原自卫队成员稻见朗与原公安搜查员田丸三郎现在同属于公安机动搜查队特搜组，这是一支归警察厅警备局长锻冶大辉直接领导的秘密部队。在备受常识无法预测的案件威胁的现代社会，五个不同领域的人被召集起来，对事关国家安危的政治案件和恐怖行动进行秘密调查，从而成功化解危机。这天，在高楼大厦环绕的广场上，突然出现一个脖子上被绑了定时炸弹的男子，周围民众陷入恐慌中。这个叫宇田川圭介的男子是现任外务大臣之子，曾卷入毒品、蓄意伤人、强奸等数桩罪行中，但是他的父亲利用手中权力使他免于惩罚。放爆炸物的犯人要求外务大臣在晚上的新闻节目上公开谢罪，否则就当场处死圭介。收到锻冶的命令后，稻见、田丸和勇辅、大山铃等特别小组成员赶到现场。虽然很反感仗势欺人的圭介，但是他们仍在组长吉永三成的指挥下采取行动试图阻止犯人。离犯人要求的公开谢罪时间越来越近了。稻见与田丸找到一个掌握案件关键的人物，从那人口中听说了令人震惊的事实。而且，稻见对于这起犯罪案件也产生了疑问。

　　有受贿嫌疑的议员遭三个蒙面男人袭击，并且当着媒体的面被射杀。很快，“平成维新军”发出声明，称为了把利用权力中饱私囊者清除出去，他们会继续恐怖主义行动。上司命令特搜组逮捕犯人，防患于未然。吉永要求稻见和田丸根据袭击犯用的特殊枪械进行排查。他俩得到情报显示黑社会武器走私团伙的组长购买了同样型号的枪支，但枪全部被组长的儿子阿让偷走了。而且组长告诉他们，阿让从少管所出来后整个人就全变了，满口是“要改变社会组织”之类的话。稻见怀疑有人教唆阿让、诱使他参加恐怖活动。特搜组找到了阿让的藏身处，大家全副武装前往现场。吉永、樫井和大山在建筑物周围戒备，稻见和田丸接近房间，此时阿让正巧要外出，双方碰个正着。阿让急忙向屋内的同伙示警，同时迅速拔枪指向稻见和田丸。

　　某日，特搜组奉命为在大学研究航空宇宙学的有马丈博士担任警卫。但是他们没有关于有马的详细情报，只知道他有性命之忧，很快会有人暗杀他，另外，一周后他会出国。特搜组造访大学研究室，有马对待他们的态度却并不友好。与此同时，在大学校园内，一个叫石黑的人看到特搜组护卫有马的样子时，脸上露出危险的表情。第二天一早，稻见与有马一起到了学校，他感觉到研究室周围有不祥的气氛。然后，樫井闻到了火药的气味，这就是说研究室内被放置的炸药。然而，有马对特搜组的警告无动于衷，径自打开了房间的门，就在开门的那一瞬间，一阵巨响过后，研究室被炸坏了。在现场附近的电梯，石黑正拿着手枪等着。三个人将计就计终于逃出了建筑。不过，在对面的停车场还潜伏着一个暗杀者石立。稻见与石立展开激烈的搏斗。事后，吉永质问锻治，这次任务到底是什么背景。锻治说某国家看中了有马的头脑，要绑架他去研制导弹。吉永对他的话并不全信。为了找出暗杀者，大山搜索了有前科者的名单，不过，稻见确信那些人是职业杀手，不会留下前科记录。

　　稻见假装犯罪，到警方的拘留所进行卧底调查。他故意接近黑社会组织成员泽田并成功引起了对方的兴趣。实际上，泽田所属的仁爱兴业涉嫌以政治捐款为诱饵敲诈勒索政治家。这次，特搜组奉命搜集证据，所以稻见才进入拘留所卧底。然而，获得泽田的信任稻见虽与仁爱兴行的干部们见了面，却发现这些人怎么看都不像是能狡猾到敲诈政治家。渐渐地，第一次做卧底的稻见因骗人而产生了负罪感。田丸见此情形，便向稻见讲起了自己当年执行卧底任务时的经验。这时，锻治被官房长官神谷叫去，关于这次特搜组的任务，神谷下达的某项指示。稻见作为组织的一员得到仁爱兴业的认可。泽田告诉他有一桩毒品交易，稻见将作为会长的保镖同行。但是收到交易报告的警方高层人士却置之不理。在身处危险交易中的稻见引导下，吉永、田丸、樫井、大山等特搜组成员跟踪稻见前往交易现场，但中途遇到拦阻。失去后援的稻见随泽田等人到达交易地点，就在交易完成时，突然出现两个杀手射杀在场的所有的人。

