tutta la città per attirare le ignare società di motori. Inoltre, la rivalità tra Chris, Street e Tan aumenta quando Tan scopre che c'è un pool di scommesse interno su chi di loro vincerà la competizione per la leadership SWAT. E la relazione tra Street e Molly è messa a dura prova dalla sua complicata storia con la madre imprigionata.

La SWAT cerca un gruppo di estremisti che effettuano attacchi coordinati contro le imprese locali. Inoltre, Deacon e sua moglie, Annie, si trovano in disaccordo quando Annie vuole iscrivere la loro figlia, Lila, a una scuola privata.

Una tragica missione porta ogni membro della squadra SWAT a fare i conti con il proprio disagio emotivo in vari modi.

Mentre la squadra SWAT aiuta il LAPD a cercare il principale sospettato della scomparsa di una donna, viene raggiunto sul campo da un nuovo membro della squadra. La tensione personale tra Chris e Street arriva al culmine mentre entrambi attendono la decisione di Hicks su chi sarà il vincitore di una prestigiosa competizione per la leadership.

Mumford torna a lavorare su un caso freddo di 15 anni che contiene una connessione personale e porta alla scoperta di un pericoloso giro di droga. Hondo è diffidente nei confronti delle motivazioni di Leroy quando scopre che la recente libertà vigilata sta cercando finanziamenti per una nuova impresa commerciale con suo figlio, Darryl.

Un disordine domestico ad alto rischio che coinvolge un padre e le sue due giovani figlie porta la squadra a correre contro il tempo per salvare un gruppo di attivisti internazionali.

La squadra lavora insieme per dare la caccia a una micidiale banda di mercenari assunti da un ricco CEO che cerca di lasciare il paese prima di essere arrestato per aver gestito un enorme piano Ponzi; Hondo è costretto a confrontarsi con la sua mutevole relazione con Darryl.

Mentre la squadra lavora per fermare un violento attacco alla città, è costretta a confrontarsi con il gruppo responsabile della morte di un membro della squadra. Hondo e Leroy non sono d'accordo su come gestire una sfida alla nascente attività di Darryl.

La squadra cerca di rintracciare un gruppo di rapinatori di banche esperti di media che si considerano una banda di Robin Hood dei giorni nostri, incanalando denaro rubato nel loro quartiere in difficoltà, prima che la missione diventi mortale. Inoltre, Hondo e Deacon si scontrano su come affrontare le opinioni razziste di un gruppo di poliziotti.

Quando quattro prigionieri evasi prendono il controllo di un tribunale con Hondo e Deacon all'interno ma disarmati, i due corrono per salvare la vita di civili innocenti mentre cercano di evitare di essere scoperti. Street fa visita a sua madre in ospedale e deve prendere una decisione cruciale.

La squadra corre per salvare le vittime di un giro di traffico sessuale che depreda le donne senza diritti. Inoltre, Hondo si trova in disaccordo con Leroy e Darryl sul futuro della loro attività, e Street affronta Chris riguardo all'incontro con sua madre ricoverata in ospedale.

Il bombardamento di una stazione di polizia di Los Angeles mette la città in agitazione, portando la squadra a una resa dei conti finale con un gruppo di estremisti nazionali. Inoltre, Hondo affronta le conseguenze di una decisione coraggiosa che minaccia il suo futuro e Tan fa un grande passo nella sua vita personale.