　　11年前地铁车厢发生无差别炸弹袭击案件，该案的嫌疑人里见修二一直受到通缉，最近他突然在东京都内的便利店内现身。警方担心里见要再次实施恐怖袭击，于是加紧抓捕他。警视总监乾阳一向锻治施压，要求特搜组出马。这时，当年策划恐怖袭击的宗教团体的信徒羽田来到某地铁站内。他确认了地铁站的警戒情况后，回到里见潜伏的地方。在特搜组的办公室，大山在网上设下圈套，很快找到了里见的藏身之处。奉吉永指示，稻见、田丸快速前往现场监视。看到里见等人乘车离开地下指挥所后，他们一路跟踪。但是，里见察觉到被人盯梢，逃入一座大型建材超市。稻见、田丸追踪而至，誓死保护里见的羽田等人挡在他们面前，双方打做一团，里见趁机逃走，消失得无影无踪。这完美的逃跑过程让稻见觉得十分可疑。

　　恐怖组织平成维新军发布了恐袭预告，警视总监乾命令锻治派特搜组全力阻止平成维新军的行动，然而，特搜组不了解维新军这次行动的目标到底是谁，也没有任何线索。稻见和田丸等成员想不出能防止恐袭发生的良策。就在此时，大山当年还是黑客时曾经隶属于疑似平成维新军前身的组织，她指出犯罪预告中的一处很像出自当年她的伙伴之手。那个叫“坂本”的人来历不明，连性别也不得而知，不过，当时大山偶然得到的邮件地址可以帮助找到“坂本”的住处。根据大山调查得到的情报，特搜组抓住了坂本。坂本外表是个普通高中生，当吉永审问他时，他面无表情，一言不发。但是，当得知大山就是过去那个网名“冈田”的伙伴时，坂本才慢慢开口。由于对拥有权力的成年人怀着极深的憎恶，坂本绝口不提平成维新军的计划。而大山试图从坂本家没收的电脑中提取情报，但是密码解析工作没有什么实质性进展。照这样下去，恐怖事件就会如预告中所说的那样发生。就在大山打算放弃之时，稻见的一句话令她决定再次进行尝试。

　　作为公安的线人潜入新兴宗教团体“神之光教团”的林智史通过妻子千种联络田丸，说有重要情报要交给他。数日后，田丸秘密与林会面，得知对方希望做一笔交易，以教团策划的恐袭情报为交换条件辞掉卧底工作。因为如果能从任务中解脱，林就能回到千种身边。而且，林还希望得到阻止恐怖袭击后确保他们夫妇安全的保证书。听了田丸的汇报后，青沼同意了这些条件，但是，另一方面，田丸与千种的关系令青沼感到不案。根据林的情报，恐袭将发生在两天后，目标是言文部科学大臣。青沼向锻沼通报了相关情报，锻治听后表情复杂，决定由特搜组负责保安工作。在恐袭实施当天，稻见注意到田丸的样子与平时不同。这时，“神之光教团”的原信徒带着一个公文包潜入大臣预定出席的某活动会场。当大臣到达时，那人避开警卫的耳目，急步接近大臣。正当他要从包中取出什么东西时，稻见和田丸冲上前把他抓住。众人以为大臣已转危为安，都松了一口气。然而，田丸检查从男人手里夺来的提包，发现教团真正攻击的目标另有其人，不禁当场愣住。

　　在教会，一个神秘的男人叫住了田丸，问他愿不愿以一己之力改变国家。因为林的事，田丸对国家的信赖感变得淡薄了，听到那人的话后，他的心产生了动摇。另一方面，稻见听说在自卫队时的好友结城雅两周前突然失踪。锻治命令稻见，一旦结城出必须马上报告。就在当天晚上，结城出在稻见面前。二人久别重逢欣喜不已，互相报告近况。但是，稻见察觉出这位曾经的朋友因为某种理由正在计划进行恐怖袭击。二人之前的气氛变得不自然起来，不过，结城仍邀请稻见与其联手。第二天，因为结城将采取行动，所以上司正式命令特搜组抓捕结城。由于对方是优秀的特种部队成员，所以这项任务并不简单。稻见估计任务进展不会顺利，便向锻治询问结城被赶出自卫队的理由以及他的行动目标是谁。锻沼却三缄其口，只是下令如果结城拔枪稻见可以击毙他。就在这时，内阁总理大臣岸部正臣听说正在美国留学的儿子大介希望回国时，露出了阴沉的表情。

　　稻见自卫队时代的同事、特种部队成员结城退伍后企图制造恐怖袭击。锻治下令可以射杀结城。稻见犹豫着不忍向曾经的伙伴下手，但结城却侵入了特搜组的办公室，威胁大山，搞到了内阁成员的个人情报。而且，他使用了瓦斯炸弹，把赶回来的特搜组成员逼退，以此作为宣战公告。又惊又怒的稻见决心与结城开战。通过大山设下的圈套，特搜组找到了结城的藏身处。到达现场的稻见想用自己的性命制止结城。在千钧一发之际，田丸出手相助。在特搜组的办公室，大山从结城的电脑内的数据中发现了一件事，也许可以解释结城发动恐怖袭击的原因。就在大家都这么认为的时候，吉永收到结城要狙击总理大臣岸部的情报。稻见和田丸急忙冲向现场，但是，现场的状况有些古怪。就在二人发现了结城真正的目标时，特搜组接到来自锻治直接下达的命令，锻治派给他们的新任务是保护总理大臣马上要回国的儿子。